Manuel Pereira-Puga es doctor en Sociología por la Universidad de A Coruña, gracias a una beca del Programa Nacional de Formación de Profesorado Universitario (FPU). Actualmente, trabaja en el Instituto de Políticas y Bienes Públicos (IPP) del CSIC e imparte docencia en la Universidad Carlos III de Madrid. Manuel Pereira-Puga investiga en el ámbito de las políticas públicas de educación superior universitaria y de I+D, así como en el de la política social.
Ha sido investigador visitante en De Montfort University (Leicester, Reino Unido) y ha complementado su formación con cursos en instituciones internacionales como: el Politecnico di Milano (Italia), la Academy of Sciences of the Czech Republic (Praga, República Checa) y el Real Colegio Complutense en Harvard University (Cambridge, MA, Estados Unidos).