tag:theconversation.com,2011:/us/topics/pathogene-94441/articlespathogène – The Conversation2024-03-12T16:03:38Ztag:theconversation.com,2011:article/2235172024-03-12T16:03:38Z2024-03-12T16:03:38ZComment les plantes se protègent-elles contre les maladies ?<figure><img src="https://images.theconversation.com/files/581328/original/file-20240312-20-kk8fvl.jpg?ixlib=rb-1.1.0&rect=53%2C0%2C6000%2C3997&q=45&auto=format&w=496&fit=clip" /><figcaption><span class="caption">Le riz doit lutter contre certaines bactéries. </span> <span class="attribution"><a class="source" href="https://unsplash.com/fr/photos/photo-selective-de-ficus-dherbe-de-ble-JPcUnIPbMhk">Alexey Demidov/Unsplash</a>, <a class="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">CC BY</a></span></figcaption></figure><p><em>Chaque semaine, nos scientifiques répondent à vos questions dans un format court et accessible, <a href="https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIpQLSdior67a7Z5bsoJKoMtltxJ-q9EUW1WneDbrNIWpNZUMJsxkA/viewform">l’occasion de poser les vôtres ici !</a></em></p>
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<p>Les plantes, tout comme les humains et les animaux, possèdent un système immunitaire qui les protège contre les microorganismes pathogènes. Ce système comprend des barrières physiques préexistantes, comme l’écorce chez les arbres, ainsi que des mécanismes spécialisés de détection et d’élimination des intrus.</p>
<p>Chez la plupart des animaux et des humains, le système immunitaire implique différents organes et cellules circulantes (globules blancs) travaillant en collaboration pour défendre l’organisme. En revanche, chez les plantes, il n’y a pas de cellules circulantes. Ainsi, chaque cellule et chaque organe ont la capacité individuelle de surveiller, détecter et combattre les pathogènes.</p>
<p>Imaginons le destin d’une bactérie ou d’une spore de champignon atterrissant sur une plante. Le premier obstacle à franchir est fait de barrières physiques comme la couche cireuse des feuilles et les strates de cellules rigides de la surface. Les microorganismes phytopathogènes (qui causent une maladie chez une plante) parviennent à contourner ces barrières en exploitant les ouvertures naturelles utilisées par la plante pour les échanges gazeux (stomates) ou pour l’excrétion d’eau (hydathodes), ainsi que les blessures causées par le vent, la pluie, les animaux ou l’homme.</p>
<p>Une fois à l’intérieur, ces organismes pathogènes déploient une armada de molécules, notamment des enzymes lytiques, qui ont la capacité de décomposer d’autres molécules complexes telles que la cellulose de la paroi cellulaire. Ces enzymes permettent de décomposer les tissus de l’hôte et de récupérer diverses ressources produites par la plante.</p>
<h2>Une véritable course à l’armement</h2>
<p>La plante est capable de détecter les envahisseurs et d’activer des réactions de défense. Chaque cellule végétale surveille son environnement grâce à des molécules sentinelles à la membrane cellulaire. Ces récepteurs reconnaissent des motifs moléculaires spécifiques aux microorganismes, tels que la chitine (présente dans les parois cellulaires des champignons) ou le flagelle bactérien (un organite de propulsion des bactéries). Une fois l’envahisseur détecté, des signaux internes activent la défense.</p>
<p>La plante réagit en mettant en place plusieurs mécanismes de défense, tels que la sécrétion de molécules à forte capacité oxydative pour endommager les envahisseurs, ainsi que le renforcement de la paroi cellulaire. Ces actions ont souvent pour effet de neutraliser l’envahisseur, empêchant ainsi la maladie. Cependant, la coévolution des microorganismes et des plantes les entraîne dans une course aux armements, où chaque protagoniste adapte ses armes et ses défenses pour survivre et prévaloir.</p>
<p>En effet, les agents pathogènes peuvent acquérir des armes (appelées effecteurs) pour contourner la défense de la plante. Les champignons utilisent des filaments spécialisés (les haustoria) comme des perceuses pour rompre les parois cellulaires et introduire les effecteurs dans la cellule hôte. Les bactéries, quant à elles, utilisent une sorte de seringue pour injecter directement les effecteurs dans la cellule hôte. Ce contournement de la défense de la plante se fait en ciblant son réseau de communication moléculaire, en piégeant les mécanismes de détection, ou encore en induisant la production de molécules bénéfiques pour le pathogène.</p>
<p>De leur côté, les plantes détectent ces effecteurs ou leurs actions, déclenchant ainsi une réponse immunitaire efficace caractérisée par la mort programmée de la cellule végétale infectée et de ses voisines. Cette stratégie de la « terre brûlée » crée une zone tampon en entourant l’envahisseur de cellules mortes, empêchant ainsi sa propagation.</p>
<h2>Une bactérie à l’assaut du riz</h2>
<p>L’évolution favorise la diversité, et ce qu’il advient de l’infection d’une plante par un agent pathogène dépend des armes et de défenses des deux côtés. En comprenant ces interactions moléculaires, les humains peuvent sélectionner des plantes outillées pour se défendre contre un agent pathogène donné. Prenons l’exemple de la bactériose vasculaire causée par <em>Xanthomonas oryzae</em> pv. <em>oryzae</em> (Xoo) sur le riz.</p>
<p>Lorsque les conditions sont favorables, Xoo pénètre les feuilles de riz et colonise l’espace intracellulaire (ou apoplasme). À l’aide de sa seringue moléculaire, elle injecte des effecteurs dans les cellules environnantes. Parmi ces derniers, les « effecteurs TAL » (<em>transcription-activator like</em>), activent des gènes spécifiques de la plante tels des transporteurs de sucres, provoquant ainsi une accumulation de sucres dans l’apoplasme. Cette stratégie permet à Xoo de se nourrir et favorise la colonisation de la plante. À l’aide de la biotechnologie, on peut bloquer l’activation de ces transporteurs, empêchant ainsi le détournement des sucres. Sans ces derniers, la croissance de la bactérie dans la plante est compromise, et la maladie neutralisée.</p>
<p>En résumé, chaque cellule végétale est équipée pour surveiller, détecter et se défendre contre les agents pathogènes. Outre les barrières physiques, deux lignes de défense immunitaire, individuelle et collective, entrent en jeu. Toutefois, l’issue de l’interaction dépend des armes et des défenses de l’hôte et du pathogène. L’évolution et la course aux armements cyclique influencent les chances de survie des acteurs de cette interaction.</p><img src="https://counter.theconversation.com/content/223517/count.gif" alt="The Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>Carlos Zarate ne travaille pas, ne conseille pas, ne possède pas de parts, ne reçoit pas de fonds d'une organisation qui pourrait tirer profit de cet article, et n'a déclaré aucune autre affiliation que son organisme de recherche.</span></em></p>Des bactéries et des virus peuvent attaquer les plantes mais elles savent se défendre !Carlos Zarate, Postdoctoral research fellow, Institut de recherche pour le développement (IRD)Licensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/2231012024-02-19T14:55:01Z2024-02-19T14:55:01ZHuîtres contaminées au norovirus : les limites des dispositifs de surveillance<p>Les <a href="https://theconversation.com/fr/topics/huitres-88863">huîtres</a> dont la vente avait été suspendue en décembre dernier sur plusieurs sites de production, et notamment sur le <a href="https://www.gironde.gouv.fr/Actualites/Communiques-de-presse/Communiques-de-presse-2024/Janvier-2024/Levee-de-l-interdiction-temporaire-des-coquillages">Bassin d’Arcachon</a>, sont revenues sur les étals mi-janvier.</p>
<p>Petit retour sur l’enchaînement des évènements qui a conduit à leur interdiction entre <a href="https://theconversation.com/fr/topics/noel-63210">Noël</a> et le <a href="https://theconversation.com/fr/topics/nouvel-an-80568">Nouvel An</a> :</p>
<p>Le samedi 23 décembre 2023 débutent les vacances scolaires des fêtes de fin d’année. Le menu des repas se précise : on compte le nombre de convives pour la commande des huîtres. Récupérés chez les ostréiculteurs, les poissonniers ou en grandes surfaces, les huîtres sont majoritairement consommées crues et vivantes.</p>
<p>À noter qu’en France l’espèce d’huître majoritairement élevée est la <em>Crassostrea gigas</em>, huître creuse originaire du Japon. L’huître plate européenne, <em>Ostrea edulis</em>, est moins courante sur les parcs à huîtres et dans les étals.</p>
<p>Le 24 au soir, puis le 25 à midi, les amateurs se régalent. Dès le 25 décembre, les premiers symptômes de <a href="https://www.ameli.fr/assure/sante/themes/gastro-enterite-adulte">gastroentérites</a> se déclarent, réclamant parfois les services des urgences. Pour nombre de familles, c’est tout d’abord l’incompréhension, puis les soupçons se portent sur les huîtres.</p>
<h2>Décembre 2023 : des interdictions de vente sur plusieurs sites</h2>
<p>Le mercredi 27 décembre, à Bordeaux, le préfet de la Gironde signe un <a href="https://www.atlas-sanitaire-coquillages.fr/sites/default/files/arrete/AP%202023-12-27%20Interdiction%20p%C3%AAche%20r%C3%A9colte%20commercialisation%20coquillages%20Bas%E2%80%A6%20cachon.pdf">arrêté</a> suspendant toute activité pouvant mener à la consommation des coquillages du Bassin d’Arcachon jusqu’à la <a href="https://www.gironde.gouv.fr/Actualites/Communiques-de-presse/Communiques-de-presse-2024/Janvier-2024/Levee-de-l-interdiction-temporaire-des-coquillages">levée de l’interdiction</a>, 28 jours après la dernière contamination connue des autorités de santé.</p>
<p>Les fêtes ont également été gâchées pour les ostréiculteurs du Calvados, où l’interdiction de consommation a débuté fin décembre, ainsi que pour les ostréiculteurs de Loire-Atlantique <a href="https://www.plateforme-sca.fr/ndeg103-12-janvier-2024">dès début décembre</a>.</p>
<p>Les ostréiculteurs ont été accusés, notamment par une association de défense de l’environnement, <a href="https://www.lemonde.fr/planete/article/2024/01/12/huitres-d-arcachon-contaminees-beaucoup-savaient-une-association-porte-plainte_6210462_3244.html">d’avoir commercialisé les huîtres alors qu’ils « savaient »</a>, selon l’association, qu’elles étaient contaminées.</p>
<p>De l’autre côté, les <a href="https://www.francetvinfo.fr/sante/alimentation/reportage-les-ostreiculteurs-du-bassin-d-arcachon-soulages-par-la-fin-de-l-interdiction-de-la-vente-d-huitres-pointent-la-gestion-des-eaux-usees_6313275.html">ostréiculteurs se revendiquent victimes de la gestion des eaux du bassin versant et demandent à être indemnisés</a> pour les pertes économiques subies… sachant que leurs huîtres ne sont pas « malades ».</p>
<p>Porteuses saines (cliniquement saines mais portant des éléments pathogènes), les huîtres ne font que transmettre le virus, en l’occurrence un <a href="https://www.anses.fr/fr/content/eviter-intoxications-alimentaires-norovirus">norovirus</a>, à celles et ceux qui les consomment.</p>
<p>Le problème s’était déjà produit sur la <a href="https://www.lemonde.fr/planete/article/2023/01/16/les-conchyliculteurs-de-l-etang-de-thau-attaquent-la-ville-de-sete-pour-atteinte-a-l-environnement_6158101_3244.html">lagune de Thau à Noël 2022</a> et dans d’autres bassins de production les années précédentes. Alors, que s’est-il passé ? Pourquoi le même problème subsiste-t-il ? N’y a-t-il pas une surveillance sanitaire accrue des huîtres en période de fêtes ?</p>
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<p>Les huîtres sont des <a href="https://archimer.ifremer.fr/doc/00014/12517/9372.pdf#page=2">bivalves filtreurs</a> : leur corps mou est protégé par deux parties (valves) calcaires articulées par une charnière. Elles se nourrissent des microorganismes (principalement des phytoplanctons, microalgues en suspension…) présents dans l’eau, qu’elles filtrent à travers leurs branchies. Elles sont capables de filtrer environ 4,5 l par heure.</p>
<h2>Des coquillages bioaccumulateurs… consommés crus</h2>
<p>Les huîtres sont qualifiées de <a href="https://archimer.ifremer.fr/doc/00729/84082/89005.pdf">« sentinelles »</a> de leur environnement. Comme ces coquillages ont la capacité de concentrer certains microéléments de l’environnement, ils peuvent être utilisés comme bioaccumulateurs afin de dépolluer une zone spécifique, un <a href="https://www.billionoysterproject.org/">projet</a> est par exemple mené dans ce sens dans le port de New York.</p>
<p>Ces qualités posent néanmoins problème quand les huîtres sont élevées pour leur chair : les consommateurs sont alors exposés à des risques sanitaires en raison des pollutions chimiques, biologiques, microbiologiques, virales, etc., qui touchent les eaux littorales.</p>
<p>Les risques sont d’autant plus importants que les huîtres sont mangées crues. En France métropolitaine, une surveillance a été mise en place à partir des années 1980 par l’Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer (<a href="https://www.ifremer.fr/fr">Ifremer</a>) et les eaux sont contrôlées régulièrement. Au total, cinq réseaux sont déployés sur toute la France qui permettent de déterminer la qualité sanitaire de l’eau et des coquillages (<a href="https://littoral.ifremer.fr/Reseaux-de-surveillance">Réseaux de surveillance Ifremer</a>).</p>
<h2>Une surveillance des eaux et des huîtres</h2>
<p>Une nomenclature a été proposée à partir de la <a href="https://www.europarl.europa.eu/factsheets/fr/sheet/74/protection-et-gestion-des-eaux">directive-cadre européenne sur l’eau</a>, au regard des concentrations de la bactérie <em>Escherichia coli</em> <a href="https://theconversation.com/aliments-contamines-par-la-bacterie-e-coli-quels-effets-sur-la-sante-et-comment-prevenir-les-infections-185176">dont certaines souches sont potentiellement pathogènes</a> et peuvent mener à des symptômes comme des crampes abdominales ou des diarrhées.</p>
<p>Des règles sont alors appliquées dans les élevages de coquillages pour que la santé des consommateurs ne soit pas en danger. Outre les contrôles concernant les substances qui influent sur la santé humaine, la santé des coquillages fait également l’objet d’une surveillance avec le <a href="https://ged.cnc-france.com/share/proxy/alfresco-noauth/api/internal/shared/node/sRj-vKzaSOm8eXUgO7qmpw/content/Plaquette%20de%20pr%C3%A9sentation%20Repamo.pdf">réseau REPAMO</a>. Les analyses des résultats permettent l’édition régulière de bulletins de surveillance transmis aux professionnels via leurs représentants.</p>
<p>Lorsque les mesures dépassent les seuils autorisés, une <a href="https://www.calameo.com/read/006961968531b1e70d151">alerte est émise par l’Ifremer tandis que le laboratoire départemental vétérinaire réalise un nouveau prélèvement</a> pour vérifier si la contamination persiste. Les mesures à mettre en place selon le niveau d’alerte seront prises par arrêté préfectoral. Par exemple, le niveau 0 d’alerte pour les concentrations en <em>E. coli</em> correspond à de la prévention face à des pluies importantes ou à des pollutions identifiées.</p>
<p>En parallèle, dans les réseaux d’expédition de coquillages, des prélèvements systématiques sont réalisés par les services vétérinaires pour certifier la qualité des produits proposés. Chaque lot d’huîtres est accompagné d’une étiquette sanitaire qui permet une bonne traçabilité des coquillages et une identification rapide de leur provenance en cas de contamination. Les huîtres sont donc étroitement surveillées et les épidémies d’origine bactérienne sont généralement évitées.</p>
<h2>Des norovirus difficiles à détecter</h2>
<figure class="align-center ">
<img alt="Basée sur des images de microscopie électronique (ME), l’illustration est une représentation graphique tridimensionnelle (3D) d’un certain nombre de virions de norovirus de couleur bleue, sur un fond noir" src="https://images.theconversation.com/files/575017/original/file-20240212-26-xbanj3.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/575017/original/file-20240212-26-xbanj3.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=600&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/575017/original/file-20240212-26-xbanj3.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=600&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/575017/original/file-20240212-26-xbanj3.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=600&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/575017/original/file-20240212-26-xbanj3.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=754&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/575017/original/file-20240212-26-xbanj3.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=754&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/575017/original/file-20240212-26-xbanj3.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=754&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
<figcaption>
<span class="caption">Représentation graphique 3D de virions de norovirus basée sur des images de microscopie électronique.</span>
<span class="attribution"><a class="source" href="https://phil.cdc.gov/Details.aspx?pid=21347">CDC/Jessica A. Allen</a></span>
</figcaption>
</figure>
<p>Sauf que les malades déclarés cet hiver n’étaient pas contaminés par <em>E. coli</em>. Ils ont montré des symptômes de gastroentérites en raison de <a href="https://www.anses.fr/fr/system/files/BIORISK2016SA0273Fi.pdf">norovirus</a>.</p>
<p>La transmission des norovirus par les huîtres est facilitée par la tendance à sélectionner <a href="https://archimer.ifremer.fr/doc/00044/15550/12937.pdf">certaines souches</a>, ce qui favorise la transmission à l’humain. De plus, ces virus ne font pas l’objet d’un suivi sanitaire systématique comme les bactéries : ils sont en effet beaucoup plus complexes à détecter. C’est pourquoi l’interdiction de vente ne se fait qu’après la déclaration de malades.</p>
<p>La saisonnalité de ces virus est très marquée : la plupart des épidémies survient l’hiver, d’où l’apparition du problème principalement lors des fêtes de fin d’année. Ils sont en outre résistants à certains traitements d’épuration et suffisamment stables pour persister dans l’environnement. Les épidémies hivernales induisent alors des charges virales importantes dans les eaux usées, puis dans les eaux littorales.</p>
<h2>Cercle vicieux de contaminations humaines et des eaux… filtrées par les huîtres</h2>
<p>L’hiver est la saison la plus pluvieuse dans la majorité des régions françaises. Ces pluies entrainent des <a href="https://archimer.ifremer.fr/doc/00060/17118/14630.pdf">dysfonctionnements dans les réseaux d’assainissement</a>. Se forme alors un cercle vicieux : les populations humaines sont malades donc des virus sont concentrés dans les eaux usées ; les pluies font dysfonctionner les réseaux d’épuration donc les virus passent dans les eaux littorales avec des charges virales fortes ; les huîtres filtrent l’eau et concentrent les virus ; les consommateurs mangent ces huîtres et l’eau qu’elles contiennent donc ils et elles tombent malades et contaminent leurs proches ; ce qui accroît la charge virale dans les eaux usées.</p>
<p>Une partie des malades se rend chez le médecin, et à partir de deux personnes présentant les symptômes de la gastroentérite ayant consommé le même repas, le médecin déclarera une toxi-infection alimentaire collective (TIAC) <a href="https://www.formulaires.service-public.fr/gf/cerfa_12211_02.do">via ce formulaire</a> envoyé à l’Agence régionale de santé.</p>
<p>Une enquête est menée pour identifier l’aliment puis des mesures sont prises pour le retirer de la vente, ce qui permettrait de briser la boucle de contamination. Dans le cas des huîtres, un arrêté préfectoral est signé pour l’interdiction de l’ensemble des actions pouvant mener à leur commercialisation.</p>
<h2>Impuissance et colère des ostréiculteurs</h2>
<p>La colère et le sentiment d’injustice qu’expriment les ostréiculteurs proviennent principalement de leur impuissance dans la gestion de la charge virale présente dans l’eau, et de l’incertitude qu’ils et elles ressentent face à ce risque. Les fêtes de fin d’année représentent près de 50 % de leur chiffre d’affaires, d’où leur question : <a href="https://www.rtl.fr/actu/economie-consommation/huitres-interdites-a-la-vente-qui-va-payer-l-addition-s-interrogent-les-producteurs-en-colere-7900336534">« Qui va payer l’addition ? »</a>.</p>
<p>Cependant, les alertes sur les pluviométries importantes et les potentiels dysfonctionnements des stations d’épuration, surtout l’hiver, peuvent signaler une augmentation du risque d’épidémie par des norovirus. Ces épidémies peuvent donc a priori être anticipées. Pour autant, les huîtres ne sont pas autorisées – pour le moment – à être stockées dans des bassins en circuit fermé en vue de leur vente et ces zones de stockage ont par ailleurs un coût élevé d’installation et d’entretien.</p>
<h2>Tout le monde est perdant… sauf les huîtres</h2>
<p>Finalement tout le monde est perdant, sauf les huîtres : les consommateurs et leurs proches sont malades, les ostréiculteurs perdent beaucoup d’argent (directement et indirectement car cela affecte la réputation de leurs produits), les services de l’État et les gestionnaires des eaux usées sont pris en étau comme responsables.</p>
<p>Mais les huîtres peuvent rester en vie plus longtemps car, même si elles ne sont pas elles-mêmes malades, elles ne seront pas consommées sur la période… Leur répit n’est toutefois que de courte durée, puisque trois semaines après l’interdiction de vente, les mêmes huîtres seront proposées sur les étals, cette fois sans risques de maladies pour les consommateurs.</p>
<p>Les huîtres auront naturellement relargué les virus par la suite détruits par un séjour prolongé dans l’eau de mer.</p><img src="https://counter.theconversation.com/content/223101/count.gif" alt="The Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>DULAT Julie a reçu les financements suivants : l'allocation de recherche doctorale de l’ED60 (Université Paul Valéry Montpellier 3), la bourse d’études de la Fondation Soroptimist International pour l’année 2022-23, la bourse de recherche « Trophée Minerva » de la Fondation F.Initiativas pour l’année 2022-23, ainsi que les bourses de mobilité du Collège Doctoral Languedoc-Roussillon, de l’ED60 et de l’UMR SENS.
