Barbara Hufnagel est chercheuse en biologie végétale, spécialisée en génétique moléculaire et quantitative, génomique comparative et de population, ainsi qu'en physiologie des plantes. Après avoir obtenu son doctorat en 2014 à l'Universidade Federal de Minas Gerais au Brésil et EMBRAPA, elle a exploré la carence en phosphate chez le sorgho en utilisant la génomique comparative et la génétique d'association. Elle a ensuite mené des recherches postdoctorales à l'Université Cornell, où elle a étudié le contrôle génétique des traits racinaires du sorgho en réponse à la carence en phosphore. Par la suite, à SupAgro Montpellier, elle a dirigé le projet de séquençage du génome du lupin blanc, apportant des éclairages sur l'organisation du génome et la domestication de cette espèce.
Depuis 2021, elle travaille CIRAD et est basée en Guadeloupe, développant des approches génomiques et quantitatives pour lutter contre la maladie des agrumes HLB. Son expertise en intégration de données génomiques, transcriptomiques et épigénomiques lui permet d'identifier des régions génomiques clés liées à des phénotypes spécifiques, améliorant ainsi les cultures d'agrumes. Son parcours est marqué par un intérêt constant pour l'adaptation des plantes aux stress environnementaux, utilisant des outils génomiques pour faire le lien entre la recherche fondamentale et les applications en sélection moléculaire.