Sekarang, banyak dari kita akan akrab dengan varian Omicron dari SARS-CoV-2, virus yang menyebabkan COVID-19. Varian yang diwaspadai ini telah mengubah arah pandemi, yang menyebabkan peningkatan dramatis dalam kasus di seluruh dunia .
Kita juga semakin sering mendengar tentang sub-varian Omicron baru dengan nama seperti BA.2, BA.4 dan sekarang BA.5. Kekhawatirannya adalah sub-varian ini dapat menyebabkan orang menjadi terinfeksi ulang, yang menyebabkan peningkatan kasus lainnya. Di Indonesia, varian BA.4 dan BA.5 sudah terdeteksi sejak akhir Mei lalu.
Mengapa kita melihat lebih banyak sub-varian baru ini? Apakah virus bermutasi lebih cepat? Dan apa implikasinya bagi masa depan COVID?
Read more: What's the difference between mutations, variants and strains? A guide to COVID terminology
Mengapa ada begitu banyak jenis Omicron?
Semua virus, termasuk SARS-CoV-2, bermutasi terus-menerus. Sebagian besar mutasi tidak banyak berpengaruh pada kemampuan virus untuk menular dari satu orang ke orang lain atau menyebabkan penyakit parah.
Ketika virus mengakumulasi sejumlah besar mutasi, itu dianggap sebagai garis keturunan yang berbeda (agak seperti cabang yang berbeda pada pohon keluarga). Namun, satu garis keturunan virus tidak diberi label varian sampai ia mengakumulasi beberapa mutasi unik yang diketahui meningkatkan kemampuan virus untuk menularkan dan/atau menyebabkan penyakit yang lebih parah.
Ini adalah kasus untuk garis keturunan BA (kadang-kadang dikenal sebagai B.1.1.529), Organisasi Kesehatan Dunia melabeli Omicron. Omicron telah menyebar dengan cepat, mewakili hampir semua kasus saat ini dengan genom yang diurutkan secara global.
Karena Omicron telah menyebar dengan cepat, dan memiliki banyak kesempatan untuk bermutasi, Omicron juga memperoleh mutasi spesifiknya sendiri. Ini telah memunculkan beberapa sub-garis keturunan, atau sub-varian.
Dua yang pertama diberi label BA.1 dan BA.2. Daftar saat ini sekarang juga mencakup BA.1.1, BA.3, BA.4 dan BA.5.
Kita memang melihat sub-varian dari versi virus sebelumnya, seperti Delta. Namun, Omicron telah mengungguli ini, berpotensi karena peningkatan penularannya. Jadi sub-varian dari varian virus sebelumnya jauh lebih jarang saat ini dan kurang ditekankan untuk melacaknya.
Mengapa sub-varian menjadi masalah besar?
Terdapat bukti bahwa sub-varian Omicron ini – khususnya BA.4 dan BA.5 – sangat efektif pada menginfeksi ulang orang dengan infeksi sebelumnya dari BA.1 atau garis keturunan lainnya. Ada juga kekhawatiran bahwa sub-varian ini dapat menginfeksi orang yang telah divaksinasi.
Jadi, kita memperkirakan akan melihat peningkatan pesat dalam kasus COVID dalam beberapa minggu dan bulan mendatang karena infeksi ulang, yang sudah kita lihat di Afrika Selatan.
Namun, penelitian terbaru menunjukkan dosis ketiga vaksin COVID adalah cara paling efektif untuk memperlambat penyebaran Omicron (termasuk sub-varian) dan mencegah banyaknya pasien di rumah sakit terkait COVID.
Baru-baru ini, BA.2.12.1 juga menarik perhatian karena telah menyebar dengan cepat di Amerika Serikat dan baru-baru ini terdeteksi di air limbah di Australia.
Yang mengkhawatirkan, bahkan jika seseorang telah terinfeksi dengan sub-varian Omicron BA.1, infeksi ulang masih mungkin terjadi dengan sub-garis keturunan BA.2, BA.4 dan BA.5 karena kapasitasnya untuk menghindari respons imun.
Apakah virus ini bermutasi lebih cepat?
Anda mungkin berpikir SARS-CoV-2 adalah yang terdepan dalam hal mutasi. Tapi virus ini sebenarnya bermutasi relatif lambat. Virus influenza, misalnya, bermutasi setidaknya empat kali lebih cepat.
Namun, SARS-CoV-2 memiliki “sprint mutasi” untuk waktu yang singkat, penelitian kami menunjukkan. Selama salah satu sprint atau fase mutasi sangat cepat ini, virus dapat bermutasi empat kali lipat lebih cepat dari biasanya selama beberapa minggu.
Setelah sprint seperti itu, garis keturunannya akhirnya memiliki lebih banyak mutasi. Beberapa di antaranya dapat memberikan keuntungan dibandingkan garis keturunan lainnya. Contohnya termasuk mutasi yang dapat membantu virus menjadi lebih menular, menyebabkan penyakit yang lebih parah, atau menghindari respons kekebalan kita, dan dengan demikian kita memiliki varian baru yang muncul.
Sampai saat ini, belum diketahui mengapa virus ini mengalami sprint mutasi yang mengarah pada munculnya varian. Tapi ada dua teori utama tentang asal-usul Omicron dan bagaimana ia mengumpulkan begitu banyak mutasi.
Pertama, virus ini dapat berkembang pada infeksi kronis (berkepanjangan) pada orang yang mengalami imunosupresi (memiliki sistem kekebalan yang lemah).
Kedua, virus bisa saja “melompat” ke spesies lain, sebelum menginfeksi manusia lagi.
Trik apa lagi yang dimiliki virus?
Mutasi bukan satu-satunya cara varian bisa muncul. Varian Omicron XE tampaknya dihasilkan dari peristiwa rekombinasi. Di sinilah satu pasien terinfeksi BA.1 dan BA.2 secara bersamaan. Koinfeksi ini menyebabkan “pertukaran genom” dan varian hibrida.
Contoh rekombinasi lain pada SARS-CoV-2 telah dilaporkan antara Delta dan Omicron, menghasilkan apa yang telah dijuluki Deltacron.
Sejauh ini, rekombinan tampaknya tidak memiliki penularan yang lebih tinggi atau menyebabkan hasil yang lebih parah. Tapi ini bisa berubah dengan cepat dengan rekombinan baru. Jadi para ilmuwan memantau mereka dengan cermat.
Apa yang mungkin terjadi pada masa depan?
Selama virus tersebut beredar, kita akan terus melihat garis keturunan dan varian virus baru. Karena Omicron adalah varian yang paling umum saat ini, kemungkinan kita akan melihat lebih banyak sub-varian Omicron, dan berpotensi, bahkan garis keturunan rekombinan.
Para ilmuwan akan terus melacak mutasi baru dan peristiwa rekombinasi (terutama dengan sub-varian). Mereka juga akan menggunakan teknologi genomik untuk memprediksi bagaimana ini mungkin terjadi dan efek apa pun yang mungkin mereka miliki terhadap perilaku virus.
Pengetahuan ini akan membantu kita membatasi penyebaran dan dampak varian dan sub-varian. Ini juga akan memandu pengembangan vaksin yang efektif terhadap banyak atau varian tertentu.