</span></em></p>En décembre, la vente d’huîtres contaminées par des norovirus a été interdite car leur consommation provoque des gastroentérites. Des dispositifs existent pourtant pour anticiper les épidémies.Julie Dulat, Doctorante en anthropologie, Institut de recherche pour le développement (IRD)Licensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/2156452024-02-05T15:15:41Z2024-02-05T15:15:41ZQuand les plantes s’entraident pour lutter contre les maladies<figure><img src="https://images.theconversation.com/files/573059/original/file-20240202-15-l2yeee.JPG?ixlib=rb-1.1.0&rect=0%2C0%2C2816%2C2112&q=45&auto=format&w=496&fit=clip" /><figcaption><span class="caption">Les terrasses rizicoles du Yuanyang, au Yunnan (Chine) dont la diversité cultivée a inspiré l'équipe de recherche pour lancer des recherches sur les effets bénéfiques de la diversité cultivée.</span> <span class="attribution"><span class="source">Jean-Benoît Morel</span>, <span class="license">Fourni par l'auteur</span></span></figcaption></figure><p>Les maladies des plantes, et en particulier celles causées par les champignons pathogènes, provoquent des pertes considérables en agriculture et conduisent à une utilisation massive de pesticides. À titre d’exemple <a href="https://www.nature.com/articles/s41559-018-0793-y">20 % de la production de blé mondiale est perdue</a> chaque année à cause des maladies.</p>
<p>Le mélange de variétés de plantes dans un même champ est une manière efficace pour réduire les épidémies. Cette pratique ancienne est <a href="https://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.py.23.090185.001343">documentée depuis le XVIIIᵉ siècle</a> et connaît un renouveau extraordinaire en France, avec par exemple presque <a href="https://www.arvalis.fr/infos-techniques/enquete-sur-la-repartition-des-varietes-les-resultats-2021-sont-disponibles">20 % des surfaces de blé</a> actuellement cultivées en mélange.</p>
<p>Cependant, les analyses globales sur les effets des mélanges montrent que tous les mélanges ne se valent pas et que comme pour tout, il y en a des bons et des mauvais. Concevoir de bons mélanges est un enjeu pour l’agriculture et de nombreux projets sont actuellement en cours pour y parvenir. En associant des généticiens, des écologues et des physio-pathologistes des plantes, <a href="https://doi.org/10.1093/jxb/erab277">nous avons découvert</a> que des interactions directes entre plantes modulent l’immunité des plantes.</p>
<p>Ces interactions se déroulent dans le sol, via des échanges encore inconnus ; par exemple, la variété CULTUR et la variété ATOUDUR de blé dur ont une meilleure résistance à la maladie de la rouille brune quand elles poussent ensemble et cette résistance disparaît si l’on sépare leurs racines. Fait notable, il n’est pas nécessaire que les plantes soient malades pour échanger des informations, elles le font de manière permanente.</p>
<p>Cette découverte sur les mélanges apporte un éclairage tout à fait nouveau sur le fonctionnement des mélanges, avec notamment la mise en évidence qu’il existe chez les plantes une reconnaissance des autres à l’intérieur de l’espèce. Cette découverte laisse entrevoir des opportunités pour l’amélioration et l’adoption de cette pratique vertueuse pour la protection des cultures et de l’environnement.</p>
<h2>Les plantes savent se défendre mais…</h2>
<p>Il faut savoir que les plantes sont un peu comme les animaux : elles possèdent un système immunitaire. Cependant, le système immunitaire des plantes n’est pas adaptatif au sens où il n’y a pas de véritable mémoire des maladies déjà rencontrées. Les plantes se défendent de deux façons : d’abord grâce à des gènes de résistance qui reconnaissent certains agents pathogènes, conférant de très hauts niveaux de résistance mais qui sont malheureusement rapidement contournés par ces agents pathogènes. Lorsque plus aucun gène de résistance ne fonctionne, les plantes disposent alors d’une immunité dite basale qui leur permet de reconnaître des molécules assez communes à tous les agents pathogènes, par exemple la chitine des parois de champignons. Malheureusement, l’immunité basale ne confère que de faibles niveaux de résistance, sauf quand on la « booste », par exemple avec des stimulateurs de défense à base de molécules dérivées d’agents pathogènes que l’on pulvérise ou l’on met dans le sol.</p>
<p>Chez toutes les espèces de plantes, comme chez tous les organismes vivants, il existe une variabilité à l’intérieur de l’espèce. Chez les plantes cultivées, on parle de variétés, par exemple le blé pour la farine et celui pour la nutrition animale qui sont deux variétés de la même espèce.</p>
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<h2>« Booster » l’immunité des plantes</h2>
<p>Dans les expériences que nous avons menées, nous avons volontairement enlevé de l’équation les gènes de résistance pour ne s’intéresser qu’à l’immunité basale. Pourquoi ? Parce que les gènes de résistance ne sont généralement pas durables, au contraire de l’immunité basale et que notre objectif est de fournir des solutions durables aux agriculteurs qui permettent de « booster » l’immunité basale.</p>
<p>L’originalité de notre approche a été de réaliser plusieurs centaines de mélanges au laboratoire, en l’absence d’épidémie et en inoculant nous-mêmes les plantes avec des champignons pathogènes. Nous avons testé deux céréales cultivées pour lesquelles les mélanges sont connus pour réduire les maladies : le blé dur et le riz.</p>
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<img alt="J.B. Morel en train de marquer des jeunes plantules de blé en vue de réaliser une inoculation manuelle de chaque plante" src="https://images.theconversation.com/files/573063/original/file-20240202-23-k148n4.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/573063/original/file-20240202-23-k148n4.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=450&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/573063/original/file-20240202-23-k148n4.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=450&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/573063/original/file-20240202-23-k148n4.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=450&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/573063/original/file-20240202-23-k148n4.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=566&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/573063/original/file-20240202-23-k148n4.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=566&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/573063/original/file-20240202-23-k148n4.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=566&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">J.B. Morel en train de marquer des jeunes plantules de blé en vue de réaliser une inoculation manuelle de chaque plante.</span>
<span class="attribution"><span class="license">Fourni par l'auteur</span></span>
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<p>Au champ, les hypothèses communément évoquées pour expliquer la réduction des épidémies dans les mélanges sont de trois ordres. D’abord, on conçoit assez aisément que les agents pathogènes se propagent moins facilement dans des milieux hétérogènes (mélanges) qu’homogènes (culture pure). En effet, si un agent pathogène est adapté du fait de son arsenal à une variété donnée, il existe des chances qu’il le soit moins à une autre : être virulent sur tout le monde est rare, et heureusement !</p>
<p>Ce genre de mécanisme est exclu de nos expériences puisque nous infectons nous-mêmes les plantes, rendant inopérants les effets dus à l’hétérogénéité qui ont lieu dans la nature.</p>
<p>De manière moins intuitive, une forme d’immunité de groupe a pu être mesurée au champ dans les mélanges, contre les champignons pathogènes : dans ce cas, les plantes malades produisent des spores de champignon qui vont passer sur des plantes voisines, transportées par le vent le plus souvent. Si ces plantes voisines possèdent un gène de résistance qui reconnaît cette spore, la plante est non seulement résistante mais elle va aussi développer une sorte d’immunité générale contre la plupart des champignons, grâce à son immunité basale. On voit donc que dans cette forme d’immunité de groupe, comme chez l’humain, il est nécessaire que quelques individus soient malades pour immuniser leurs voisins. À nouveau, notre approche expérimentale, du fait que nous inoculons manuellement chaque plante, excluait de l’équation ce genre de processus.</p>
<p>Une autre raison pour laquelle certains mélanges sont plus résistants peut résulter de phénomènes de compétition entre plantes. En effet, on peut imaginer que dans un mélange de variétés, l’une a par exemple des racines plus grosses que l’autre, ce qui fait que la première pousse mieux que la seconde, qu’elle est donc en meilleure santé et donc plus résistante à des infections. Dans le cas de ce mécanisme, on conçoit alors que celle qui a des plus petites racines sera moins en forme et donc plus sensible. Autrement dit, dans ce genre de mélange, la plus forte résistance de l’une se fait au détriment de l’autre et le bilan est globalement nul. C’est ce dernier mécanisme de compétition que nous nous attendions à observer principalement dans nos expériences au laboratoire.</p>
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<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/573065/original/file-20240202-23-8f9eg9.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/573065/original/file-20240202-23-8f9eg9.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=450&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/573065/original/file-20240202-23-8f9eg9.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=450&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/573065/original/file-20240202-23-8f9eg9.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=450&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/573065/original/file-20240202-23-8f9eg9.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=566&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/573065/original/file-20240202-23-8f9eg9.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=566&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/573065/original/file-20240202-23-8f9eg9.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=566&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Vue générale d’un des terrains expérimentaux utilisés aujourd’hui pour mieux comprendre, en condition semi-contrôlée, le fonctionnement des mélanges.</span>
<span class="attribution"><span class="license">Fourni par l'auteur</span></span>
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<p>Dans nos expériences, la quantité de résistance observée du fait des mélanges avoisine celle conférée par l’immunité basale, permettant ainsi de doubler la résistance totale des plantes. C’est dire le niveau de résistance obtenu par le simple fait de mettre deux variétés ensemble ! Mais contre toute attente, dans les mélanges testés au laboratoire, presque toutes les plantes deviennent plus résistantes. Ce résultat ne pouvait pas se comprendre à l’aide des hypothèses habituellement invoquées, comme celle sur la compétition, pour expliquer la résistance dans les mélanges.</p>
<p>Dès lors, pourquoi une telle observation et quelle nouvelle hypothèse formuler ? Une façon simple de résumer nos observations était de dire qu’une plante change son immunité basale si elle n’est pas avec une plante de sa propre variété. Cela suppose qu’une plante est capable de reconnaître une plante d’une autre variété que la sienne. La nouvelle hypothèse qui s’imposait était donc que nos observations résultaient d’une reconnaissance des autres. Chez les animaux, il existe de nombreux systèmes de reconnaissance des membres de la famille qui permettent d’optimiser les comportements pour maximiser la survie de l’espèce. Chez les plantes, une telle reconnaissance entre variétés d’une même espèce est encore totalement inconnue.</p>
<p>Des conséquences en biologie, écologie, évolution et pour l’agriculture</p>
<p>Cette découverte ouvre des perspectives dans plusieurs domaines : en biologie des plantes, nous voilà face à la possibilité de découvrir les systèmes de communication qui permettent à deux individus de se reconnaître. En écologie, un tel système de reconnaissance est essentiel à considérer pour mieux comprendre comment les communautés sont régulées et se construisent. En termes d’évolution, il s’agira de comprendre quel avantage un tel système de reconnaissance procure à l’espèce et bien entendu il faudra déterminer quelles espèces de plantes possèdent un tel système.</p>
<p>Enfin pour l’agriculture, la découverte qu’il existe probablement des molécules impliquées dans cette reconnaissance ouvre la porte à l’identification des gènes sous-jacents et donc, par ricochet, devrait permettre d’optimiser, par des approches de génétique, les mélanges pour les rendre encore plus résistants aux maladies, <em>par la simple co-culture des bons voisins et ainsi réduire</em> l’usage des pesticides.</p>
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<p><em>Le projet <a href="https://anr.fr/ProjetIA-16-IDEX-0006">MUSE</a> est soutenu par l’Agence nationale de la recherche (ANR), qui finance en France la recherche sur projets. Elle a pour mission de soutenir et de promouvoir le développement de recherches fondamentales et finalisées dans toutes les disciplines, et de renforcer le dialogue entre science et société. Pour en savoir plus, consultez le site de l’<a href="https://anr.fr/">ANR</a>.</em></p><img src="https://counter.theconversation.com/content/215645/count.gif" alt="The Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>Jean-Benoît Morel a reçu des financements de l'ANR et d'autres agences gouvernementales pour ses travaux. </span></em></p>En agriculture il est souvent préférable de mélanger les variétés dans un même champ pour mieux résister aux pathogènes. Une nouvelle étude décortique ce phénomène au niveau biologique.Jean-Benoît Morel, Directeur de l’Institut de Santé des Plantes de Montpellier, InraeLicensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/2220312024-01-31T16:01:30Z2024-01-31T16:01:30ZHausse des cas d’infection invasive au streptocoque A : comment il se propage, et les symptômes à surveiller<figure><img src="https://images.theconversation.com/files/571469/original/file-20240122-27145-c07mvm.png?ixlib=rb-1.1.0&rect=12%2C48%2C1968%2C1488&q=45&auto=format&w=496&fit=clip" /><figcaption><span class="caption">Une augmentation des cas d’infection causée par le streptocoque du groupe A a été observée dans plusieurs pays, dont le Canada.</span> <span class="attribution"><span class="source">(Institut national des allergies et des maladies infectieuses (NIAID))</span>, <a class="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">CC BY</a></span></figcaption></figure><p>Une hausse rapide des cas de maladies graves à streptocoque du groupe A — également appelé Streptococcus pyogenes ou streptocoque A — a récemment fait la une des médias. Le <a href="https://ici.radio-canada.ca/nouvelle/2042368/grippe-Covid-symptome-maldie-infection">nombre de décès</a> dus à cette infection est aussi plus élevé que d’habitude, y compris chez les enfants, et les gens se demandent pourquoi et comment ces infections se propagent, et quels sont les symptômes à surveiller.</p>
<p>Peu après la diminution du nombre d’infections par la Covid-19 dans le monde, on a assisté à une <a href="https://www.bbc.com/news/health-64122989">hausse considérable</a> du nombre de patients diagnostiqués avec des maladies causées par le streptocoque du groupe A dans différentes régions de la planète.</p>
<p>Au Canada, Santé publique Ontario signale actuellement une forte augmentation des cas <a href="https://www.publichealthontario.ca/-/media/Documents/I/2023/igas-enhanced-epi-2023-2024.pdf">d’infections invasives à streptocoque du groupe A</a>. Une <a href="https://www.who.int/fr/emergencies/disease-outbreak-news/item/2022-DON429">hausse similaire</a> a été constatée dans plusieurs pays d’Europe, touchant principalement les enfants de moins de 10 ans.</p>
<p>Pourquoi cette bactérie est-elle soudainement devenue un enjeu mondial ?</p>
<p>Pour répondre à cette question, il est essentiel de connaître certaines caractéristiques de la maladie. Le streptocoque du groupe A affecte exclusivement les humains et se propage par des <a href="https://doi.org/10.1016/S2666-5247(21)00332-3">gouttelettes en suspension dans l’air ainsi que par contact de personne à personne</a>. <a href="https://images.theconversation.com/files/570753/original/file-20240122-23-nvfuw5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=1000&fit=clip"></a></p>
<figure class="align-right zoomable">
<a href="https://images.theconversation.com/files/570753/original/file-20240122-23-nvfuw5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=1000&fit=clip"><img alt="Vue microscopique d’une bactérie du groupe A Streptococcus" src="https://images.theconversation.com/files/570753/original/file-20240122-23-nvfuw5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=237&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/570753/original/file-20240122-23-nvfuw5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=938&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/570753/original/file-20240122-23-nvfuw5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=938&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/570753/original/file-20240122-23-nvfuw5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=938&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/570753/original/file-20240122-23-nvfuw5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=1179&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/570753/original/file-20240122-23-nvfuw5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=1179&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/570753/original/file-20240122-23-nvfuw5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=1179&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px"></a>
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<span class="caption">Le streptocoque du groupe A possède plusieurs facteurs qui favorisent l’infection et lui permettent d’envahir et de coloniser différents tissus, et d’y survivre.</span>
<span class="attribution"><span class="source">(NIAID)</span>, <a class="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">CC BY</a></span>
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</figure>
<p>Parmi les maladies causées par cet organisme, on trouve des infections des voies respiratoires telles que l’amygdalite et la pharyngite (symptômes de <a href="https://www.cdc.gov/groupastrep/diseases-public/strep-throat.html">l’angine streptococcique</a> classique), ainsi que des infections cutanées superficielles et d’autres, connues sous le nom de <a href="https://doi.org/10.4103%2F1947-2714.101997">pyodermite</a>.</p>
<p>Dans certains cas, le streptocoque A peut engendrer des infections invasives mettant la vie des patients en danger, telles que la <a href="https://www.healthlinkbc.ca/sites/default/files/documents/healthfiles/hfile60-f.pdf">fasciite nécrosante</a>, la <a href="https://www.futura-sciences.com/sante/definitions/medecine-septicemie-8149/">septicémie</a> (empoisonnement du sang) et le <a href="https://www.cdc.gov/groupastrep/diseases-public/streptococcal-toxic-shock-syndrome.html">syndrome de choc toxique streptococcique</a>.</p>
<p>Pour causer un aussi large éventail de maladies dans différentes parties du corps, la bactérie dispose de plusieurs facteurs qui favorisent l’infection et lui permettent d’envahir et de coloniser différents tissus et d’y survivre. Il s’agit notamment de molécules, telles que les superantigènes, les exotoxines et les adhésines, qui aident les agents pathogènes à échapper au système immunitaire de l’hôte.</p>
<p>Un nouveau variant du streptocoque du groupe A, nommé M1UK, <a href="https://doi.org/10.1016/S1473-3099(19)30446-3">a été d’abord rapporté au Royaume-Uni</a>, où il a été associé à une augmentation des cas de scarlatine et d’infections invasives.</p>
<p>Les <a href="https://doi.org/10.1038/s41467-023-36717-4">bactéries de la sous-lignée M1UK</a> possèdent la capacité de stimuler l’expression du superantigène SpeA grâce à une seule mutation génétique. La surproduction de SpeA pourrait être responsable de la hausse de la transmission et de la survie du pathogène, ainsi que de l’agressivité de la maladie, bien que cela soit encore à l’étude.</p>
<h2>Comment expliquer le pic de cas actuel ?</h2>
<p><a href="https://doi.org/10.1542/peds.2009-2648">Environ 10 % des enfants d’âge scolaire</a> sont porteurs de cette bactérie dans la gorge et les voies respiratoires supérieures, sans présenter de symptômes, et développent avec le temps une certaine immunité contre le streptocoque A.</p>
<p>Pendant la pandémie de Covid-19, il est probable que les enfants n’aient pas été exposés autant qu’à l’habitude à cette bactérie, de sorte que leur système immunitaire n’est <a href="https://doi.org/10.1016%2FS0262-4079(21)00716-8">sans doute pas aussi performant pour lutter</a> contre celle-ci et qu’ils pourraient y être plus vulnérables.</p>
<p>La propagation de la nouvelle souche M1UK pourrait être également à l’origine de l’augmentation du nombre de cas, mais cela demeure à vérifier.</p>
<h2>Doit-on s’inquiéter de cette hausse ?</h2>
<p>De manière générale, les Canadiens n’ont pas à s’inquiéter outre mesure, car les infections graves dues au streptocoque du groupe A sont rares.</p>
<p>Toutefois, il est important de prendre l’angine à streptocoque au sérieux, de consulter un médecin et de se méfier des symptômes qui pourraient indiquer une infection invasive. Sans traitement, cette bactérie peut engendrer divers problèmes, tels que des infections invasives.</p>
<p>Comment se protéger et quand consulter un médecin ?</p>
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<img alt="Un professionnel de la santé hors cadre prélève un échantillon de la gorge d’une jeune fille" src="https://images.theconversation.com/files/570754/original/file-20240122-24-has9cu.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/570754/original/file-20240122-24-has9cu.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=400&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/570754/original/file-20240122-24-has9cu.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=400&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/570754/original/file-20240122-24-has9cu.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=400&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/570754/original/file-20240122-24-has9cu.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=503&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/570754/original/file-20240122-24-has9cu.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=503&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/570754/original/file-20240122-24-has9cu.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=503&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Un test de dépistage rapide permet de diagnostiquer l’angine à streptocoque. En cas de résultat positif, on peut prescrire des antibiotiques.</span>
<span class="attribution"><span class="source">(Shutterstock)</span></span>
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<p>Comme le streptocoque du groupe A est courant et que de nombreux porteurs sont asymptomatiques, il est difficile de ne pas y être exposé. On recommande une bonne hygiène des mains, de se couvrir quand on tousse et qu’on éternue, de rester à la maison si on est malade et de ne pas envoyer ses enfants à l’école s’ils ont très mal à la gorge.</p>
<p>Si vous pensez souffrir d’une <a href="https://www.aboutkidshealth.ca/Article?contentid=11&language=French">infection à streptocoque</a>, notamment si vous avez la gorge douloureuse et de la difficulté à avaler, si vous avez de la fièvre, un gonflement des amygdales ou une éruption cutanée, consultez un médecin de famille afin de déterminer s’il s’agit d’une infection à streptocoque du groupe A. Un <a href="https://www.healthlinkbc.ca/tests-treatments-medications/medical-tests/rapid-strep-test-strep-throat">test de dépistage rapide</a> peut être effectué en prélevant un échantillon dans la gorge. S’il s’avère positif, le médecin peut prescrire des antibiotiques.</p>
<p>Les infections invasives à streptocoque du groupe A sont très dangereuses et constituent une urgence médicale, même si les premiers symptômes ne sont pas toujours clairs. Il peut s’agir de fièvre, de frissons, de symptômes grippaux, de nausées ou de vomissements, mais surtout d’infections cutanées rouges et chaudes qui peuvent être très douloureuses et se répandre rapidement.</p>
<p>Des données solides indiquent que des <a href="https://doi.org/10.1542/peds.105.5.e60">maladies virales antérieures, telles que la varicelle</a>, peuvent prédisposer à l’infection invasive au streptocoque A. On devrait surveiller de près les enfants atteints de varicelle pour s’assurer qu’ils n’en souffrent pas.</p>
<p>Actuellement, il n’y a pas de vaccin contre le streptocoque du groupe A, alors qu’il en existe un contre la varicelle. De nombreuses équipes de recherche dans le monde, <a href="https://www.mccormicklab.ca/">dont la nôtre</a>, travaillent à la mise au point d’un vaccin contre le streptocoque A.</p><img src="https://counter.theconversation.com/content/222031/count.gif" alt="La Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>John McCormick reçoit des fonds des Instituts de recherche en santé du Canada (IRSC), du Conseil des sciences naturelles et de l'ingénierie du Canada (CRSNG) et de la Fondation Leducq.</span></em></p><p class="fine-print"><em><span>Juan Manuel Diaz reçoit des fonds des Instituts de recherche en santé du Canada.
