Sophie Trouvelot est spécialisée dans l’étude de la santé et l’immunité de la vigne, qu’il s’agisse de sa stimulation par des produits ou solutions de biocontrôle/biostimulation ou de sa « mise en mal » lors dépérissements, en particulier fongiques (mildiou, oïdium, pourriture grise et maladies du bois).
Ses travaux concernant les dépérissements de la vigne liés aux maladies du bois ont été récompensés et soutenus par l’attribution du Prix Scientifique du fonds de dotation Monique et André Boisseaux 2017. Elle a notamment co-porté le projet HoloViti (financé au Plan National Dépérissement du Vignoble), visant à caractériser l’holobionte vigne dans des états sanitaires contrastés (dépérissant vs non dépérissant).
Par ailleurs, elle est co-animatrice scientifique du Réseau Mixte Technologique Bestim, qui traite d’immunité agroécologique sur différentes cultures, dont la vigne.
Enfin, élue au Conseil National des Universités dans la section traitant de biologie des organismes (CNU 68), elle est également responsable, depuis 2009, de la première année du Master Vigne-Vin-Terroir de l’université de Bourgogne et dispense des enseignements en sciences de la vigne au sein de différentes formations universitaires, dont le Diplôme National d’Œnologue.