François Blanquart est chargé de recherche au CNRS et maitre de conférence associé à l’ENS/PSL. Il s’intéresse à la façon dont les pathogènes humains s’adaptent à leur environnement. Il travaille sur l’évolution du VIH et la caractérisation des variants de SARS-CoV-2. Il développe également une cohorte de suivi longitudinal de volontaires sains pour mieux comprendre l’évolution de la bactérie commensale et pathogène opportuniste Escherichia coli.
Ses principaux domaines d’expertise sont l'évolution, l'épidémiologie, les maladies infectieuses et l'antibiorésistance.