</span></em></p>L’augmentation du nombre de maladies graves causées par les streptocoques du groupe A est préoccupante. Voici pourquoi et comment elle se propage, et quels sont les symptômes à surveiller.John McCormick, Professor of Microbiology and Immunology, Western UniversityJuan Manuel Diaz, Postdoctoral Associate, department of Microbiology and Immunology, Western UniversityLicensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/2152472024-01-15T16:43:11Z2024-01-15T16:43:11ZNotre microbiote intestinal, cible collatérale des pesticides : focus sur les effets du chlorpyrifos<p>Si la France est l’un des <a href="https://ue.delegfrance.org/l-agriculture-francaise-en-3038">principaux acteurs de l’agriculture en Europe</a>, elle fait cependant face à des <a href="https://www.strategie.gouv.fr/sites/strategie.gouv.fr/files/atoms/files/fs-2021_rapport_pour_une_alimentation_saine_et_durable_-_evaluation_des_politiques_de_lalimentation_en_france.pdf">défis croissants en matière de production alimentaire</a> et de <a href="https://www.inrae.fr/agroecologie/cultiver-proteger-sans-pesticides/pourquoi-proteger-cultures-quelle-place-pesticides">protection des cultures</a> contre les ravageurs et les « mauvaises herbes ».</p>
<p>Dans cette quête pour répondre aux besoins d’une <a href="https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/fes3.108">population mondiale en expansion</a>, l’utilisation des produits phytosanitaires a longtemps été considérée comme la solution salvatrice. Cependant, l’impact environnemental de ces composés chimiques (qui font partie des pesticides) se révèle <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27722929/">préoccupant pour la santé publique</a>, ce qui suscite un débat animé sur leur utilisation, comme en témoigne l’effervescence récente autour de la question du <a href="https://www.lemonde.fr/planete/article/2023/11/16/glyphosate-la-commission-europeenne-annonce-le-renouvellement-pour-dix-ans-dans-l-ue-faute-d-accord-entre-les-pays-membres_6200450_3244.html">renouvellement du glyphosate</a>.</p>
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À lire aussi :
<a href="https://theconversation.com/le-glyphosate-revelateur-de-linfluence-des-lobbys-industriels-sur-la-science-reglementaire-215604">Le glyphosate, révélateur de l’influence des lobbys industriels sur la « science réglementaire »</a>
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<p>Mais cette molécule n’est pas la seule à poser problème. Un autre cas emblématique est celui du chlorpyrifos. Interdit en France depuis 2020, on en trouve pourtant encore une certaine quantité dans les sols de notre pays. Que sait-on de ses effets sur la santé, et en particulier sur notre microbiote intestinal ?</p>
<h2>Omniprésence des pesticides et santé</h2>
<p>Malgré les <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S095671351300666X">réglementations</a> mises en place pour limiter leur utilisation, l’exposition de la population française aux pesticides reste importante, notamment <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28693528/">dans la région des Hauts de France</a>. Ces produits se retrouvent en effet <a href="https://www.inserm.fr/wp-content/uploads/2021-07/inserm-expertisecollective-pesticides2021-rapportcomplet-0.pdf#page=150">dans l’air que nous respirons</a>, <a href="https://www.inserm.fr/wp-content/uploads/2021-07/inserm-expertisecollective-pesticides2021-rapportcomplet-0.pdf#page=140">dans l’eau que nous buvons et dans notre alimentation d’une manière plus générale</a>.</p>
<p>Cette omniprésence représente un risque pour l’être humain, car la toxicité de ces substances <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/B9780128193044000038">ne s’arrête pas aux organismes ciblés</a>. Depuis plusieurs années, une question se pose avec une insistance croissante : se pourrait-il que certains effets néfastes observés chez l’être humain, voire la survenue de certaines maladies, soient liés à une <a href="https://www.inserm.fr/wp-content/uploads/media/entity_documents/inserm-ec-2013-pesticideseffetssante-synthese.pdf">exposition aux pesticides</a> ?</p>
<p><a href="https://link.springer.com/article/10.1007/s00204-016-1849-x">Certaines études</a> semblent en effet avoir trouvé des preuves du rôle possible de l’exposition aux pesticides dans la survenue de maladies humaines telles que les cancers, la maladie d’Alzheimer, la maladie de Parkinson, le trouble déficitaire de l’attention avec hyperactivité, l’autisme, les malformations congénitales et l’infertilité.</p>
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À lire aussi :
<a href="https://theconversation.com/glyphosate-sur-quelles-pathologies-portent-les-soupcons-et-avec-quels-niveaux-de-preuves-217583">Glyphosate : sur quelles pathologies portent les soupçons et avec quels niveaux de preuves ?</a>
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<p>Dans un tel contexte, la question de l’exposition chronique à un mélange de résidus de pesticides devient un enjeu sanitaire de premier plan. Cela est d’autant plus important quand cette exposition a lieu durant la période périnatale car la grossesse est une période particulière de la vie, marquée par une certaine <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31587964/">vulnérabilité</a> de la mère mais également de l’enfant à naître.</p>
<p>Or, <a href="https://www.researchgate.net/publication/271900420_Cohorte_MecoExpo_utilisation_du_meconium_pour_estimer_l'exposition_in_utero_aux_pesticides_des_nouveau-nes_en_Picardie/citations">nos analyses au sein du laboratoire PériTox</a>, citées en 2021 dans le rapport d’expertise de l'Institut national de la Recherche médicale (Inserm) <a href="https://www.inserm.fr/wp-content/uploads/2021-07/inserm-expertisecollective-pesticides2021-rapportcomplet-0.pdf">« Pesticides et effets sur la santé »</a>, ont révélé la présence, dans des prélévements de méconium (les premières selles du nouveau-né), de <a href="https://www.inserm.fr/wp-content/uploads/2021-07/inserm-expertisecollective-pesticides2021-rapportcomplet-0.pdf#page=34">« chlorpyrifos, diazinon, propoxur et isoproturon »</a>.</p>
<h2>Qu’est-ce que le chlorpyrifos ?</h2>
<p>Le <a href="http://npic.orst.edu/factsheets/archive/chlorptech.html">chlorpyrifos</a> est un insecticide qui a été <a href="https://www.greenfacts.org/fr/chlorpyrifos-pesticide/index.htm">largement utilisé</a> dans l’agriculture, durant plusieurs décennies.</p>
<p>Cet insecticide fait partie de la famille des organophosphorés, des molécules qui ciblent le système nerveux des insectes. En raison de sa neurotoxicité et ses effets nocifs sur l’environnement et la santé, des restrictions ont été imposées à son utilisation. <a href="https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fncel.2015.00124/full">Des travaux</a> évaluant les facteurs de risque environnementaux de maladies neurodégénératives ont en effet révélé que l’exposition au chlorpyrifos est associée à des troubles cognitifs, à un stress oxydatif et à des lésions neuronales.</p>
<p>En 2020, une <a href="https://eur-lex.europa.eu/legal-content/FR/TXT/PDF/?uri=CELEX:32020R0017">interdiction de l’utilisation de ce pesticide</a> a été annoncée, avec une date butoir fixée en 2022, en faveur de la transition vers une agriculture plus durable et respectueuse de l’environnement. Néanmoins, en 2023, une certaine quantité de résidus de chlorpyrifos est encore retrouvée dans les sols français.</p>
<p>Celle-ci varie en fonction de plusieurs facteurs, tels que les conditions environnementales, les pratiques agricoles antérieures, et les processus naturels de décomposition. En effet, le chlorpyrifos, appliqué pendant plusieurs décennies et en grande quantité, se lie aux plantes, aux particules de sol ou aux sédiments. Après un certain temps, sa fraction principale est soit volatilisée, hydrolysée, ou biodégradé en fonction des propriétés physico-chimiques du pesticide. La volatilisation dépend de la concentration, la température et les propriétés du sol. Quant à sa biodégradation, elle dépend du type et du mélange de microorganismes habitant le sol.</p>
<p>Tous ces facteurs font que la demi-vie de ce pesticide (le temps mis par une substance pour perdre la moitié de son activité) n’est pas constante : elle peut être <a href="https://link.springer.com/article/10.1007/s00253-017-8401-7">d’une centaine de jours comme persister jusqu’à 17 ans</a>.</p>
<p>L’interdiction qui a concerné le chlorpyrifos n’a, en outre, pas englobé tous les pesticides organophosphorés. Une panoplie d’autres molécules, dont on ne parle pas, appartenant à cette même famille, sont utilisées comme le diazinon, le malathion et le parathion. Si l’effet principal de ces molécules est <a href="https://www.nature.com/articles/cddiscovery20177">neurotoxique</a>, des <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5458788/">études récentes</a> témoignent que ces molécules agissent aussi sur la réaction au stress assurée par le microbiote intestinal, et sur son implication dans le métabolisme des glucides.</p>
<p>C’est la raison pour laquelle les recherches sur les effets sur la santé des pesticides organophoshporés, et du chlorpyrifos en particulier, se poursuivent. Des travaux ont révélé des résultats préoccupants quant à son impact sur le <a href="https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/">microbiote intestinal</a>.</p>
<h2>Le microbiote intestinal, un « organe symbiotique »</h2>
<p>Le microbiote intestinal n’est pas une simple communauté de microorganismes colonisant notre tractus digestif. Il est de nos jours plutôt vu comme jouant le rôle d’un organe indispensable à diverses fonctions de notre organisme. Il s’agit notamment de la première barrière physique de notre corps à être en contact avec les contaminants alimentaires tels que le chlorpyrifos.</p>
<p>Il ne s’agit cependant pas d’un organe comme les autres, mais plutôt d’un « organe symbiotique » : les micro-organismes qui le composent (principalement des bactéries), établissent une symbiose avec notre organisme, autrement dit une association intime, durable, et dans le cas présent, mutuellement bénéfique.</p>
<p>En effet, le microbiote intestinal n’est pas isolé du reste de notre organisme. Les micro-organismes qui le composent participent à la digestion des aliments, jouent un rôle dans la synthèse de certaines vitamines, interviennent dans les défenses immunitaires, et, via les molécules qu’ils produisent en faisant tout cela, régulent certaines voies métaboliques (absorption des acides gras, du calcium et du magnésium notamment).</p>
<p>Quelques chiffres permettent de prendre la mesure de l’importance de cette association : notre microbiote intestinal <a href="https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/">est composé d’environ 10<sup>14</sup> micro-organismes</a>, soit 100 000 milliards de cellules, autrement dit un nombre qui dépasse celui des cellules de notre propre corps. On estime que le microbiote contient 3 millions de gènes, alors que notre propre génome n’en contient qu’approximativement 23 000. C’est à se demander si nous ne serions pas plus « bactérien » qu’humain…</p>
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<img alt="Micrographie électronique à balayage, en fausses couleurs, de bactéries Escherichia coli en culture." src="https://images.theconversation.com/files/569365/original/file-20240115-73910-nn3l0d.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/569365/original/file-20240115-73910-nn3l0d.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=433&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/569365/original/file-20240115-73910-nn3l0d.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=433&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/569365/original/file-20240115-73910-nn3l0d.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=433&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/569365/original/file-20240115-73910-nn3l0d.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=544&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/569365/original/file-20240115-73910-nn3l0d.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=544&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/569365/original/file-20240115-73910-nn3l0d.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=544&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">La bactérie Escherichia coli est présente au sein de la flore intestinale (micrographie électronique à balayage, en fausses couleurs).</span>
<span class="attribution"><span class="source">National Institute of Allergy and Infectious Diseases/National Institutes of Health</span></span>
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<p>Cet écosystème microbien intestinal est devenu un sujet important de la recherche en raison de son implication dans de nombreuses pathologies, comme <a href="https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fmolb.2021.632955/full">l’obésité, le diabète de type 2 et le cancer du côlon</a>. On sait qu’il diffère chez la femme enceinte.</p>
<p>En effet, les variations hormonales (œstrogène et progestérone) et les altérations au niveau du système immunitaire qui se produisent durant la grossesse influencent la <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5648614/">composition bactérienne ainsi que les fonctions du microbiote intestinal</a>. Cela entraine des <a href="https://www.cambridge.org/core/journals/british-journal-of-nutrition/article/gut-microbiota-composition-is-associated-with-body-weight-weight-gain-and-biochemical-parameters-in-pregnant-women/C6BF45134ED5B0678A2BCC8599889DEE">perturbations métaboliques</a> pouvant conduire à l’obésité ou à un diabète dit « gestationnel ».</p>
<p>Dans un tel contexte, la question d’une éventuelle sensibilité accrue des femmes enceintes aux contaminants alimentaires se pose donc avec acuité.</p>
<h2>Chlorpyrifos et perturbation du microbiote intestinal</h2>
<p><a href="https://www.mdpi.com/2305-6304/10/3/138">Des études récentes</a> ont montré que l’ingestion, par des rates gestantes, d’aliments contenant des pesticides, et notamment du chlorpyrifos, a été associée à des altérations de la composition du microbiote intestinal.</p>
<p>Une diminution des populations de certaines bactéries bénéfiques et une augmentation d’espèces potentiellement pathogènes chez la mère et la descendance ont été observées. Parallèlement à ces conséquences microbiologiques, les résultats ont montré une perturbation du profil lipidique et glycémique par le chlorpyrifos, d’où son lien avec la <a href="https://link.springer.com/article/10.1007/s00394-021-02548-6">survenue de l’obésité et du diabète de type 2</a>.</p>
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<img alt="Schéma illustrant la circulation du chlorpyrifos au sein des écosystèmes." src="https://images.theconversation.com/files/565979/original/file-20231215-25-ukjy1c.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/565979/original/file-20231215-25-ukjy1c.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=344&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/565979/original/file-20231215-25-ukjy1c.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=344&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/565979/original/file-20231215-25-ukjy1c.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=344&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/565979/original/file-20231215-25-ukjy1c.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=432&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/565979/original/file-20231215-25-ukjy1c.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=432&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/565979/original/file-20231215-25-ukjy1c.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=432&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Le chlorpyrifos épandu sur les cultures peut se retrouver dans notre organisme.</span>
<span class="attribution"><span class="source">Maria Abou Diwan</span>, <span class="license">Fourni par l'auteur</span></span>
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<p>On l’a vu, notre microbiote intestinal est en dialogue constant avec notre organisme. Et notamment avec deux barrières fonctionnelles très importantes pour nous protéger des envahisseurs : la barrière intestinale et la barrière hémato-encéphalique, qui protège le cerveau. Cette connexion est définie comme <a href="https://www.mdpi.com/1422-0067/24/7/6147">l’axe microbiote-intestin-cerveau</a>.</p>
<p>Or, il a été démontré que le chlorpyrifos agit non seulement directement sur le système nerveux, mais qu’il <a href="https://link.springer.com/article/10.1007/s00394-022-03063-y">perturbe aussi l’environnement microbien de l’intestin</a>. Ce qui a des conséquences qui dépassent notre seul tube digestif.</p>
<h2>Des perturbations du microbiote intestinal qui peuvent avoir des répercussions à distance</h2>
<p>Les dérégulations du microbiote sont regroupées sous le terme <a href="https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fendo.2021.667066/full">« dysbiose intestinale »</a>. Les conséquences de telles perturbations sont notamment des modifications dans la composition du cocktail de molécules produites lors du fonctionnement du microbiote intestinal, ce qui peut avoir un impact sur d’autres organes.</p>
<p>On sait par exemple que des changements dans la production des acides gras à chaîne courte, produits par les bactéries « bénéfiques » du microbiote, <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0045653516303708">impactent la perméabilité de la barrière intestinale et induisent une inflammation de l’intestin</a>.</p>
<p>Cela va aussi permettre le <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27826358/">passage de micro-organismes et de substances potentiellement nocives dans la circulation sanguine</a> et, finalement, vers le cerveau à travers la barrière hémato-encéphalique, <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22611033/">dont l’étanchéité est impactée par le chlorpyrifos</a>.</p>
<p>Ce phénomène, qu’on appelle <a href="https://www.medecinesciences.org/en/articles/medsci/pdf/2013/09/medsci2013298-9p800.pdf">« translocation bactérienne »</a>, pourrait contribuer au développement de <a href="https://www.medecinesciences.org/fr/articles/medsci/pdf/2013/04/medsci2013293p273.pdf">maladies</a> inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), des maladies métaboliques et des problèmes neurologiques, tels que l’anxiété ou la dépression.</p>
<p>Ces résultats indiquent que cet insecticide pourrait ainsi perturber dans sa totalité la communication au sein de l’axe microbiote-intestin-cerveau, et donc avoir des effets sur plusieurs organes du corps.</p>
<p>Dans cette optique, il semble nécessaire de poursuivre les études sur cette molécule et les résidus de pesticides en général afin de mieux comprendre leur implication dans les maladies à long terme et proposer des stratégies préventives nutritionnelles efficaces.</p>
<h2>Comment prévenir ces effets et protéger notre microbiote intestinal ?</h2>
<p>Ces phénomènes pathologiques, bien qu’alarmants, semblent pouvoir être contrés. Des études récentes, dont celles de notre laboratoire, <a href="https://peritox.u-picardie.fr/">PériTox</a>, ont montré que certains <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27760213/">prébiotiques</a> pourraient être bénéfiques dans le traitement du dysfonctionnement intestinal, en réduisant le risque des maladies inflammatoires et le cancer colorectal.</p>
<p>Les <a href="https://www.mdpi.com/2304-8158/8/3/92">prébiotiques</a> sont des éléments nutritifs qui ont la capacité de favoriser la croissance des « bonnes bactéries » présentes au sein du microbiote intestinal (désignées quant à elles par le terme générique « probiotiques »). Concrètement, il s’agit d’éléments dont ces bactéries bénéfiques vont pouvoir se nourrir.</p>
<p>Les prébiotiques peuvent être apportés par l’alimentation. Citons par exemple les fibres alimentaires tels que des fructo-oligosaccharides (FOS) (comme l’inuline), les galacto-oligosaccharides (GOS), les trans-galacto-oligosaccharides (TOS) et l’amidon résistant que l’on trouve dans de nombreux fruits, légumes (comme la chicorée et les endives), céréales et lait. Ils peuvent être aussi pris en supplément.</p>
<p>Par ailleurs, l’alimentation peut aussi apporter des <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0278691521003392">probiotiques</a>, comme les bactéries que l’on trouve dans les yaourts (<em>Lactobacilles</em>).</p>
<p>Une supplémentation en probiotiques et prébiotiques est désormais considérée comme une approche prometteuse pour atténuer les effets négatifs des contaminants alimentaires. Des études menées au laboratoire PériTox ont par exemple montré que la <a href="https://journals.plos.org/plosone/article/file?id=10.1371/journal.pone.0164614">supplémentation en inuline</a> (une fibre alimentaire ayant un effet prébiotique) <a href="https://www.mdpi.com/2305-6304/10/3/138">entrave les effets du chlorpyrifos</a>, en rétablissant <a href="https://www.semanticscholar.org/paper/Effect-of-daily-co-exposure-to-inulin-and-on-in-the-Condette-Djekkoun/ec5ffc554e19e7ef892e006fbbbaec2dfb6d2189">l’équilibre au sein de la flore intestinale</a>.</p>
<p>Favoriser une alimentation pauvre en résidus de pesticides, dite « bio » pourrait aussi réduire notre exposition. En effet, selon le dernier rapport de l’autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA), les aliments d’origine végétale issus de l’agriculture biologique <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0007996021000961">présentent de plus faibles teneurs en résidus de pesticides</a>.</p>
<p>Bien penser notre alimentation, surtout durant la grossesse, est donc la clé pour protéger la santé de notre microbiote intestinal et celle de notre enfant à naître face aux contaminants alimentaires. En attendant que les stratégies alternatives à l’utilisation des pesticides en agriculture qui commencent à voir le jour prennent de l’ampleur…</p><img src="https://counter.theconversation.com/content/215247/count.gif" alt="The Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>Maria Abou Diwan a reçu des financements de l'Etat Français et de la Région Hauts-de-France dans le cadre du CPER MOSOPS pour le projet PESTAMIC et a reçu un prix jeune chercheur de la Fondation Evertéa.</span></em></p><p class="fine-print"><em><span>Hafida Khorsi et Pietra Candela ne travaillent pas, ne conseillent pas, ne possèdent pas de parts, ne reçoivent pas de fonds d'une organisation qui pourrait tirer profit de cet article, et n'ont déclaré aucune autre affiliation que leur poste universitaire.</span></em></p>Le chlorpyrifos est interdit en Europe depuis 2020, mais il persiste dans les sols. Encore mal connus, ses effets sur la santé – et en particulier sur la flore intestinale – pourraient perdurer. Que faire ?Maria Abou Diwan, Doctorante Biologie santé et environnement, Laboratoire de la Barrière Hémato-Encéphalique (LBHE), UR 2465, Faculté Jean Perrin, Université d’Artois ; PériTox - Périnatalité et Risques Toxiques - UMR_I 01 UPJV / INERIS, Université de Picardie Jules Verne (UPJV)Hafida Khorsi, Professeur des universités en microbiologie, PériTox - Périnatalité et Risques Toxiques - UMR_I 01, UPJV / INERIS, Université de Picardie Jules Verne (UPJV)Pietra Candela, Docteur, maître de conférences, Laboratoire de la Barrière Hémato-Encéphalique (LBHE), UR 2465, Faculté Jean Perrin, Université d'ArtoisLicensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/1964372022-12-14T18:42:32Z2022-12-14T18:42:32ZLes toilettes crachent des aérosols invisibles à chaque fois que l’on tire la chasse – la preuve en laser…<figure><img src="https://images.theconversation.com/files/500468/original/file-20221212-108656-r7u1jo.jpg?ixlib=rb-1.1.0&rect=0%2C598%2C923%2C465&q=45&auto=format&w=496&fit=clip" /><figcaption><span class="caption">Les panaches d'aérosols éjectés par des toilettes commerciales peuvent s'élever à 1,5 m au-dessus de la cuvette.</span> <span class="attribution"><span class="source">John Crimaldi/Scientific Reports</span>, <a class="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/">CC BY-NC-ND</a></span></figcaption></figure><p>C’est l’action qui conclut tout passage aux toilettes : vous actionnez la chasse et celle-ci, en remplissant avec fracas la cuvette, libère à votre insu des panaches de minuscules gouttelettes d’eau dans l’air ambiant. Des gouttelettes qui peuvent sembler bien anodines… Mais ces <a href="https://doi.org/10.1063/5.0040310">aérosols</a> (fines particules, solides ou liquides, en suspension dans l’air) peuvent en fait propager des agents pathogènes – selon, entre autres, ce qu’il y avait dans la cuvette.</p>
