Au cours de sa carrière, François Héran a longuement enseigné la statistique appliquée, la démographie et la sociologie, principalement à l’ENSAE (École nationale de la statistique et de l’administration économique), à Sciences Po, à l’École des ponts et à l’École doctorale européenne de démographie.
En juin 2017, il est élu Professeur au Collège de France sur la chaire Migrations et sociétés créée depuis le mois de mars. Il occupe la chaire depuis janvier 2018, tout en dirigeant l’Institut Convergences Migrations.