<p>Dans des toilettes publiques, cela signifie que les personnes de passage vont potentiellement se trouver exposées à des maladies contagieuses (ou apporter son lot de pathogènes)…</p>
<p>Or, si de nombreux travaux ont établi que la plupart des contaminations impliquent un <a href="https://theconversation.com/que-risque-t-on-en-sasseyant-sur-des-toilettes-publiques-105465">transfert des bactéries et autres pathogènes vers la bouche via les mains</a>, des recherches équivalentes sur les risques associés aux aérosols font défaut alors que l’on sait depuis des décennies que les chasses d’eau peuvent <a href="https://doi.org/10.1016/j.gsf.2021.101282">libérer des particules dans l’air</a>.</p>
<p>La compréhension scientifique de la propagation de ces panaches d’aérosols – et la sensibilisation du public à leur existence – a été entravée par le fait qu’ils sont invisibles. Nous avons résolu ce problème.</p>
<p>Mes collègues <a href="https://scholar.google.com/citations?user=cGGI4QcAAAAJ&hl=en">Aaron True</a>, <a href="https://scholar.google.com/citations?user=uAS7KNUAAAAJ&hl=en">Karl Linden</a>, <a href="https://scholar.google.com/citations?user=BpJEifoAAAAJ&hl=en">Mark Hernandez</a>, Lars Larson, Anna Pauls et moi-même avons utilisé des <a href="https://www.nature.com/articles/s41598-022-24686-5">lasers de grande puissance pour les éclairer</a>. Une mise en lumière qui nous a permis d’imager et de mesurer l’emplacement et le mouvement des panaches d’aérosols qui se propagent à partir des toilettes commerciales à chasse d’eau, avec un niveau de détails saisissant.</p>
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<iframe width="440" height="260" src="https://www.youtube.com/embed/oC_f0UAGwMU?wmode=transparent&start=0" frameborder="0" allowfullscreen=""></iframe>
<figcaption><span class="caption">Cette vidéo compare la visibilité d’un panache d’aérosol après une chasse d’eau sans et avec des lasers dans un laboratoire.</span></figcaption>
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<h2>Des modélisations aux résultats concrets</h2>
<p>Les toilettes sont conçues pour vider efficacement le contenu de la cuvette par un mouvement descendant de l’eau vers le tuyau d’évacuation. L’eau provenant de la chasse mise en action entre donc en contact violemment avec ledit contenu pour le repousser… ce qui crée en réaction une projection diffuse de particules qui va rester en suspension dans l’air.</p>
<p>Nous avons constaté qu’une toilette commerciale typique provoque une forte projection d’air chaotique ascendant à des vitesses dépassant 2 mètres par seconde. Dans les huit secondes suivant le début de la chasse d’eau, les particules générées (issues notamment de nos matières fécales, etc.) sont transportées jusqu’à 1,5 mètre au-dessus de la cuvette.</p>
<figure class="align-right zoomable">
<a href="https://images.theconversation.com/files/499624/original/file-20221207-11419-91m3jz.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=1000&fit=clip"><img alt="Diagramme d’une toilette à jet avec siphon" src="https://images.theconversation.com/files/499624/original/file-20221207-11419-91m3jz.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=237&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/499624/original/file-20221207-11419-91m3jz.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=600&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/499624/original/file-20221207-11419-91m3jz.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=600&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/499624/original/file-20221207-11419-91m3jz.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=600&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/499624/original/file-20221207-11419-91m3jz.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=754&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/499624/original/file-20221207-11419-91m3jz.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=754&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/499624/original/file-20221207-11419-91m3jz.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=754&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px"></a>
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<span class="caption">L’eau coule avec force dans la cuvette des toilettes pendant un cycle de chasse.</span>
<span class="attribution"><a class="source" href="https://commons.wikimedia.org/wiki/File:Diagram_of_a_jet-siphonic_WC_bowl.svg">SouthHamsian/Wikimedia</a>, <a class="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/">CC BY-NC-SA</a></span>
</figcaption>
</figure>
<p>Pour visualiser ces panaches, nous avons installé dans notre laboratoire une toilette commerciale sans couvercle typique, équipée d’une <a href="https://doi.org/10.1080%2F02786826.2013.814911">soupape de type chasse d’eau</a> que l’on trouve partout en Amérique du Nord. Les valves présentes utilisent la pression au lieu de la gravité pour diriger l’eau dans la cuvette. Afin de ne pas créer de perturbation par notre présence, nous avons installé un mécanisme pour déclencher la chasse à distance électriquement.</p>
<p>Nous avons utilisé des optiques spéciales pour créer une fine « feuille » verticale de lumière laser afin d’illuminer la zone allant du haut de la cuvette au plafond. Les particules d’aérosols diffusant suffisamment de lumière laser pour devenir visibles avec ce type dispositif, nous avons pu utiliser des caméras pour visualiser le panache qu’elles allaient former.</p>
<p>Même si nous nous attendions à voir ces particules, nous avons été surpris par la force du jet les éjectant de la cuvette.</p>
<p>Une <a href="https://doi.org/10.1063/5.0013318">étude connexe</a> avait utilisé un modèle de calcul d’une toilette idéalisée pour prédire la formation de panaches d’aérosols. Mais, avec un transport ascendant de particules à des vitesses au-dessus de la cuvette proches du mètre par seconde, elle n’arrivait qu’à environ la moitié de ce que nous avons observé avec une vraie toilette.</p>
<h2>Pourquoi des lasers ?</h2>
<p>Jusqu’ici, les <a href="https://doi.org/10.1038/s41598-021-02938-0">études expérimentales menées</a> se sont largement appuyées sur des dispositifs qui échantillonnaient l’air à des endroits fixes pour déterminer le nombre et la taille des particules produites par les toilettes.</p>
<p>Si ces approches pouvaient indiquer la présence d’aérosols, elles ne fournissaient que peu d’informations sur la physique des panaches générés : à quoi ils ressemblent, comment ils se répandent et à quelle vitesse ils se déplacent. Or, ces informations sont essentielles pour élaborer des stratégies visant à atténuer leur formation et à réduire leur capacité à transmettre des maladies. La question n’a donc rien d’anodin…</p>
<figure>
<iframe width="440" height="260" src="https://www.youtube.com/embed/ReSTeXwcfYw?wmode=transparent&start=0" frameborder="0" allowfullscreen=""></iframe>
<figcaption><span class="caption">Cette vidéo montre Aaron True surveillant les données d’image en direct d’un panache de chasse d’eau sur un écran d’ordinateur.</span></figcaption>
</figure>
<p>En tant que <a href="https://scholar.google.com/citations?user=wn_f7y0AAAAJ&hl=en">professeur d’ingénierie</a>, mes recherches portent sur les interactions entre la physique des fluides et les processus écologiques ou biologiques. <a href="https://www.colorado.edu/lab/ecological-fluids/">Mon laboratoire</a> est spécialisé dans l’utilisation de lasers pour déterminer comment diverses choses sont <a href="https://doi.org/10.1017/jfm.2015.113">transportées par des flux de fluides complexes</a>. Dans de nombreux cas, ces éléments sont invisibles jusqu’à ce que nous les éclairions avec des lasers.</p>
<p>Un avantage de l’utilisation de la lumière laser pour mesurer les flux de fluides est que, contrairement à une sonde physique, la lumière n’altère pas ou ne perturbe pas la chose que vous essayez de mesurer. En outre, l’utilisation de lasers pour rendre visibles des choses invisibles nous aide, nous qui <a href="https://doi.org/10.2147%2FEB.S64016">nous appuyons tant sur notre système visuel</a>, à mieux comprendre les complexités de l’environnement fluide dans lequel nous évoluons.</p>
<h2>Aérosols et maladies</h2>
<p>Les particules d’aérosols contenant des agents pathogènes sont d’<a href="https://doi.org/10.1097/JOM.0000000000000448">importants vecteurs de maladies humaines</a>, principalement de deux façons :</p>
<ul>
<li><p>Les petites particules qui restent en suspension dans l’air pendant un certain temps peuvent <a href="https://theconversation.com/Covid-comment-se-proteger-simplement-de-la-transmission-aerienne-du-virus-167222">exposer les gens par inhalation à des maladies respiratoires</a> – comme la <a href="https://doi.org/10.1126/science.abd9149">grippe et le Covid-19</a> pour être dans l’actualité.</p></li>
<li><p>Les particules plus grosses qui se déposent rapidement sur les surfaces peuvent, elles, propager des maladies intestinales (diarrhées, vomissements… provoqués notamment par le <a href="https://doi.org/10.1038/s41598-021-02938-0">norovirus</a>) par contact avec les mains et la bouche.</p></li>
</ul>
<p>L’eau des toilettes contaminée par des matières fécales peut présenter des concentrations d’agents pathogènes qui <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5890808/">persistent après des dizaines de chasses d’eau</a>. Mais la question complémentaire de savoir si les aérosols des toilettes présentent un risque fort de transmission reste <a href="https://doi.org/10.2166/wh.2021.182">ouverte</a>.</p>
<p>Bien que nous ayons pu décrire visuellement et quantitativement la manière dont les panaches d’aérosols se déplacent et se dispersent, nos travaux ne traitent pas directement de la manière dont les panaches de toilettes transmettent les maladies : il s’agit là d’un aspect de la recherche toujours en cours.</p>
<h2>Limiter la diffusion du panache potentiellement contaminé</h2>
<p>Notre méthodologie expérimentale et nos résultats (quantification des panaches de toilettes et vitesses d’écoulement associées) fournissent toutefois une base pour de futurs travaux visant à tester les stratégies qui permettront de minimiser le risque d’exposition à des maladies diffusées par la chasse d’eau des toilettes. Il pourrait s’agir d’évaluer les modifications des panaches d’aérosols émanant de nouveaux modèles de cuvettes de toilettes spécialement conçus ou de valves de chasse d’eau qui modifient la durée ou l’intensité du cycle de chasse.</p>
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<p>En attendant, il existe déjà des moyens de réduire notre exposition à ces panaches aussi invisibles que chargés… Une stratégie évidente consiste à <a href="https://doi.org/10.1016/j.scitotenv.2020.142575">fermer le couvercle</a> avant de tirer la chasse. Cependant, cela n’élimine pas complètement les émanations d’aérosols. De plus, de nombreuses toilettes dans les établissements publics, commerciaux et de santé ne sont pas équipées de couvercles.</p>
<p>Les systèmes de ventilation ou de <a href="https://doi.org/10.1111/ina.12752">désinfection par UV</a> pourraient également atténuer l’exposition aux panaches d’aérosols. Nos données pourraient également être utiles pour aider à désinfecter les agents pathogènes qu’ils contiennent.</p><img src="https://counter.theconversation.com/content/196437/count.gif" alt="The Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>John Crimaldi a reçu des financements de la National Science Foundation, des National Institutes of Health et de l'US Army DEVCOM Chemical Biological Center.</span></em></p>Les toilettes éjectent des gouttelettes d’aérosol, parfois porteuses de pathogènes… Savoir comment ces particules se déplacent pourrait aider à réduire notre exposition dans les toilettes publiques.John Crimaldi, Professor of Civil, Environmental and Architectural Engineering, University of Colorado BoulderLicensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/1884952022-09-22T18:43:17Z2022-09-22T18:43:17ZLa révolution microbienne racontée par Hector Lebrun, témoin privilégié du XIXᵉ siècle<figure class="align-right zoomable">
<a href="https://images.theconversation.com/files/478580/original/file-20220810-4757-tzkp3o.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=1000&fit=clip"><img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/478580/original/file-20220810-4757-tzkp3o.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=237&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/478580/original/file-20220810-4757-tzkp3o.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=574&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/478580/original/file-20220810-4757-tzkp3o.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=574&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/478580/original/file-20220810-4757-tzkp3o.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=574&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/478580/original/file-20220810-4757-tzkp3o.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=721&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/478580/original/file-20220810-4757-tzkp3o.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=721&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/478580/original/file-20220810-4757-tzkp3o.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=721&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px"></a>
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<span class="caption">Représentation schématique du concept One Health (Une seule santé).</span>
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<p>Depuis le début du XXI<sup>e</sup> siècle, un nouveau paradigme s’impose en infectiologie et en santé publique : <a href="https://theconversation.com/le-concept-one-health-doit-simposer-pour-permettre-lanticipation-des-pandemies-139549"><em>One Health</em></a> (une seule santé), basé sur la reconnaissance des interconnexions entre santé humaine, santé animale et état des écosystèmes. Il remplace celui de la théorie microbienne de Pasteur et Koch (XIX<sup>e</sup> s.) et constitue un retour partiel à l’antique théorie des miasmes d’Hippocrate, qui attribuait à l’environnement un rôle prédominant dans l’émergence des épidémies.</p>
<p>Ces changements de paradigme ont des implications majeures en santé publique : la théorie des miasmes avait servi de base aux politiques hygiénistes visant à assainir les villes, puis la théorie microbienne avait mis l’accent sur la lutte contre les agents pathogènes via la stérilisation des aliments, les antibiotiques et la vaccination. <em>One Health</em> recommande désormais d’agir également sur les conditions socio-économiques et environnementales favorisant les infections.</p>
<p>Pour mieux en saisir les implications, revenons sur la naissance de la théorie microbienne qui a façonné notre vision des pathogènes depuis plus d’un siècle avec pour guide un témoin privilégié de son développement, Hector Lebrun.</p>
<h2>Un savant généraliste</h2>
<figure class="align-center ">
<img alt="Hector Lebrun penché sur un microscope" src="https://images.theconversation.com/files/478351/original/file-20220809-15346-vohb4s.jpeg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/478351/original/file-20220809-15346-vohb4s.jpeg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=338&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/478351/original/file-20220809-15346-vohb4s.jpeg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=338&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/478351/original/file-20220809-15346-vohb4s.jpeg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=338&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/478351/original/file-20220809-15346-vohb4s.jpeg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=424&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/478351/original/file-20220809-15346-vohb4s.jpeg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=424&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/478351/original/file-20220809-15346-vohb4s.jpeg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=424&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
<figcaption>
<span class="caption">Hector Lebrun (1866-1960) va s’intéresser à la microscopie.</span>
<span class="attribution"><span class="source">BUMP</span>, <span class="license">Author provided</span></span>
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</figure>
<p>Hector Lebrun est un scientifique belge né en 1866. Il <a href="https://libstore.ugent.be/fulltxt/MEM10/000/000/231/MEM10-000000231_1913.pdf">étudie</a> les sciences naturelles à la Faculté des sciences du Collège Notre-Dame de la Paix à Namur (UNamur), obtient à l’Université de Louvain (UCL) un premier doctorat en médecine en 1893, puis un second en 1897 en sciences naturelles.</p>
<p>Entre 1898 et 1908, il réalise de nombreux séjours à l’étranger, tant en Europe qu’aux États-Unis. D’abord assistant à l’UCL, puis successivement aide-naturaliste et conservateur au Musée des sciences naturelles de Bruxelles, il est finalement nommé chargé de cours en anatomie et physiologie à l’Université de Gand.</p>
<figure class="align-center zoomable">
<a href="https://images.theconversation.com/files/484335/original/file-20220913-5271-1p0v15.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=1000&fit=clip"><img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/484335/original/file-20220913-5271-1p0v15.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/484335/original/file-20220913-5271-1p0v15.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=338&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/484335/original/file-20220913-5271-1p0v15.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=338&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/484335/original/file-20220913-5271-1p0v15.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=338&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/484335/original/file-20220913-5271-1p0v15.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=424&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/484335/original/file-20220913-5271-1p0v15.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=424&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/484335/original/file-20220913-5271-1p0v15.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=424&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px"></a>
<figcaption>
<span class="caption">Dessins réalisés par Hector Lebrun sur base d’observations en microscopie. À gauche deux schistomomes, mâle et femelle, enlacés et à droite un ténia (ver solitaire).</span>
<span class="attribution"><span class="source">BUMP</span></span>
</figcaption>
</figure>
<p>Chercheur éclectique, savant généraliste, Lebrun s’intéresse à la reproduction des batraciens, aux techniques de microscopie, à la théorie de l’évolution, à l’archéologie et à la muséologie. Né dans un siècle malmené par les flambées épidémiques, il étudie aussi la question de l’immunité contre les maladies infectieuses.</p>
<p>C’est ainsi qu’en 1897, il publie un long article intitulé « <a href="https://www.urbm.be/research-groups/jean-jacques-letesson/publications">L’immunité dans les maladies microbiennes</a> » dans la <a href="https://www.rqs.be/app/views/index.php"><em>Revue des questions scientifiques</em></a> – fondée par la Société scientifique de Bruxelles et toujours éditée en collaboration avec l’UNamur. Ce texte résume les grandes polémiques scientifiques de l’époque et, rétrospectivement, éclaire la dynamique de la production du savoir par les pionniers de l’infectiologie.</p>
<h2>Théorie des miasmes et théorie de la contagion</h2>
<p>Remontons tout au début. Longtemps, et dans la plupart des civilisations, les épidémies ont été interprétées comme des messages ou des punitions divines. Dans la Rome ancienne, par exemple, Febris est la déesse de la fièvre. En cas de maladie, elle est honorée dans les temples qui lui sont dédiés.</p>
<p>Au VI<sup>e</sup> siècle avant J.-C., les philosophes grecs présocratiques inaugurent une approche « mécanistique » des maladies où l’environnement joue un rôle clé. Un siècle plus tard, le philosophe grec <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Hippocrate">Hippocrate de Cos</a>, considéré comme le père de la médecine, développe ce concept dans son traité <em>Airs, Eaux et Lieux</em>. Il y présente la maladie comme résultant des interactions de l’humain avec son environnement.</p>
<p>Cette vision va donner naissance à la <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/22475662/">théorie des miasmes</a>, qui explique la transmission des épidémies par le « mauvais air » et les émanations malsaines produites spontanément par la pourriture. Sur la base de cette théorie, défendue ensuite par le médecin grec <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Claude_Galien">Claude Galien</a>, il est recommandé de lutter contre les miasmes par le feu et les aromates.</p>
<figure class="align-right ">
<img alt="Tableau représentant la Peste en cavalier dans un nuage" src="https://images.theconversation.com/files/478390/original/file-20220809-16023-mvpk1f.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=237&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/478390/original/file-20220809-16023-mvpk1f.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=858&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/478390/original/file-20220809-16023-mvpk1f.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=858&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/478390/original/file-20220809-16023-mvpk1f.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=858&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/478390/original/file-20220809-16023-mvpk1f.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=1078&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/478390/original/file-20220809-16023-mvpk1f.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=1078&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/478390/original/file-20220809-16023-mvpk1f.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=1078&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
<figcaption>
<span class="caption">La Peste (Arnold Böcklin, 1898) est représentée sous la forme d’un nuage chargé de miasmes.</span>
<span class="attribution"><span class="source">Kunstmuseum Basel, Online Collektion</span></span>
</figcaption>
</figure>
<p>Durant le XVI<sup>e</sup> siècle, le poète et médecin italien <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Girolamo_Fracastoro">Girolamo Fracastoro</a>, s’appuyant sur des observations réalisées lors d’épidémies, <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/11612689/">propose en 1546 dans son ouvrage <em>De contagion</em> une théorie</a> selon laquelle la maladie nécessite un contact direct ou indirect (via les vêtements, etc.) entre individus pour se transmettre. Cependant, Fracastoro conçoit les germes comme de simples « substances corrompues » et reste fidèle à la tradition hippocrato-galénique.</p>
<p>Ce n’est qu’au XVII<sup>e</sup> siècle que, pour la première fois, des organismes microscopiques sont identifiés. Cette découverte est le fait du drapier néerlandais <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Antoni_van_Leeuwenhoek">Antoni Van Leeuwenhoek</a> qui, pour vérifier la qualité de ses étoffes, avait amélioré les lentilles des microscopes. Ses microbes, observations inédites en biologie, sont cependant accueillis avec scepticisme…</p>
<p>Ainsi, en dépit des travaux de Fracastoro et Van Leeuwenhoek, la théorie des miasmes ne perd de son influence qu’à la fin du XIX<sup>e</sup> siècle. Il faut toutefois lui reconnaître d’avantageux effets : elle stimule notamment les grandes réformes sanitaires du milieu du XIX<sup>e</sup> siècle, comme la construction d’importants réseaux d’égouts à Londres et Paris. Elle est donc à la base de l’assainissement des villes et d’une <a href="https://www.researchgate.net/publication/283361062_Twentieth_century_mortality_trends_in_England_and_Wales">importante diminution de la mortalité</a> due aux infections.</p>
<h2>La théorie microbienne de Pasteur et Koch</h2>
<p>Puis d’un coup, c’est le grand saut. En 25 ans à peine, le monde inconnu jusque-là de l’infiniment petit se dévoile… Lebrun décrit sa découverte et la fascination qu’exercent alors les microbes :</p>
<blockquote>
<p>Ils contribuent à nous faire vivre en attendant qu’ils nous dévorent</p>
<p>Ils nous entourent, nous englobent, nous disputent nos aliments.</p>
</blockquote>
<figure class="align-right ">
<img alt="Tableau montrant Pasteur observant un bocal dans on laboratoire au milieu de fioles" src="https://images.theconversation.com/files/479575/original/file-20220817-23-ssl6gb.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=237&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/479575/original/file-20220817-23-ssl6gb.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=728&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/479575/original/file-20220817-23-ssl6gb.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=728&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/479575/original/file-20220817-23-ssl6gb.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=728&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/479575/original/file-20220817-23-ssl6gb.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=915&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/479575/original/file-20220817-23-ssl6gb.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=915&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/479575/original/file-20220817-23-ssl6gb.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=915&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
<figcaption>
<span class="caption">Son étude de moelle épinière de lapin enragé permet à Louis Pasteur de concevoir le vaccin contre la rage.</span>
<span class="attribution"><span class="source">Musée d’Orsay (A. Edelfelt)</span></span>
</figcaption>
</figure>
<p><a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Louis_Pasteur">Louis Pasteur</a> fait partie de ceux qui ont révolutionné notre vision du vivant. En 1862, le <a href="https://journals.openedition.org/bibnum/443">chimiste français invalide expérimentalement l’antique théorie de la génération spontanée de la vie</a>. Il démontre en effet que la fermentation et la croissance des micro-organismes dans les bouillons de culture peuvent être prévenues si l’on évite les contaminations par la stérilisation.</p>
<p>Cette pratique va dès lors s’implanter dans les domaines de l’alimentation et en médecine, avec des effets notables. Par exemple, la <a href="https://meridian.allenpress.com/jfp/article-abstract/81/10/1713/104691/A-Brief-History-of-Milk-Hygiene-and-Its-Impact-on?redirectedFrom=fulltext">pasteurisation du lait</a>, qui s’impose au début du XX<sup>e</sup> siècle, va contribuer à réduire la mortalité infantile.</p>
<p>Puis, en 1879, une nouvelle découverte de Pasteur et ses collaborateurs <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3342039/">ouvre la voie à la conception de vaccins</a> : des volailles auxquelles on a inoculé des cultures vieillies du choléra des poules (causé par une bactérie du genre <em>Pasteurella</em>) non seulement ne meurent pas, mais en plus résistent ensuite à une infection par une culture pleinement virulente.</p>
<p>Enfin, le médecin allemand <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Robert_Koch">Robert Koch</a> et son collaborateur <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Friedrich_L%C3%B6ffler">Friedrich Löffler</a> énoncent en 1890 une série de critères (les « postulats de Koch ») permettant d’établir une relation de cause à effet entre un microbe et une maladie.</p>
<p>Fusionnées, toutes ces avancées fondent la <strong>théorie microbienne</strong> qui postule que les infections sont des « maladies microbiennes » : elles résultent d’une contamination par des micro-organismes pathogènes. Ce nouveau paradigme supplante rapidement la théorie des miasmes et réoriente durablement les recherches en infectiologie. Celles-ci se focalisent désormais sur la découverte et la caractérisation des agents pathogènes ainsi que sur le développement de vaccins et la compréhension de leurs mécanismes d’action.</p>
<h2>L’immunité dans les maladies microbiennes</h2>
<p>Hector Lebrun est un témoin privilégié de l’émergence de ce consensus. À la fin des années 1890, il affirme sa prédominance :</p>
<blockquote>
<p>« Tout le monde est d’accord aujourd’hui pour reconnaître que les maladies infectieuses sont toutes d’origine microbienne. »</p>
</blockquote>
<p>Mais une question demeure : par quel mécanisme la vie des bactéries est-elle nuisible à la nôtre ?</p>
<p>Deux hypothèses s’affrontent encore. Pasteur prône une explication dite « vitaliste » : la maladie est causée par la multiplication des microbes dans le corps. D’autres sont partisans d’une explication chimique : elle résulte des poisons produits par la putréfaction, et les microbes ne sont que des « satellites inconstants et inoffensifs ». Ils pointent le fait que dans plusieurs maladies infectieuses (diphtérie, tétanos, choléra…), les microbes ne semblent pas disséminer dans le corps ou s’y multiplier intensément.</p>
<p>Cette controverse fut résolue par l’isolation dans des cultures bactériennes de substances extrêmement toxiques capables de reproduire chez l’animal les symptômes de ces maladies. Cette capacité des microbes à sécréter des toxines permettait de concilier les deux explications – restait à les caractériser chimiquement, ce qui n’était pas une mince affaire.</p>
<p>La persistance de l’activité des toxines après de fortes dilutions interroge… Lebrun mentionne qu’un milligramme de la toxine du tétanos « est mortel pour 500 millions de fois son poids de matière vivante », ce qui parait alors inconcevable. Certains postulent l’existence d’une « sorte de vibration, d’un ébranlement imprimé par le microbe aux molécules » responsable de cette toxicité. Encore plus mystérieux, ces toxines, inoffensives lorsqu’administrées par voie orale, sont souvent fatales quand injectée dans le sang… (L’existence de récepteurs spécifiques ne sera comprise que bien plus tard.)</p>
<p>Lebrun souligne une autre observation cruciale : l’évolution des agents infectieux, par exemple en les inoculant à d’autres animaux. Le microbe peut « perdre des propriétés, il peut en acquérir d’autres, et pourtant toujours rester le même ». Ces observations sont importantes pour comprendre la dynamique des épidémies… mais leur bonne compréhension demandera des avancées en génétique.</p>
<p>Enfin, le biologiste relate également des expériences suggérant que la plus grande virulence d’un agent pathogène découle de sa capacité à résister à nos défenses immunitaires. Encore une observation cruciale qui demandera des décennies de recherche avant de mener au concept de <a href="https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.0404758101">mécanisme d’échappement à la réponse immunitaire</a> (que les pathogènes acquièrent par coévolution avec le système immunitaire de leur hôte).</p>
<p>Fort de ces constats, Lebrun décrit ensuite les nouvelles stratégies de lutte contre les agents infectieux : d’une part le développement de l’hygiène en médecine permet d’éviter les contaminations, d’autre part des traitements novateurs émergent, comme la <a href="https://www.revuebiologiemedicale.fr/biologie-et-histoire/biologie-et-histoire-archives/331-renato-dulbecco-de-la-virologie-a-la-cancerologie-5.html">sérothérapie</a> (transfert du sérum d’un individu immunisé à une maladie). Son succès souligna l’importance d’élucider les acteurs impliqués dans l’immunité acquise naturellement (suite à une infection) ou artificiellement (par vaccination ou sérothérapie).</p>
<figure class="align-right ">
<img alt="Metchnikoff a son microscope, sur la paillasse de son laboratoire" src="https://images.theconversation.com/files/479577/original/file-20220817-14-xaw9yn.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=237&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/479577/original/file-20220817-14-xaw9yn.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=431&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/479577/original/file-20220817-14-xaw9yn.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=431&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/479577/original/file-20220817-14-xaw9yn.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=431&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/479577/original/file-20220817-14-xaw9yn.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=541&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/479577/original/file-20220817-14-xaw9yn.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=541&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/479577/original/file-20220817-14-xaw9yn.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=541&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Élie Metchnikoff (ici dans son laboratoire à l’Institut Pasteur de Paris, 1913) recevra le Nobel de Médecine en 1908 pour ses découvertes sur l’immunité.</span>
<span class="attribution"><span class="source">Bibliothèque nationale de France</span></span>
</figcaption>
</figure>
<p>Mais à cet égard, deux grandes théories s’opposent toujours : <strong>l’immunité des humeurs</strong>, soutenue par des chercheurs allemands dont Emil Adolf von Behring (qui développa les bases de la sérothérapie), qui postule l’existence dans le sang de substances chimiques bactéricides (capables de tuer les bactéries) et <strong>la théorie de la phagocytose</strong>, défendue par Elie Metchnikoff et l’Institut Pasteur, qui attribue l’immunité à des cellules capables d’englober et de détruire les bactéries.</p>
<p>Lebrun ne se contente pas de compiler les avancées de son temps, il les analyse en se fiant à son expertise. Il avance ainsi que « ni la théorie phagocytaire, ni la théorie des humeurs, prises séparément, ne peuvent expliquer l’immunité ». Il existerait « de nombreux et puissants moyens de défense » capables de synergie pour éliminer les microbes… Immunités humorale et cellulaire seront décrites par la suite : Lebrun avait vu juste.</p>
<h2>Une histoire sans fin</h2>
<p>Galvanisé par la rapidité des progrès, Lebrun est toutefois beaucoup trop optimiste à certains égards…</p>
<p>Le biologiste conclut en effet son texte avec l’espoir que l’on découvre « à bref délai » un sérum contre la tuberculose, causée par la bactérie <em>Mycobacterium tuberculosis</em> qui fait alors des ravages. Il faudra pourtant attendre les premiers essais sur l’humain en 1921 du <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Vaccin_bili%C3%A9_de_Calmette_et_Gu%C3%A9rin">vaccin bilié de Calmette et Guérin (BCG)</a>, développé à l’Institut Pasteur de Lille à partir d’une souche atténuée de bacille tuberculeux bovin (<em>Mycobacterium bovis</em>), pour disposer d’un vaccin conférant une protection partielle.</p>
<p>Aujourd’hui encore, en dépit de plus de 120 ans de recherche, <a href="https://www.cell.com/med/fulltext/S2666-6340(21)00380-9?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS2666634021003809%3Fshowall%3Dtrue">nous ne disposons toujours pas d’un vaccin pleinement protecteur contre la tuberculose</a>.</p>
<p>Une situation qui n’a rien d’exceptionnel : de nombreux agents pathogènes disposent de <a href="https://theconversation.com/comment-les-microbes-reussissent-ils-a-echapper-aux-vaccins-151401">mécanismes d’échappement à la réponse immunitaire</a> qui rendent problématique le développement de vaccins et invalident une approche de santé publique qui serait uniquement centrée sur le microbe. Quant à l’application du nouveau concept <em>One Health</em>, elle se heurte à l’absence d’une réelle stratégie sanitaire internationale ainsi qu’à la difficulté d’imposer une politique préventive en matière de protection de l’environnement et de la biodiversité… L’histoire de la lutte contre les maladies infectieuses est donc loin d’être finie.</p>
<h2>Une approche méthodologique moderne</h2>
<p>L’article d’Hector Lebrun est une des nombreuses archives qu’a décidé de valoriser la <a href="https://www.unamur.be/bump">bibliothèque universitaire Moretus Plantin</a>. Consulter ces documents anciens, c’est retrouver l’état des connaissances au tournant du vingtième siècle… et se rendre compte de l’immensité des progrès engrangés dans les disciplines scientifiques, les contextes de recherche et les pratiques savantes adoptées.</p>
<figure class="align-center ">
<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/479571/original/file-20220817-26-2spfmc.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/479571/original/file-20220817-26-2spfmc.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=450&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/479571/original/file-20220817-26-2spfmc.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=450&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/479571/original/file-20220817-26-2spfmc.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=450&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/479571/original/file-20220817-26-2spfmc.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=566&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/479571/original/file-20220817-26-2spfmc.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=566&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/479571/original/file-20220817-26-2spfmc.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=566&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
<figcaption>
<span class="caption">Bibliothèque universitaire Moretus Plantin.</span>
<span class="attribution"><span class="source">BUMP</span>, <span class="license">Author provided</span></span>
</figcaption>
</figure>
<p>Ainsi, par exemple, s’étonne-t-on de ne croiser aucun nom féminin dans le texte du biologiste. La science, à la fin du XIX<sup>e</sup> siècle, est quasi exclusivement une histoire d’hommes. Un fait qui rappelle en creux que les femmes n’ont eu accès à l’enseignement supérieur et aux carrières qu’il permettait que très récemment. En Belgique, il fallut attendre les années 1880 pour que les universités de Liège, de Bruxelles et de Gand accueillent leurs premières étudiantes, 1920 pour l’Université (catholique) de Louvain, et 1953 pour celle de Namur.</p>
<p>De la même façon, les « hécatombes » de batraciens que Lebrun réalise dans le cadre de ses recherches sur l’appareil reproducteur démontrent combien l’expérimentation animale est une pratique qui a évolué. Dans son article, le biologiste présente des expériences sur des animaux infectés tels que lapin, chien et parfois même directement sur l’humain. C’est dire combien la recherche n’était pas encore encadrée par un arsenal législatif !</p>
<p>À d’autres égards, la synthèse de Lebrun relève d’une méthode extrêmement moderne en infectiologie. Le biologiste souligne l’importance de l’approche expérimentale pour tester les hypothèses. Tout comme aujourd’hui, les expériences sont réalisées à différents niveaux de complexité : <em>in vitro</em>, chez l’animal et même sur l’humain. Lebrun note ainsi déjà que les résultats des expériences d’infection diffèrent en fonction de l’hôte utilisé, ce qui met en évidence la spécificité d’hôte des agents pathogènes, le fait qu’ils soient adaptés à certains organismes.</p>
<p>Enfin, on est frappé par la pluridisciplinarité des travaux réalisés par les pionniers de l’infectiologie. Le développement des connaissances en microbiologie et en immunologie a reposé sur la maîtrise des techniques de chimie et de microscopie. Lebrun cite un grand nombre de collègues et décrit leurs travaux : la science est déjà une entreprise collective, en réseau, où l’on échange des informations et où l’on se critique. Ces commentaires, parfois acerbes, sont les germes de l’évaluation par les pairs.</p>
<p>De tels textes de science montrent à la fois qu’un monde sépare les XIX<sup>e</sup> et XXI<sup>e</sup> siècle… mais que cette distance n’est finalement pas si grande.</p>
<hr>
<p><em><strong>Pour aller plus loin</strong> : Écoutez les <a href="https://open.spotify.com/show/04zjP5tnkukaBcfE32uJTP">quatre podcasts HECTOR</a> qui explorent, à partir des archives et de l’itinéraire scientifique d’Hector Lebrun, des questions de science et de société : la place des femmes dans le monde de la recherche, les résistances à la théorie de l’évolution, les pratiques de l’expérimentation animale et la valeur de la parole des experts dans la sphère publique.</em></p><img src="https://counter.theconversation.com/content/188495/count.gif" alt="The Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>Eric Muraille a reçu des financements de Fonds de la Recherche Scientifique (FRS-FNRS), Belgique. </span></em></p><p class="fine-print"><em><span>Céline Rase a reçu des financements du Fonds de la Recherche Scientifique (FRS-FNRS) et de l'Institut Moretus Plantin (Belgique).</span></em></p>La crise du Covid a révélé les carences en culture scientifique – et en microbiologie. D’où l’intérêt de redécouvrir les travaux pionniers, notamment via le regard d’un expert du XIXᵉ, Hector Lebrun.Eric Muraille, Biologiste, Immunologiste. Directeur de recherches au FNRS, Université Libre de Bruxelles (ULB)Céline Rase, Chercheuse en histoire, Université de NamurLicensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/1887912022-08-31T13:05:54Z2022-08-31T13:05:54ZVoici comment gérer vos crottes de nez, selon la science<figure><img src="https://images.theconversation.com/files/479217/original/file-20220815-704-uvaclw.jpeg?ixlib=rb-1.1.0&rect=71%2C35%2C5901%2C3952&q=45&auto=format&w=496&fit=clip" /><figcaption><span class="caption">Outre le fait que manger une crotte de nez est dégoûtant, cela revient à ingérer des germes contenus dans le mucus, des métaux toxiques et des contaminants environnementaux.</span> <span class="attribution"><span class="source">(Shutterstock)</span></span></figcaption></figure><p>Allez, avouez que vous le faites.</p>
<p>Que ce soit en compagnie d’un conjoint ou en cachette quand on croit que personne ne regarde, <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7852253/">nous nous fouillons tous dans le nez</a>. Et les autres <a href="https://www.science.org/content/article/video-monkey-uses-tool-pick-her-nose">primates</a> le font aussi.</p>
<p>La stigmatisation sociale autour du curage de nez est très répandue. Mais devons-nous vraiment le faire… et où devons-nous mettre nos crottes de nez ?</p>
<p>En tant que scientifiques qui avons effectué des recherches sur les contaminants environnementaux – dans nos maisons, nos lieux de travail, nos jardins –, nous avons une bonne idée de ce que vous manipulez réellement lorsque vous glissez avec satisfaction votre doigt dans votre narine.</p>
<p>Voici ce que vous devez savoir avant de passer à l’action.</p>
<figure class="align-center zoomable">
<a href="https://images.theconversation.com/files/471502/original/file-20220629-26-nfo4ow.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=1000&fit=clip"><img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/471502/original/file-20220629-26-nfo4ow.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/471502/original/file-20220629-26-nfo4ow.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=424&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/471502/original/file-20220629-26-nfo4ow.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=424&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/471502/original/file-20220629-26-nfo4ow.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=424&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/471502/original/file-20220629-26-nfo4ow.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=532&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/471502/original/file-20220629-26-nfo4ow.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=532&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/471502/original/file-20220629-26-nfo4ow.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=532&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px"></a>
<figcaption>
<span class="caption">Les enfants, qui n’ont pas encore appris les normes sociales, réalisent rapidement que la compatibilité entre un doigt et une narine est plutôt bonne.</span>
<span class="attribution"><span class="source">(Shutterstock)</span></span>
</figcaption>
</figure>
<h2>Qu’y a-t-il dans une crotte de nez ?</h2>
<p>Se curer le nez est une habitude tout à fait naturelle ; les enfants, qui n’ont pas encore appris les normes sociales, réalisent rapidement que la compatibilité entre un doigt et une narine est plutôt bonne. Mais il y a bien plus que de la morve là-dedans.</p>
<p>Pendant les <a href="https://www.lung.ca/lung-health/lung-info/breathing">quelque 22 000 cycles respiratoires quotidiens</a>, le mucus formant des crottes de nez constitue un filtre biologique essentiel pour capturer la poussière et les allergènes avant qu’ils ne pénètrent dans nos voies respiratoires, où ils peuvent provoquer une inflammation, de l’asthme et d’autres <a href="https://www.npr.org/sections/health-shots/2020/05/27/862963172/how-the-lost-art-of-breathing-can-impact-sleep-and-resilience">problèmes pulmonaires à long terme</a>.</p>
<hr>
<p>
<em>
<strong>
À lire aussi :
<a href="https://theconversation.com/savez-vous-ce-que-vous-ramenez-chez-vous-avec-vos-chaussures-dechaussez-vous-avant-dentrer-179416">Savez-vous ce que vous ramenez chez vous avec vos chaussures ? (Déchaussez-vous avant d’entrer…)</a>
</strong>
</em>
</p>
<hr>
<p>Les cellules de vos voies nasales, appelées <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK553208/">cellules caliciformes</a> (ainsi nommées en raison de leur aspect en forme de coupe), produisent du mucus pour piéger les virus, les bactéries et la poussière contenant des <a href="https://doi.org/10.1006/toxs.1998.2549">substances potentiellement dangereuses</a> comme le <a href="https://wwwn.cdc.gov/TSP/ToxFAQs/ToxFAQsDetails.aspx?faqid=93&toxid=22">plomb</a>, l’amiante et le pollen.</p>
<p>Le mucus nasal et ses anticorps et enzymes constituent le système de <a href="https://erj.ersjournals.com/content/49/1/1601709">défense immunitaire de première ligne de l’organisme contre les infections</a>.</p>
<p>La cavité nasale possède également son propre microbiome. Parfois, ces populations naturelles peuvent être perturbées, ce qui entraîne diverses affections, telles que la <a href="https://journals.sagepub.com/doi/full/10.1177/2152656720911605">rhinite</a>. Mais en général, les microbes de notre nez aident à repousser les envahisseurs, en les combattant sur un champ de bataille de mucus.</p>
<p>La poussière, les microbes et les allergènes capturés dans votre mucus finissent par être ingérés lorsque celui-ci s’écoule dans votre gorge.</p>
<p>Ce n’est généralement pas un problème, mais cela peut exacerber l’exposition environnementale à certains contaminants.</p>
<p>Par exemple, le <a href="https://theconversation.com/the-verdicts-in-we-must-better-protect-kids-from-toxic-lead-exposure-41969">plomb</a> – une neurotoxine répandue dans la <a href="https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.est.1c04494">poussière domestique</a> et la <a href="https://doi.org/10.1016/j.envint.2021.106582">terre à jardin</a> – pénètre le plus efficacement dans le corps des enfants par ingestion et digestion.</p>
<p>Ainsi, vous risquez d’aggraver des expositions toxiques environnementales particulières si vous reniflez ou mangez des crottes de nez au lieu de les expulser.</p>
<figure class="align-center zoomable">
<a href="https://images.theconversation.com/files/471513/original/file-20220629-20-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=1000&fit=clip"><img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/471513/original/file-20220629-20-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/471513/original/file-20220629-20-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=329&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/471513/original/file-20220629-20-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=329&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/471513/original/file-20220629-20-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=329&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/471513/original/file-20220629-20-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=414&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/471513/original/file-20220629-20-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=414&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/471513/original/file-20220629-20-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=414&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px"></a>
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<span class="caption">Se décrotter le nez est officiellement connu sous le nom de rhinotillexomanie, et le terme mucophagie est utilisé pour désigner l’ingestion de ces crottes de nez poisseuses.</span>
<span class="attribution"><span class="source">(Shutterstock)</span></span>
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<h2>Que dit la science sur les risques qu’entraîne la chasse aux crottes de nez ?</h2>
<p>Le <a href="https://doi.org/10.1086/506401">staphylocoque doré</a> (<em>Staphylococcus aureus</em>, parfois abrégé en S. aureus) est un germe qui peut causer une variété d’infections légères à graves. Des études montrent qu’on le retrouve souvent <a href="https://www.nejm.org/doi/full/10.1056/nejm200101043440102">dans le nez</a> (on parle de portage nasal).</p>
<p>Voici ce qu’une <a href="https://www.cambridge.org/core/journals/infection-control-and-hospital-epidemiology/article/abs/nose-picking-and-nasal-carriage-of-staphylococcus-aureus/DC21FFA771693C772308530D2B1A1452">étude</a> a révélé :</p>
<blockquote>
<p>Le curage de nez est associé au portage nasal du S. aureus. Son rôle dans le portage nasal pourrait bien être un facteur déterminant dans certains cas. Surmonter l’habitude de se mettre le doigt dans le nez pourrait faciliter les stratégies de décolonisation du S. aureus.</p>
</blockquote>
<p>Se fouiller dans le nez peut également être associé à un <a href="https://cdn.mdedge.com/files/s3fs-public/CT106004010_e.PDF">risque accru</a> de transmission du staphylocoque doré vers les plaies, où il présente un risque plus grave.</p>
<p>Les antibiotiques ne fonctionnent pas toujours sur cette bactérie. Un article a <a href="https://cdn.mdedge.com/files/s3fs-public/CT106004010_e.PDF">montré</a> que :</p>
<blockquote>
<p>La résistance croissante aux antibiotiques exige des prestataires de soins de santé qu’ils évaluent les habitudes de leurs patients à se mettre les doigts dans le nez et qu’ils les éduquent sur les moyens efficaces de prévenir cette pratique.</p>
</blockquote>
<p>Le curage de nez pourrait également être un vecteur de transmission du <em>Streptococcus pneumoniae</em>, une cause fréquente de <a href="https://doi.org/10.1183/13993003.00599-2018">pneumonie</a> parmi <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7500738/">d’autres infections</a>.</p>
<p>En d’autres termes, se planter un doigt dans le nez est un excellent moyen d’enfoncer davantage les germes dans votre corps, ou de les répandre dans votre environnement avec votre doigt d’une propreté douteuse.</p>
<p>Il existe aussi un risque de lésions et d’abrasions à l’intérieur des narines, qui peuvent permettre aux bactéries pathogènes d’envahir votre corps. Le fait de se curer le nez de façon compulsive au point de se mutiler est appelé <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S2173573521000855#:%7E:text=Rhinotillexomania%20is%20a%20term%20that,pathological%20habit%20of%20nose%20picking.&text=Nose%20picking%20is%20common%20in,injury%20in%20children%20and%20adolescents.">rhinotillexomanie</a>.</p>
<h2>Eh bien, je l’ai fait. Et maintenant ?</h2>
<p>Certains les mangent (le terme technique est <a href="https://www.healthline.com/health/eating-boogers#risks">mucophagie</a>, ce qui signifie « se nourrir de mucus »). Outre le fait que manger une crotte de nez est dégoûtant, cela revient à ingérer tous ces germes contenus dans le mucus, ces métaux toxiques et ces contaminants environnementaux dont nous avons parlé plus haut.</p>
<p>D’autres les essuient sur l’objet le plus proche, un petit cadeau que découvrira plus tard une autre personne. Répugnant… et c’est un excellent moyen de propager les germes.</p>
<p>Certains plus soucieux de l’hygiène et plus respectables utilisent un mouchoir en papier pour récupérer le tout, puis le jettent ensuite dans une poubelle ou dans les toilettes.</p>
<p>C’est sans doute l’une des options les moins mauvaises, si vous devez à tout prix vous curer le nez. Veillez simplement à vous laver les mains avec soin après vous être mouché ou vous être fouillé dans le nez, car tant que le mucus n’a pas complètement séché, les virus infectieux peuvent <a href="https://journals.asm.org/doi/full/10.1128/mSphere.00474-19">subsister</a> sur les mains et les doigts.</p>
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<a href="https://images.theconversation.com/files/471515/original/file-20220629-12-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=1000&fit=clip"><img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/471515/original/file-20220629-12-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/471515/original/file-20220629-12-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=399&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/471515/original/file-20220629-12-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=399&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/471515/original/file-20220629-12-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=399&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/471515/original/file-20220629-12-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=501&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/471515/original/file-20220629-12-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=501&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/471515/original/file-20220629-12-s0d62b.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=501&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px"></a>
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<span class="caption">Certaines personnes plus soucieuses de l’hygiène et plus respectueuses utilisent un mouchoir en papier pour procéder au ramassage, puis le jettent ensuite dans une poubelle ou dans les toilettes.</span>
<span class="attribution"><span class="source">(Shutterstock)</span></span>
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<h2>Aucun conseil au monde ne vous empêchera de poursuivre votre quête</h2>
<p>En secret, dans la voiture ou sur des serviettes de table, nous le faisons tous. Et à vrai dire, c’est vraiment satisfaisant.</p>
<p>Mais rendons hommage au travail inlassable accompli par nos remarquables nez, mucus et cavités sinusales, ces adaptations biologiques étonnantes. Et n’oublions pas qu’ils s’efforcent de nous protéger.</p>
<p>Votre nez fait des heures supplémentaires pour vous garder en bonne santé, alors ne lui rendez pas la tâche plus difficile en y coinçant vos doigts sales. Ne jouez pas les trouble-fêtes. Soufflez discrètement, jetez le mouchoir en papier de manière réfléchie et lavez-vous les mains tout de suite après.</p><img src="https://counter.theconversation.com/content/188791/count.gif" alt="La Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>Mark Patrick Taylor a reçu des financements via une subvention du gouvernement australien pour la science citoyenne (2017-2020), CSG55984 'Citizen insights to the composition and risks of household dust' (le projet DustSafe). Il est également bénéficiaire d'un financement du Conseil australien de la recherche. Il est professeur honoraire à l'Université Macquarie et employé à temps plein de l'EPA Victoria, nommé au rôle statutaire de scientifique environnemental en chef.</span></em></p><p class="fine-print"><em><span>Michael Gillings a reçu des financements du Conseil australien de la recherche.</span></em></p><p class="fine-print"><em><span>Gabriel Filippelli ne travaille pas, ne conseille pas, ne possède pas de parts, ne reçoit pas de fonds d'une organisation qui pourrait tirer profit de cet article, et n'a déclaré aucune autre affiliation que son organisme de recherche.</span></em></p>En secret, dans la voiture ou sur des serviettes de table, nous le faisons tous. Et pour être franc, c’est très satisfaisant.Mark Patrick Taylor, Chief Environmental Scientist, EPA Victoria; Honorary Professor, School of Natural Sciences, Macquarie UniversityGabriel Filippelli, Chancellor's Professor of Earth Sciences and Executive Director, Indiana University Environmental Resilience Institute, IUPUIMichael Gillings, Professor of Molecular Evolution, Macquarie UniversityLicensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/1842282022-08-31T13:05:37Z2022-08-31T13:05:37ZPour une consommation éclairée du phoque gris<figure><img src="https://images.theconversation.com/files/480421/original/file-20220822-76838-nyikjs.jpg?ixlib=rb-1.1.0&rect=14%2C34%2C3244%2C2135&q=45&auto=format&w=496&fit=clip" /><figcaption><span class="caption">Les phoques de moins de 6 semaines représentent le meilleur groupe d'âge à des fins de commercialisation.</span> <span class="attribution"><span class="source">(Pierre-Yves Daoust)</span>, <span class="license">Fourni par l'auteur</span></span></figcaption></figure><p>Il y a présentement un intérêt grandissant quant à l’exploitation commerciale des produits du phoque gris (<em>Halichoerus grypus</em>) du golfe du Saint-Laurent. Alors que sa peau est vendue et que sa graisse est transformée en huile depuis de nombreuses années, il n’existe que peu de marchés pour la viande et les abats. Or, depuis une dizaine d’années, de petites entreprises aux Îles de la Madeleine offrent ces produits sauvages issus d’une pêche durable, contribuant à une saine gestion de cette ressource dans le Saint-Laurent.</p>
<hr>
<figure class="align-right ">
<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/468898/original/file-20220615-19-9zk4uk.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=237&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/468898/original/file-20220615-19-9zk4uk.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=398&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/468898/original/file-20220615-19-9zk4uk.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=398&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/468898/original/file-20220615-19-9zk4uk.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=398&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/468898/original/file-20220615-19-9zk4uk.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=500&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/468898/original/file-20220615-19-9zk4uk.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=500&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/468898/original/file-20220615-19-9zk4uk.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=500&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption"></span>
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<p><strong><em>Cet article fait partie de notre série <a href="https://theconversation.com/ca-fr/topics/fleuve-saint-laurent-116908">Le Saint-Laurent en profondeur</a></em></strong>
<br><em>Ne manquez pas les nouveaux articles sur ce fleuve mythique, d'une remarquable beauté. Nos experts se penchent sur sa faune, sa flore, son histoire et les enjeux auxquels il fait face. Cette série vous est proposée par La Conversation.</em></p>
<hr>
<p>Viande très foncée au goût salé et unique, la viande de phoque gris est appréciée par les amateurs de viande sauvage. Préparés en tataki, en filet, en saucisse, ou en terrine, la viande et le foie de phoque gris sont de plus en plus consommés par des familles de chasseurs dans des communautés côtières ainsi que dans les restaurants gastronomiques du Québec.</p>
<p>Experts en écotoxicologie, en santé environnementale et en pathologie de la faune, nous nous sommes penchés sur la valeur nutritive de cette viande de phoque, ainsi que sur les contaminants chimiques et les pathogènes pouvant s’y retrouver.</p>
<p>Envie d’y goûter ? Voici un petit guide pour une consommation éclairée !</p>
<h2>Une espèce qui n’est pas menacée</h2>
<p>Jusqu’au XIX<sup>e</sup> siècle, les Madelinots chassaient le phoque à des fins de subsistance pour s’alimenter et pratiquer des activités traditionnelles. Cette activité demeure aujourd’hui au cœur de leur culture et contribue de façon significative à l’économie locale des Îles de la Madeleine et de certaines communautés sur les berges du Saint-Laurent.</p>
<p>Aujourd’hui, <a href="https://www.dfo-mpo.gc.ca/fisheries-peches/seals-phoques/seal-stats-phoques-fra.html">environ un millier d’individus sont chassés de manière commerciale</a> chaque année. La chasse récréative au phoque gris est également permise. Or, <a href="https://ici.radio-canada.ca/nouvelle/1761199/duree-chasse-phoque-gaspesie-loup-marin">malgré un récent engouement</a>, ces activités de chasse ne menacent pas le statut de cette population, désignée <a href="https://www.dfo-mpo.gc.ca/species-especes/profiles-profils/greyseal-phoquesgris-fra.html">« non en péril »</a>. Le nombre de phoques gris est <a href="https://www.ledevoir.com/environnement/663156/les-madelinots-veulent-que-le-quebec-retrouve-le-gout-du-phoque">estimé à 340 000 dans l’Est du Canada</a>, une région qui comprend également le golfe du Saint-Laurent.</p>
<h2>C’est la dose qui fait le poison</h2>
<p>Naturellement présents dans l’environnement à de faibles concentrations, certains éléments chimiques, comme le cuivre et le fer, sont des nutriments nécessaires au bon fonctionnement des êtres vivants. Mais, dans certains cas, <a href="https://www.canada.ca/fr/sante-canada/services/aliments-nutrition/saine-alimentation/apports-nutritionnels-reference/questions-reponses.html">ces éléments dits « essentiels » atteignent des concentrations élevées qui pourraient s’avérer nuisibles à la santé</a>.</p>
<p>Attention, <a href="https://www.canada.ca/fr/sante-canada/services/aliments-nutrition/salubrite-aliments/contaminants-chimiques/concentrations-maximales-etablies-egard-contaminants-chimiques-aliments.html">certains organismes peuvent aussi accumuler des concentrations élevées d’éléments traces « non essentiels »</a>. On parle alors de contaminants chimiques comme le mercure, le cadmium et le plomb. Ces derniers n’ont aucune fonction biologique et sont toxiques à très faibles concentrations, tant pour les phoques que pour les humains.</p>
<p>Les résultats d’une <a href="https://doi.org/10.1016/j.chemosphere.2022.133640">première étude</a> montrent qu’en général, la viande et le foie de phoque gris sont une bonne source de nutriments, notamment de fer et de cuivre. Cette étude met aussi en évidence que la consommation de muscle, de cœur et de foie des jeunes phoques de l’année sevrés (et âgés de moins de 6 semaines) serait à privilégier. Pourquoi ? Parce que l’ensemble des éléments essentiels et non essentiels étudiés respectent les concentrations maximales recommandées (pour une consommation hebdomadaire), et ce, même chez les populations plus vulnérables comme les femmes enceintes et les jeunes enfants.</p>
<h2>Préconiser la consommation de jeunes phoques</h2>
<p>Dès que les phoques gris atteignent 6 semaines, ils commencent à s’alimenter en mer. Les concentrations de mercure et de cadmium dans la viande et le foie font alors un pas vers le haut. Chez les phoques, la principale voie d’absorption de ces éléments est la nourriture. Ainsi, ces résultats reflètent probablement le changement d’alimentation après le sevrage. Alors que ces concentrations ne présentent pas de risques significatifs pour la population générale en santé, une plus grande vigilance est de mise pour les femmes enceintes et les jeunes enfants.</p>
<figure class="align-center zoomable">
<a href="https://images.theconversation.com/files/480425/original/file-20220822-64444-w5ydzp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=1000&fit=clip"><img alt="un chef prépare une carcasse de phoque" src="https://images.theconversation.com/files/480425/original/file-20220822-64444-w5ydzp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/480425/original/file-20220822-64444-w5ydzp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=400&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/480425/original/file-20220822-64444-w5ydzp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=400&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/480425/original/file-20220822-64444-w5ydzp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=400&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/480425/original/file-20220822-64444-w5ydzp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=503&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/480425/original/file-20220822-64444-w5ydzp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=503&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/480425/original/file-20220822-64444-w5ydzp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=503&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px"></a>
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<span class="caption">La viande de phoque peut être apprêtée en tataki, en filet, en saucisse, ou en terrine. Sur cette photo, Réjean Vigneau, boucher, prépare différentes coupes.</span>
<span class="attribution"><span class="source">(Yoanis Menge)</span>, <span class="license">Fourni par l'auteur</span></span>
</figcaption>
</figure>
<p>La Direction régionale de santé publique de la Gaspésie-Îles-de-la-Madeleine est d’ailleurs d’avis que les <a href="https://www.canada.ca/fr/sante-canada/services/aliments-nutrition/salubrite-aliments/contaminants-chimiques/contaminants-environnementaux/mercure/mercure-poisson.html">recommandations de Santé Canada pour la consommation de thon blanc en conserve pour les femmes enceintes et les jeunes enfants</a> devraient s’appliquer à la consommation de phoque gris du golfe du Saint-Laurent. En effet, le thon blanc présente des concentrations intermédiaires de mercure similaires à celles mesurées dans le muscle et le foie de phoque gris de plus de 6 semaines.</p>
<p>Les reins sont toutefois à éviter, en raison de concentrations plus élevées de cadmium et de mercure. C’est le cas autant pour les jeunes phoques de l’année sevrés (et âgés de moins de 6 semaines) que ceux plus âgés. Des concentrations élevées de plomb ont aussi été retrouvées dans quelques échantillons de phoques gris. Ces observations soulèvent l’importance de promouvoir l’utilisation de munitions sans plomb et non toxiques pour la chasse, tant pour des raisons environnementales que pour éviter la contamination de la viande.</p>
<p>Il importe de noter que, bien que les phoques gris juvéniles et adultes (âgés de 6 semaines et plus) soient chassés pour la viande, la chasse commerciale pour la récolte d’abats vise uniquement les jeunes de l’année âgés de moins de 6 semaines. Notre étude confirme donc que ceci est une bonne pratique pour la consommation humaine !</p>
<h2>Un risque faible de transmission de parasites</h2>
<p>Une <a href="https://doi.org/10.3354/dao03536">deuxième étude</a> a évalué la présence de cinq agents infectieux, soit des bactéries et des parasites qui pourraient être transmis aux humains par les phoques gris suite à la préparation ou à la consommation de viande crue ou peu cuite. Une telle transmission d’agents infectieux « zoonotiques » est tout aussi possible lors de contacts avec le bétail et la volaille, ainsi qu’avec <a href="https://doi.org/10.3389/fpubh.2021.627654">différents animaux sauvages en Amérique du Nord</a>.</p>
<p>Bonne nouvelle : aucune détection du parasite Trichinella (qui cause la <a href="https://www.quebec.ca/agriculture-environnement-et-ressources-naturelles/sante-animale/maladies-animales/trichinellose">trichinellose</a>) chez les phoques gris échantillonnés. Par ailleurs, très peu de phoques démontraient des signes d’infection par les bactéries Brucella (qui cause la <a href="https://inspection.canada.ca/sante-des-animaux/animaux-terrestres/maladies/declaration-obligatoire/brucellose/fiche-de-renseignements/fra/1305673222206/1305673334337">brucellose</a> et <em>Erysipelothrix rhusiopathiae</em> (associée à la maladie du <a href="https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2827281/"><em>seal finger</em></a>).</p>
<p>Par contre, tous les phoques présentaient des signes d’exposition à la bactérie <em>Leptospira interrogans</em> (responsable de la <a href="https://www.quebec.ca/agriculture-environnement-et-ressources-naturelles/sante-animale/maladies-animales/leptospirose">leptospirose</a>), et la moitié des phoques gris échantillonnés étaient porteurs du parasite <em>Toxoplasma gondii</em> (responsable de la <a href="https://www.quebec.ca/agriculture-environnement-et-ressources-naturelles/sante-animale/maladies-animales/toxoplasmose">toxoplasmose</a>).</p>
<h2>Prendre ses précautions</h2>
<p>Mais pas de panique, il n’y a aucune raison de s’inquiéter. Les normes canadiennes d’abattage des animaux et de manipulation de leurs produits, employées notamment durant la chasse aux phoques, assurent des produits sains, surtout lorsque combinées à une cuisson appropriée. Il est tout de même recommandé aux chasseurs de porter des gants jetables lors de la manipulation des phoques pour éviter tout contact avec les bactéries.</p>
<p>Afin de réduire les risques d’infection par <em>Toxoplasma gondii</em>, la viande et le foie de phoque chassé commercialement sont toujours congelés à -10<sup>0</sup>C ou moins pour trois jours avant la mise sur le marché, ce qui assure la destruction du parasite. Pour les chasseurs récréatifs, cette pratique est fortement recommandée, particulièrement quand la viande est consommée crue ou peu cuite, comme en tataki (la meilleure façon de la consommer, <a href="https://www.journaldequebec.com/2016/04/21/le-bon-gout-des-iles-de-la-madeleine">selon les chefs</a> !). Une cuisson complète à une température interne de 74<sup>0</sup>C devrait aussi inactiver l’ensemble des pathogènes.</p>
<figure class="align-center zoomable">
<a href="https://images.theconversation.com/files/480423/original/file-20220822-77356-ppvw4w.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=1000&fit=clip"><img alt="tataki sur une assiette" src="https://images.theconversation.com/files/480423/original/file-20220822-77356-ppvw4w.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/480423/original/file-20220822-77356-ppvw4w.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=599&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/480423/original/file-20220822-77356-ppvw4w.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=599&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/480423/original/file-20220822-77356-ppvw4w.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=599&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/480423/original/file-20220822-77356-ppvw4w.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=753&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/480423/original/file-20220822-77356-ppvw4w.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=753&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/480423/original/file-20220822-77356-ppvw4w.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=753&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px"></a>
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<span class="caption">Tataki de phoque préparé par Johanne Vigneault, du restaurant Gourmande de nature, aux Îles-de-la-Madeleine.</span>
<span class="attribution"><span class="source">(Jasmine Solomon, pour Manger notre Saint-Laurent)</span>, <span class="license">Fourni par l'auteur</span></span>
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</figure>
<p>Il importe de noter que, contrairement aux pathogènes, les contaminants chimiques (mercure, plomb, cadmium) ne sont pas détruits par la congélation ou la cuisson.</p>
<h2>La science au service des communautés</h2>
<p>En travaillant en collaboration avec les chasseurs et décideurs locaux, nos travaux contribuent à mettre la science au service des communautés pour promouvoir une gestion durable et une consommation saine et savoureuse de cette ressource unique du Saint-Laurent.</p>
<p>Que faut-il retenir pour une consommation éclairée du phoque gris ? Privilégier la viande, le foie et le cœur des jeunes phoques (âgés de moins de 6 semaines) et appliquer des mesures sanitaires standard (gants, congélation ou cuisson) lors de la manipulation des phoques et de leurs produits.</p>
<p>Vous aimeriez goûter à la viande de phoque ou d’autres produits du Saint-Laurent ? Consultez le site de <a href="https://mangernotrestlaurent.com/">Manger notre Saint-Laurent</a> pour découvrir où s’en procurer.</p>
<p>Le contact avec la nature est aussi bon pour la santé ! Sachez que le <a href="http://exploramer.qc.ca/">Musée Exploramer</a>, à Sainte-Anne-des-Monts, offre une formation complète sur la chasse au phoque. Cet atelier est donné par Réjean Vigneau, chasseur émérite et propriétaire de la <a href="https://www.boucheriecoteacote.ca/">Boucherie Côte à Côte</a> aux Îles-de-la-Madeleine, et <a href="https://ici.radio-canada.ca/ohdio/premiere/emissions/bon-pied-bonne-heure/segments/chronique/95436/yannick-ouellet-formation-culinaire-viande-phoque">Yannick Ouellet</a>, chef culinaire de la région.</p><img src="https://counter.theconversation.com/content/184228/count.gif" alt="La Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>Gwyneth Anne MacMillan a reçu des financements de Fond de recherche Québec Nature et technologies (FRQNT) et de la Chaire de recherche Littoral (Sentinelle Nord (Apogée Canada) et Relations Couronne-Autochtones et Affaires du Nord Canada (CIRNAC)).</span></em></p><p class="fine-print"><em><span>Mélanie Lemire a reçu des financements de Services aux Autochtones Canada, Santé Canada, Relations Couronne-Autochtones et Affaires du Nord Canada (CIRNAC), Sentinelle Nord (Apogée Canada), Meopar, Génome Canada, Fonds de recherche du Québec - Santé, Réseau Québec Maritime et l'Institut de recherche en santé du Canada.</span></em></p><p class="fine-print"><em><span>Pierre-Yves Daoust a reçu des financements du Ministère de l’agriculture, des pêcheries et de l’alimentation du Québec.</span></em></p><p class="fine-print"><em><span>Marc Amyot ne travaille pas, ne conseille pas, ne possède pas de parts, ne reçoit pas de fonds d'une organisation qui pourrait tirer profit de cet article, et n'a déclaré aucune autre affiliation que son organisme de recherche.</span></em></p>On recommande de privilégier la viande, le foie et le cœur des jeunes phoques et d’appliquer des mesures sanitaires standard (gants, cuisson) lors de la manipulation des phoques et de leurs produits.Gwyneth Anne MacMillan, Postdoctoral Researcher in Environmental Science, McGill UniversityMarc Amyot, Professor, Université de MontréalMélanie Lemire, Associate professor, Department of Social and Preventive Medicine, Université LavalPierre-Yves Daoust, Professor Emeritus, University of Prince Edward IslandLicensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/1865732022-08-30T18:50:17Z2022-08-30T18:50:17ZObserver des plantes à différentes longueurs d’onde pour mieux étudier les maladies transmises par les sols<figure><img src="https://images.theconversation.com/files/475363/original/file-20220721-20-hb1h2a.jpg?ixlib=rb-1.1.0&rect=4%2C2%2C1592%2C996&q=45&auto=format&w=496&fit=clip" /><figcaption><span class="caption">Grâce aux images satellites, on peut distinguer dans le delta de la rivière Parana (Brésil) de denses forêts, des zones humides de marais et la rivière elle-même,en utilisant des détecteurs dans différentes longueurs d'onde (ici, infrarouge proche et courte longueur d'onde verte, rendus en fausses couleurs).</span> <span class="attribution"><a class="source" href="https://www.flickr.com/photos/trodel/3598412061/">Landsat 7, NASA - Jim Trodel, Flickr</a></span></figcaption></figure><p>Les sols jouent un rôle majeur en participant notamment aux grands cycles nécessaires à la vie sur Terre, comme le cycle de l’eau et les cycles des nutriments majeurs (carbone, azote, phosphore…). Ils supportent la plupart des systèmes de production agricoles, sylvicoles et pastoraux et participent à la régulation du climat, en contrôlant les émissions de gaz à effet de serre et la séquestration du carbone, mais aussi l’érosion et la détoxification.</p>
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À lire aussi :
<a href="https://theconversation.com/pourquoi-il-est-si-important-de-preserver-la-sante-de-nos-sols-175934">Pourquoi il est si important de préserver la santé de nos sols</a>
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<p>Toutefois, les sols peuvent également héberger des micro-organismes pathogènes des plantes dont des mycètes qui survivent d’une année sur l’autre sous la forme de spores ou de mycélium et peuvent nuire à la santé des plantes pendant plusieurs générations de culture.</p>
<p>Les outils de télédétection permettent aujourd’hui d’obtenir des informations sur l’<a href="https://www.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev-phyto-080417-050100">état de santé des plantes</a>, qui peuvent se révéler intéressantes pour mieux contrôler ces maladies. Plusieurs études font déjà état de l’<a href="https://www.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev-phyto-080417-050100">utilisation des outils de télédétection pour évaluer les symptômes foliaires</a> (des feuilles) que peuvent engendrer les maladies des plantes. Dans le cas de maladies aériennes, c’est-à-dire de maladies transmises par le milieu aérien, les plantes sont contaminées par la dissémination des spores par le vent et la pluie et présentent plus souvent des symptômes foliaires visibles. Mais dans le cas des maladies transmises par le sol, ces symptômes foliaires ne sont pas toujours visibles, tout au moins dans les premiers stades de la maladie.</p>
<p>Dans ce contexte, nous allons mettre en évidence comment les techniques de télédétection peuvent offrir une perspective intéressante pour étudier les micro-organismes pathogènes des plantes transmises par le sol afin de garantir une agriculture plus durable et plus respectueuse de l’environnement.</p>
<h2>Détecter les agents pathogènes du sol pour mieux les contrôler</h2>
<p>La télédétection est une méthode qui permet de recueillir et d’analyser des données, sans contact direct entre l’objet analysé (des plantes et des champs, dans notre cas) et l’instrument utilisé (par exemple des satellites, des caméras embarquées dans des drones). La télédétection détecte les rayonnements émis ou réfléchis par l’objet d’étude ; et la <a href="https://www.science.org/doi/10.1126/science.228.4704.1147">« spectro-imagerie »</a> est une technologie de télédétection permettant d’obtenir des images d’un objet dans des zones spectrales variées allant de 400 à 2 500 nanomètres, c’est-à-dire dans des longueurs d’onde qui peuvent se situer en dehors du visible et qui peuvent parfois renseigner sur la santé des plantes de façon plus précise que les longueurs d’onde visibles étudiées isolément.</p>
<figure class="align-center zoomable">
<a href="https://images.theconversation.com/files/473899/original/file-20220713-16-gw6j6z.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=1000&fit=clip"><img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/473899/original/file-20220713-16-gw6j6z.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/473899/original/file-20220713-16-gw6j6z.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=424&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/473899/original/file-20220713-16-gw6j6z.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=424&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/473899/original/file-20220713-16-gw6j6z.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=424&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/473899/original/file-20220713-16-gw6j6z.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=533&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/473899/original/file-20220713-16-gw6j6z.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=533&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/473899/original/file-20220713-16-gw6j6z.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=533&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px"></a>
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<span class="caption">Principe de la télédétection.</span>
<span class="attribution"><span class="source">Guillemette Garry, Christophe Chamot, Isabelle Trinsoutrot Gattin</span>, <span class="license">Fourni par l'auteur</span></span>
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<p>Les techniques de télédétection sont <a href="https://www.annualreviews.org/doi/abs/10.1146/annurev-phyto-080417-050100">non destructives</a> : les images « spectrales » peuvent capter les paramètres biochimiques et biophysiques des plantes et détecter les changements dans l’activité de photosynthèse, les pigments, la teneur en eau ou la structure des feuilles causés pendant la pathogenèse sans qu’on ait besoin de détruire la plante. En effet, les plantes répondent aux infections de diverses manières, par exemple par le flétrissement, le jaunissement ou parfois la nécrose, et il est donc dans certains cas possibles d’obtenir une <a href="https://plantmethods.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13007-017-0233-z">« signature spectrale" spécifique pour une maladie végétale donnée</a>.</p>
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<p>Par exemple, la présence du mildiou sur des plants de pommes de terre, causé par l’agent pathogène du sol <em>Phytophthora infestans</em>, a pu être détectée en utilisant des mesures hyperspectrales, et ce avant même que ces symptômes de maladie sur les plantes ne soient visibles par l’homme. Les chercheurs ont même pu <a href="https://www.mdpi.com/2072-4292/12/2/286">distinguer deux pathogènes de la pomme de terre</a> qui présentent des symptômes semblables <em>Phytophthora infestans</em> (mildiou, maladie tellurique provoquant des symptômes foliaires) et <em>Alternaria solani</em> (mildiou, maladie aérienne).</p>
<h2>Même quand il n’y a pas de symptômes visibles</h2>
<p>La télédétection peut être particulièrement intéressante dans le cas d’une détection de pathogène ne présentant pas de symptôme visible sur la plante. C’est souvent le cas de maladies transmises par le sol, qui induisent des problèmes de fonctionnement physiologique mais pas nécessairement des symptômes de maladie foliaire ou des symptômes aériens.</p>
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À lire aussi :
<a href="https://theconversation.com/de-nouvelles-technologies-pour-mieux-detecter-les-maladies-des-plantes-145206">De nouvelles technologies pour mieux détecter les maladies des plantes</a>
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<p>Par exemple, l’imagerie spectrale a été utilisée pour <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0378429011000566">détecter le stress hydrique</a> qu’induit le pathogène Rhizoctonia solani dans des champs de betteraves à sucre. Le stress hydrique est causé par la présence abondante du mycélium du champignon dans les vaisseaux conducteurs de la plante. Les résultats ont démontré que la télédétection, combinée aux technologies des systèmes d’information géographique, peut être utilisée efficacement pour la détection et la cartographie des symptômes de stress causés par la pourriture du collet et des racines du rhizoctone.</p>
<p>Un système multispectral (qui acquiert des données à différentes longueurs d’onde) a permis par exemple de <a href="https://doi.org/10.1016/j.cropro.2010.12.015">détecter la brûlure de l’épi (gale)</a> causée par l’agent pathogène Fusarium sur le blé d’hiver, micro-organisme fongique pathogène transmis par le sol et produisant une toxine hautement toxique, et ce de façon plus précise qu’un système fonctionnant à une seule longueur d’onde. Les auteurs ont montré que ces techniques étaient capables de distinguer les parcelles de contrôle non infectées et infectées.</p>
<p>Ainsi, la cartographie des symptômes avec ces outils pourrait être particulièrement utile pour délimiter les lieux d’infection dans le cas de ces maladies du sol qui n’ont généralement pas une grande capacité de propagation dans le sol.</p>
<p>La <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0168169910002565">détection précoce de l’infection du Fusarium du blé dans les graines</a> a été également obtenue en utilisant un système d’imagerie hyper et multispectral dans des conditions de laboratoire. Dans ce cas, la technique de télédétection permet de détecter les micro-organismes qui présentent des risques sanitaires par la production de mycotoxines, tant pour les humains que pour les animaux. L’utilisation de ces outils pourrait alors faciliter la traçabilité future des aliments. On peut envisager qu’une détection précoce pourrait par exemple permettre de récolter séparément les grains de blé infectés des grains de blé sains.</p>
<h2>Détecter l’action de micro-organismes nuisibles aux micro-organismes pathogènes des plantes</h2>
<p>L’imagerie spectrale peut également offrir des possibilités de détection précoce de l’action de micro-organismes nuisibles aux micro-organismes pathogènes des plantes – on appelle ceux-ci des « bio-contrôles ». Ils pourraient servir d’alternative à la lutte chimique.</p>
<p>Récemment, l’imagerie hyperspectrale a été utilisée pour détecter l’effet d’un champignon microscopique ayant un effet biocontrôle, le Trichoderma, sur des champignons pathogènes des plantes en mesurant les effets bénéfiques que le biocontrôle procure sur des plantes infectées grâce à leurs « signatures spectrales » (des éléments caractéristiques et bien identifiables). L’activité de Trichoderma a été évaluée contre les pathogènes du sol responsables de la rhizoctone de la roquette sauvage, et de la sclérotiniose de la laitue verte et rouge. Les auteurs ont pu montrer des <a href="https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2021.630059/full">signatures spectrales différentes entre les plantes saines, infectées et bioprotégées</a>.</p>
<h2>Mieux comprendre comment les pathogènes agissent sur les plantes</h2>
<p>Dans certains cas, l’imagerie spectrale peut même permettre de suivre les mécanismes de pathogenèse, c’est-à-dire le processus par lequel un pathogène agit sur l’organisme et détermine une maladie. Par exemple, la réponse des feuilles de concombre à l’acide fusarique (une mycotoxine produite par l’agent pathogène Fusarium) <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0981942813000521">peut être étudiée en utilisant l’imagerie thermique</a>.</p>
<p>En détectant plus précocement ces maladies ou en comprenant mieux leur fonctionnement, on peut alors mieux les contrôler en pratiquant des rotations des cultures par exemple, ou en les traitant mais de manière plus localisée et plus raisonnée.</p><img src="https://counter.theconversation.com/content/186573/count.gif" alt="The Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>Les auteurs ne travaillent pas, ne conseillent pas, ne possèdent pas de parts, ne reçoivent pas de fonds d'une organisation qui pourrait tirer profit de cet article, et n'ont déclaré aucune autre affiliation que leur organisme de recherche.</span></em></p>En observant les champs grâce à des drones ou des satellites, on peut détecter les maladies du sol qui affectent l’agriculture.Guillemette Garry, Enseignante chercheur, Dr en biologie option phytopathologie, UniLaSalleChristophe CHAMOT, Ingénieur de recherche en biophotonique, InsermIsabelle Trinsoutrot Gattin, Directrice Unité de recherche Agroécologie, UniLaSalleLicensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/1627172021-06-14T15:15:06Z2021-06-14T15:15:06ZLa sécurité des laboratoires où sont étudiés les virus mortels est-elle suffisante ?<figure><img src="https://images.theconversation.com/files/406193/original/file-20210614-126997-9eqsk2.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=496&fit=clip" /><figcaption><span class="caption">Une scientifique habillée d'une combinaison pressurisée au Laboratoire national de microbiologie de Winnipeg.</span> <span class="attribution"><span class="source">(Agence de la santé publique du Canada)</span></span></figcaption></figure><p>Le coronavirus SRAS-CoV-2 est-il le résultat d’une <a href="https://theconversation.com/origines-du-sars-cov-2-le-virus-est-il-le-produit-dun-gain-de-fonction-161570">recherche à haut risque</a> qui a mal tourné ? Quelle que soit la réponse, le risque de pandémies futures issues de la recherche sur des agents pathogènes dangereux est réel.</p>
<p>L’élément central de cette discussion sur les fuites en laboratoire est <a href="https://ici.radio-canada.ca/nouvelle/1800789/covid-origine-hypothese-accident-laboratoire-chine-nature-virus-explications">l’Institut de virologie de Wuhan</a>, niché dans la banlieue vallonnée de la ville de Wuhan, en Chine. Il s’agit de l’un des 59 laboratoires de niveau de confinement maximal en activité, en construction ou prévus dans le monde.</p>
<p>Connus sous le nom de laboratoires de niveau de confinement 4 (NC4, ou P4), ils sont conçus et construits pour que les chercheurs puissent travailler en toute sécurité avec les agents pathogènes les plus dangereux de la planète, ceux qui peuvent provoquer des maladies graves et pour lesquels il n’existe ni traitement ni vaccin. Les chercheurs doivent porter des combinaisons pressurisées couvrant tout le corps et équipées d’une entrée d’oxygène indépendante.</p>
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À lire aussi :
<a href="https://theconversation.com/origines-du-sars-cov-2-le-virus-est-il-le-produit-dun-gain-de-fonction-161570">Origines du SARS-CoV-2 : le virus est-il le produit d’un « gain de fonction » ?</a>
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<p>Les laboratoires NC4 sont répartis dans 23 pays. La plus grande concentration se trouve en Europe, avec 25 laboratoires. L’Amérique du Nord et l’Asie sont à peu près à égalité, avec respectivement 14 et 13 laboratoires (le Canada en abrite un à Winnipeg). L’Australie en compte quatre et l’Afrique trois. Comme l’Institut de virologie de Wuhan, les <a href="https://www.globalbiolabs.org/map">trois quarts</a> de ces laboratoires se trouvent dans des centres urbains.</p>
<figure class="align-center ">
<img alt="Une carte montrant l’emplacement des laboratoires de niveau de biosécurité 4 dans le monde" src="https://images.theconversation.com/files/406128/original/file-20210614-47555-1g4fh8a.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/406128/original/file-20210614-47555-1g4fh8a.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=369&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/406128/original/file-20210614-47555-1g4fh8a.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=369&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/406128/original/file-20210614-47555-1g4fh8a.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=369&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/406128/original/file-20210614-47555-1g4fh8a.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=464&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/406128/original/file-20210614-47555-1g4fh8a.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=464&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/406128/original/file-20210614-47555-1g4fh8a.JPG?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=464&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Emplacement des laboratoires de niveau de biosécurité 4.</span>
<span class="attribution"><span class="source">globalbiolabs.org/map</span>, <span class="license">Author provided</span></span>
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<p>Avec ses 3 000 m<sup>2</sup> de superficie, l'Institut de virologie de Wuhan est le plus grand laboratoire NC4 au monde, mais il sera bientôt dépassé par le <a href="https://www.k-state.edu/nbaf/">National Bio and Agro-Defense Facility</a> de l’Université d’État du Kansas, aux États-Unis. Lorsqu’il sera terminé, il disposera de plus de 4 000 m<sup>2</sup> de laboratoires NC4.</p>
<p>La plupart des autres laboratoires sont nettement plus petits, la moitié des 44 laboratoires pour lesquels des données sont disponibles font moins de 200 m<sup>2</sup>, soit moins de la moitié de la taille d’un terrain de basket-ball professionnel ou environ les trois quarts de la taille d’un court de tennis.</p>
<p>Environ 60 % des laboratoires NC4 sont des institutions de santé publique gérées par le gouvernement, tandis que 20 % sont gérés par des universités et 20 % par des agences de biodéfense. Ces laboratoires sont utilisés soit pour diagnostiquer des infections par des agents pathogènes hautement mortels et transmissibles, soit pour mener des recherches sur ces agents pathogènes afin d’améliorer notre compréhension scientifique de leur fonctionnement et de développer de nouveaux médicaments, vaccins et tests de dépistage.</p>
<p>Mais ces laboratoires sont loin d’être tous bien notés en matière de <a href="https://www.canada.ca/fr/services/sante/biosecurite-et-biosurete.html">biosûreté et de biosécurité</a>. Le <a href="https://www.ghsindex.org">Global Health Security Index</a>, qui évalue si les pays disposent d’une législation, de réglementations, d’organismes de surveillance, de politiques et de formations en matière de biosécurité et de sûreté biologique, est un indice révélateur. Dirigé par la <a href="https://www.nti.org/">Nuclear Threat Initiative</a>, située aux États-Unis, l’indice montre qu’un quart seulement des pays disposant de laboratoires NC4 ont obtenu une note élevée en matière de biosécurité et de biosûreté. Cela laisse supposer que les pays ont une grande marge de progression pour développer des systèmes complets de gestion des risques biologiques.</p>
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<img alt="Photo du laboratoire de microbiologie de Winnipeg" src="https://images.theconversation.com/files/406190/original/file-20210614-73723-1gq3kad.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/406190/original/file-20210614-73723-1gq3kad.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=400&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/406190/original/file-20210614-73723-1gq3kad.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=400&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/406190/original/file-20210614-73723-1gq3kad.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=400&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/406190/original/file-20210614-73723-1gq3kad.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=503&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/406190/original/file-20210614-73723-1gq3kad.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=503&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/406190/original/file-20210614-73723-1gq3kad.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=503&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Le Laboratoire national de microbiologie de Winnipeg, au Canada, abrite l’un des 59 laboratoires de niveau de confinement 4 dans le monde.</span>
<span class="attribution"><span class="source">LA PRESSE CANADIENNE/John Woods</span></span>
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<p>L’adhésion au <a href="https://iegbbr.org/">Groupe international d’experts des régulateurs de la biosécurité et de la sûreté biologique</a>, où les autorités réglementaires nationales partagent les meilleures pratiques dans ce domaine, est un autre indicateur des pratiques nationales en matière de biosécurité et de biosûreté. Seuls 40 % des pays disposant de laboratoires NC4 sont membres du forum : Australie, Canada, France, Allemagne, Japon, Singapour, Suisse, Royaume-Uni et États-Unis. Et aucun laboratoire n’a encore adhéré au système volontaire de gestion des risques biologiques (<a href="https://www.iso.org/standard/71293.html">ISO 35001</a>), introduit en 2019, pour établir des processus de gestion visant à réduire les risques de biosécurité et de biosûreté.</p>
<p>La grande majorité des pays disposant de laboratoires de confinement maximal ne réglementent pas la recherche à double usage, qui fait référence aux expériences menées à des fins pacifiques, mais pouvant être adaptées pour causer des dommages ; ou la recherche à gain de fonction, qui vise à augmenter la capacité d’un agent pathogène à causer des maladies.</p>
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À lire aussi :
<a href="https://theconversation.com/origines-du-sars-cov-2-le-virus-est-il-le-produit-dun-gain-de-fonction-161570">Origines du SARS-CoV-2 : le virus est-il le produit d’un « gain de fonction » ?</a>
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<p>Trois des 23 pays disposant de laboratoires de niveau de confinement 4 (Australie, Canada et États-Unis) ont des politiques nationales de surveillance de la recherche à double usage. Au moins trois autres pays (l’Allemagne, la Suisse et le Royaume-Uni) disposent d’une certaine forme de surveillance de la recherche à double usage, où, par exemple, les organismes de financement exigent de leurs bénéficiaires de subventions qu’ils examinent leurs recherches pour en déterminer les implications à double usage.</p>
<h2>Augmentation de la demande</h2>
<p>Il n’en reste pas moins qu’une grande partie de la recherche scientifique sur les coronavirus est menée dans des pays qui ne contrôlent pas la recherche à double usage ou les expériences de gain de fonction. Cette situation est d’autant plus préoccupante que la recherche par gain de fonction sur les coronavirus est susceptible d’augmenter. Les scientifiques cherchent à mieux comprendre ces virus et à identifier ceux qui présentent un risque plus élevé de <a href="https://www.inspq.qc.ca/zoonoses">zoonoses</a>, c’est-à-dire de passer de l’animal à l’humain ou de devenir transmissibles entre humains. On s’attend également à ce que davantage de pays cherchent à se doter de laboratoires de niveau de confinement maximal à la suite de la pandémie actuelle, afin de se préparer aux prochaines pandémies.</p>
<p>Si la pandémie de Covid-19 nous a rappelé brutalement les risques posés par les maladies infectieuses et l’importance de la recherche biomédicale pour sauver des vies, nous devons garder à l’esprit que cette recherche peut comporter ses propres risques. Une science rigoureuse et des politiques robustes peuvent toutefois limiter ces risques et permettre à l’humanité de récolter les fruits de ces recherches.</p><img src="https://counter.theconversation.com/content/162717/count.gif" alt="La Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>Gregory Koblentz est affilié (à titre gracieux) au Scientists Working Group on Chemical and Biological Security du Center for Arms Control and Non-Proliferation. Il est également consultant bénévole sur les implications éthiques, juridiques et sociales de l'édition du génome pour la DARPA et consultant bénévole auprès de l'OMS sur les questions de recherche à double usage. Il a été consultant rémunéré pour un projet lié à la recherche à double usage géré par la Nuclear Threat Initiative et pour la subvention reçue pas Filippa Lentzos pour mener les recherches sur lesquelles cet article est basé.</span></em></p><p class="fine-print"><em><span>Filippa Lentzos ne travaille pas, ne conseille pas, ne possède pas de parts, ne reçoit pas de fonds d'une organisation qui pourrait tirer profit de cet article, et n'a déclaré aucune autre affiliation que son organisme de recherche.</span></em></p>Une grande partie de la recherche scientifique sur les coronavirus est menée dans des pays qui ne contrôlent pas la recherche à double usage ou les expériences de gain de fonction.Filippa Lentzos, Senior Lecturer in Science and International Security, King's College LondonGregory D. Koblentz, Associate Professor and Director of the Master's in Biodefense, George Mason UniversityLicensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/1508242021-02-18T20:32:38Z2021-02-18T20:32:38ZDans les coulisses de la science : « Des pôles à l’équateur, j’étudie les oiseaux et leurs parasites »<figure><img src="https://images.theconversation.com/files/372063/original/file-20201130-19-usltwl.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=496&fit=clip" /><figcaption><span class="caption">Alaska, 2011. Alors que j’identifie à la loupe des moustiques, rencontre inopinée avec un ours noir !</span> <span class="attribution"><span class="source">Claire Loiseau</span>, <a class="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/">CC BY-NC-ND</a></span></figcaption></figure><p>Mes travaux de recherche en écologie cherchent à comprendre comment les perturbations environnementales liées aux activités humaines – comme la déforestation, l’agriculture intensive ou les changements climatiques – agissent sur les interactions entre les oiseaux et leurs parasites.</p>
<p>Les activités humaines participent en effet à la modification du couvert végétal et des conditions climatiques ; elles ont des répercussions directes, à la fois sur les populations d’oiseaux, mais aussi sur les insectes (moustiques par exemple) qui transmettent des pathogènes aux oiseaux.</p>
<p>Pour collecter des informations, il faut se rendre sur le terrain et capturer les oiseaux et les moustiques (aussi appelés « vecteurs ») dans des habitats présentant des degrés de perturbations variables et des caractéristiques environnementales différentes.</p>
<p>Cette collecte permet de décrire la diversité de parasites dans les populations naturelles et de comparer la proportion d’individus infectés dans des habitats contrastés.</p>
<p>Mes différents projets de recherche m’ont amenée à voyager des <a href="https://axa-research.org/fr/projet/claire-loiseau">régions polaires</a> aux forêts équatoriales. Les missions de terrain sont la base de toute recherche en écologie ; elles peuvent être ponctuelles ou s’inscrire dans un suivi à long terme. Si les conditions sont parfois rudes (confort minimal !), ces moments sur le terrain constituent pour moi une source d’émerveillement et d’inspiration.</p>
<p>Je vous propose de me suivre <em>in situ</em> avec une sélection de photos montrant les différentes étapes de capture et d’échantillonnage effectuées dans le cadre de mes recherches sur les oiseaux et leurs parasites.</p>
<h2>Poser ses filets</h2>
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<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/372062/original/file-20201130-15-113wclo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/372062/original/file-20201130-15-113wclo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=396&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/372062/original/file-20201130-15-113wclo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=396&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/372062/original/file-20201130-15-113wclo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=396&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/372062/original/file-20201130-15-113wclo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=498&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/372062/original/file-20201130-15-113wclo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=498&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/372062/original/file-20201130-15-113wclo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=498&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Juin 2011. À gauche, installation des filets pour la capture d’oiseaux dans un chemin de randonnée dans la végétation le long de la rivière Slate Creek, située au nord du cercle arctique ; à droite, dans la toundra au pied de la chaîne d’Alaska.</span>
<span class="attribution"><span class="source">Claire Loiseau</span></span>
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<p>Sur cette photo prise en Alaska, nous installons des filets pour capturer les espèces de passereaux présentes sur 13 sites choisis, se répartissant sur un gradient latitudinal : d’Anchorage situé à 61ºN (sud de l’Alaska) jusqu’à Coldfoot situé à 67ºN (au-delà du cercle arctique).</p>
<p>La capture par filet est la méthode la plus commune pour les passereaux ; elle nécessite cependant une assez bonne connaissance du terrain pour les placer aux endroits propices, ce qui n’est pas toujours facile dans un paysage de toundra, où la végétation rase rend les filets visibles par les oiseaux.</p>
<p>Pourquoi étudier les populations d’oiseaux en Alaska ? Cette région arctique est l’une des zones où l’augmentation de température est la <a href="https://journals.ametsoc.org/view/journals/bams/99/8/2018bamsstateoftheclimate.1.xml">plus sensible ces dernières décennies</a>. Or, les modifications de climat peuvent avoir un impact sur les populations de moustiques et sur les parasites sanguins, qui se développent plus ou moins bien en <a href="https://doi.org/10.1073/pnas.1006422107">fonction de la fluctuation journalière de la température</a>.</p>
<p>Notre échantillonnage a <a href="https://www.researchgate.net/publication/231743204_First_Evidence_and_Predictions_of_Plasmodium_Transmission_in_Alaskan_Bird_Populations/link/0912f507d8c1b872d9000000/download">permis de mettre en évidence la présence de <em>Plasmodium aviaires</em></a> sous des latitudes inférieures à 64ºN et leur absence au-delà.</p>
<p>Au regard des scénarios de changements climatiques à l’horizon 2080 (avec une augmentation de la température sur toute la région), nous pouvons prédire une probable expansion géographique des parasites sanguins à des latitudes où ils ne sont pas présents actuellement. Dans un futur proche, les oiseaux vont se retrouver en contact avec des parasites pour lesquels ils ne sont pas immunisés, ce qui peut entraîner de potentiels déclins de populations.</p>
<h2>Baguer les oiseaux</h2>
<figure class="align-center ">
<img alt="Claire Loiseau" src="https://images.theconversation.com/files/372061/original/file-20201130-15-v1dslo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/372061/original/file-20201130-15-v1dslo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=352&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/372061/original/file-20201130-15-v1dslo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=352&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/372061/original/file-20201130-15-v1dslo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=352&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/372061/original/file-20201130-15-v1dslo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=443&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/372061/original/file-20201130-15-v1dslo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=443&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/372061/original/file-20201130-15-v1dslo.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=443&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Juin 2011. Capture d’oiseaux nicheurs en Alaska et baguage avec bague métal numérotée (chiffre unique). Deux espèces de la famille des Turdidae : grive solitaire <em>Catharus guttatus</em> (gauche) et grive à collier <em>Ixoreus naevius</em> (droite).</span>
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</figure>
<p>Une fois l’oiseau pris dans un filet, il faut le démailler délicatement.</p>
<p>La première étape consiste à poser une bague au niveau de la patte de l’oiseau, sur la partie appelée « tarse », entre la cuisse et le pied. Une fois la bague posée, différentes mesures morphologiques sont prises : la longueur de l’aile et du tarse, parfois du bec, le poids. Ces mesures permettent d’avoir un indice de la condition corporelle d’un individu. Chaque bague est unique et numérotée, ce qui permettra d’identifier l’oiseau s’il est recapturé. Chaque année, des oiseaux bagués sont recapturés, parfois très loin de leur lieu de naissance ou de première capture.</p>
<p>Toutes les données de captures sont envoyées aux instituts (associations et/ou muséums) des pays où les oiseaux sont bagués, et ensuite transmises à des bases de données plus larges – comme le centre européen <a href="https://euring.org/data-and-codes/euring-databank">Euring Data Bank</a> ou celui d’Amérique du Nord, le <a href="https://www.usgs.gov/labs/birdb-lab/science/bird-banding-laboratory?qt-science_center_objects=0#qt-science_center_objects">North American Bird Banding Program</a>.</p>
<p>Ces bases de données sont d’une importance extrême : elles permettent d’évaluer notamment les distances parcourues par les oiseaux et les voies de migration empruntées. La recapture d’oiseaux bagués d’une année sur l’autre permet aussi d’estimer les tailles de populations et le taux de survie annuel.</p>
<h2>Faire la prise de sang</h2>
<figure class="align-center ">
<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/372060/original/file-20201130-17-mz9g3j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/372060/original/file-20201130-17-mz9g3j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=391&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/372060/original/file-20201130-17-mz9g3j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=391&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/372060/original/file-20201130-17-mz9g3j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=391&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/372060/original/file-20201130-17-mz9g3j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=492&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/372060/original/file-20201130-17-mz9g3j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=492&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/372060/original/file-20201130-17-mz9g3j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=492&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Juillet 2011. Prise de sang sur la veine brachiale pour la détection des parasites sanguins ; mésange à tête noire <em>Poecile atricapillus</em> avant prise de sang (gauche) et prise de sang avec capillaire sur une paruline à croupion jaune <em>Setophaga coronata</em> (droite).</span>
<span class="attribution"><span class="source">Claire Loiseau</span></span>
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</figure>
<p>Dans le cadre de notre étude conduite en Alaska, entre juin et juillet 2011, nous souhaitions déterminer la présence de parasites sanguins chez les oiseaux (des genres <em>Plasmodium</em>, <em>Haemoproteus</em> et <em>Leucocytozoon</em>). Ces parasites sont très proches de ceux provoquant le paludisme chez l’être humain, avec des symptômes similaires : de la fièvre et de l’anémie.</p>
<p>Les oiseaux infectés présentent une condition corporelle affaiblie, pouvant parfois altérer leur investissement dans la reproduction – moins d’œufs et de jeunes, diminution de l’apport de nourriture aux poussins. Certains individus peuvent aussi subir des effets plus intenses et mourir.</p>
<p>Les prises de sang s’effectuent facilement dans la veine brachiale, au niveau de l’aile de l’oiseau ; mais elles peuvent aussi être réalisées au niveau de la patte pour les plus gros oiseaux ou au niveau du cou, dans la veine jugulaire.</p>
<p>Ici, quelques gouttes seulement sont récupérées à l’aide d’un capillaire. Le sang est placé dans des tubes avec de l’alcool ou une solution spéciale pour que l’ADN soit conservé sans se dégrader. Les échantillons ont ensuite été stockés dans les congélateurs du laboratoire de San Francisco State University (États-Unis).</p>
<p>Puis l’ADN est extrait de l’échantillon – celui de l’oiseau et aussi de tout ce qui peut être présent dans son sang ; une méthode d’amplification de l’ADN (<a href="http://bibliomer.ifremer.fr/documents/fiches/fiche_ensavoirplus_lien_PCR_vf.pdf">PCR</a>) permet ensuite de détecter la présence et la diversité de parasites sanguins et d’en déterminer leur prévalence (c’est-à-dire le pourcentage d’individus infectés dans une population).</p>
<h2>Attraper des insectes</h2>
<figure class="align-center ">
<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/372059/original/file-20201130-23-kggttx.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/372059/original/file-20201130-23-kggttx.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=847&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/372059/original/file-20201130-23-kggttx.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=847&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/372059/original/file-20201130-23-kggttx.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=847&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/372059/original/file-20201130-23-kggttx.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=1065&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/372059/original/file-20201130-23-kggttx.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=1065&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/372059/original/file-20201130-23-kggttx.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=1065&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Octobre 2019. Trappe utilisée pour capturer les insectes vecteurs à São Tomé, Afrique. Trappes accrochées à un palmier dans la plantation d’huile de palme (haut), dans la forêt native (bas).</span>
<span class="attribution"><span class="source">Claire Loiseau</span></span>
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</figure>
<p>L’histoire ne serait évidemment pas complète sans les vecteurs de ces parasites ! Différentes techniques peuvent être utilisées pour échantillonner les insectes vecteurs. Leurs larves sont collectées dans l’eau où elles grandissent avant d’émerger en adultes.</p>
<p>Les adultes peuvent, eux, être capturés à l’aide de pièges qui les attirent avec de la lumière ou du CO<sub>2</sub>. Les insectes, tels que les moustiques, utilisent en effet une variété d’indices visuels et chimiques pour trouver un hôte sur lequel se nourrir, en piquant pour prendre leur repas sanguin. Comme beaucoup d’insectes, les moustiques sont attirés par une source lumineuse, mais surtout par l’émanation de CO<sub>2</sub> en provenance des espèces animales. D’autres indices chimiques tels que les odeurs aident les moustiques à trouver et choisir leur hôte.</p>
<p>Dans le cadre de mon projet de recherche actuel, conduit sur l’île de São Tomé, dans le golfe de Guinée (Afrique), nous avons placé des pièges lumineux sur un gradient de perturbation anthropique, allant d’habitats profondément modifiés par les êtres humains (plantation d’huile de palme, village) à des milieux plus naturels (forêts secondaire et native).</p>
<p>L’objectif principal consiste à évaluer comment les monocultures modifient la communauté de vecteurs et de leur pathogènes : des pièges sont accrochés aux arbres à différentes hauteurs et mis en route en fin de journée pour capturer les insectes tout au long de la nuit. Une batterie fait tourner un petit ventilateur qui aspire les insectes attirés par la lumière. Les nasses sont relevées le matin.</p>
<h2>Faire le tri</h2>
<figure class="align-center ">
<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/372058/original/file-20201130-23-1gsrhak.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/372058/original/file-20201130-23-1gsrhak.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=746&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/372058/original/file-20201130-23-1gsrhak.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=746&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/372058/original/file-20201130-23-1gsrhak.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=746&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/372058/original/file-20201130-23-1gsrhak.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=937&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/372058/original/file-20201130-23-1gsrhak.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=937&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/372058/original/file-20201130-23-1gsrhak.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=937&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Octobre 2019. Identification des insectes au stéréomicroscope. Culicoides (en bas à gauche), moustiques (en bas à droite).</span>
<span class="attribution"><span class="source">Claire Loiseau</span></span>
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<p>Les pièges lumineux attirent une foule d’insectes : un tri s’impose pour ne conserver que les familles qui nous intéressent. Ce travail est réalisé en collaboration avec des entomologistes, dotés de l’expertise nécessaire pour l’identification morphologique qui peut s’avérer compliquée, surtout dans les milieux tropicaux où la diversité d’espèces est très importante.</p>
<p>Par exemple, sur les 3500 espèces de moustiques connues, un peu plus de 2000 serait présentes entre l’équateur et 10º de latitude, alors qu’à peine <a href="https://academic.oup.com/jme/article/44/4/554/875111">200 espèces seraient présentes au-dessus de 50º de latitude</a>.</p>
<p>Dans le cas de notre étude conduite à São Tomé et Príncipe, nous avons récolté une quinzaine d’espèces de moustiques sur la trentaine connue dans cet archipel, mais surtout un nombre surprenant de culicoides ; il s’agit de diptères vecteurs de parasites aviaires, aussi connus pour transmettre différents virus aux chevaux, aux ruminants (domestiques et sauvages) mais également des nématodes (vers ronds) aux hommes.</p>
<p>Neuf espèces de culicoides ont pu être identifiées, dont sept qui n’étaient encore à ce jour pas décrites comme présentes sur cette île ; cela est dû au peu d’études entomologiques réalisées sur cet archipel, doté d’une <a href="https://link.springer.com/article/10.1007/BF00129657">incroyable biodiversité</a>.</p>
<h2>Comprendre l’émergence des maladies</h2>
<p>Que ce soit en Alaska ou en Afrique centrale, sur le continent ou dans les îles, mes travaux ont pu montrer que certaines espèces de passereaux voient leur communauté de pathogènes se déséquilibrer suite aux pressions humaines.</p>
<p><em>Homo sapiens</em> est d’ailleurs la seule espèce animale qui détruit consciemment son environnement et met en péril un grand nombre d’espèces, elle comprise.</p>
<p>Mieux comprendre comment ces activités modifient les écosystèmes et les interactions entre espèces s’avère désormais indispensable. L’émergence de maladies infectieuses – qu’elles se transmettent directement, ou via un vecteur, de l’animal sauvage aux animaux domestiques et aux êtres humains (dengue, Ebola, SARS, West Nile) – est une préoccupation majeure au cœur de notre actualité aujourd’hui et pour les décennies à venir.</p>
<hr>
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<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/308798/original/file-20200107-123373-wmivra.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=237&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/308798/original/file-20200107-123373-wmivra.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=337&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/308798/original/file-20200107-123373-wmivra.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=337&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/308798/original/file-20200107-123373-wmivra.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=337&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/308798/original/file-20200107-123373-wmivra.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=424&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/308798/original/file-20200107-123373-wmivra.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=424&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/308798/original/file-20200107-123373-wmivra.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=424&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<p><em>Créé en 2007 pour accélérer les connaissances scientifiques et leur partage, le Axa Research Fund a apporté son soutien à environ 650 projets dans le monde menés par des chercheurs de 55 pays. Pour en savoir plus, visitez le site <a href="https://www.axa-research.org/en">Axa Research Fund</a> ou suivez sur Twitter @AXAResearchFund.</em></p><img src="https://counter.theconversation.com/content/150824/count.gif" alt="The Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>Claire Loiseau a reçu des financements de AXA Research Fund. </span></em></p>De l’Alaska au Golfe de Guinée, une écologue évoque ses missions de terrain et ses recherches sur les impacts des activités humaines sur les oiseaux et leurs pathogènes.Claire Loiseau, Chercheuse en écologie, Universidade do PortoLicensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/1520052020-12-27T22:38:58Z2020-12-27T22:38:58ZPourquoi les huîtres sont-elles de plus en plus souvent malades ?<figure><img src="https://images.theconversation.com/files/376545/original/file-20201223-50514-mgdbja.jpg?ixlib=rb-1.1.0&rect=0%2C11%2C2000%2C1308&q=45&auto=format&w=496&fit=clip" /><figcaption><span class="caption">Huître creuse, _Crassostrea gigas_.</span> <span class="attribution"><span class="source">S.Pouvreau/Ifremer</span>, <a class="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/">CC BY-NC-ND</a></span></figcaption></figure><p>Cela fait maintenant une quinzaine d’années que l’on observe des mortalités anormales de coquillages à travers le monde.</p>
<p>En 2008, un génotype particulier du virus OsHV-1 a ainsi fait son apparition ; il semble être à l’origine d’épisodes de mortalités massives affectant les <a href="https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/20638433/">jeunes huîtres creuses</a> en Europe et particulièrement en France.</p>
<p>À partir de 2012, ce sont les <a href="https://efsa.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.2903/j.efsa.2015.4122">huîtres creuses adultes</a> qui présentent des mortalités associées à la bactérie <em>Vibrio aestuarianus</em> dans les bassins ostréicoles français.</p>
<p>Surveiller ces maladies, mieux les comprendre, voire anticiper leur émergence sont une nécessité non seulement pour maintenir une production durable mais aussi parce que ces animaux sont des sentinelles qui permettent de révéler les déséquilibres des écosystèmes côtiers.</p>
<p>Les huîtres plates <em>Ostrea edulis</em> créent par exemple de mini-récifs sous-marins qui servent de support et d’abri à de nombreuses autres espèces. Abondants dans les écosystèmes aquatiques côtiers, les coquillages <a href="https://www.int-res.com/abstracts/meps/v303/p1-29/">jouent un rôle essentiel</a> dans leur structure et fonctionnement.</p>
<p>Il faut aussi évidemment évoquer l’importance de la conchyliculture, qui réalise plus de <a href="http://www.fao.org/state-of-fisheries-aquaculture/fr/">20 % de la production aquacole mondiale</a>. En France, la production d’huîtres (ostréiculture) représentait, en 2013, 72 % du chiffre d’affaires de la filière conchylicole. L’Hexagone est le <a href="https://agriculture.gouv.fr/la-conchyliculture-production-et-elevages">premier producteur d’huîtres</a> en Europe.</p>
<h2>Un ensemble de déséquilibres</h2>
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<img alt="I.Arzul/Ifremer » zoomable=" src="https://images.theconversation.com/files/376548/original/file-20201223-23-17pfrgb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=237&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/376548/original/file-20201223-23-17pfrgb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=269&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/376548/original/file-20201223-23-17pfrgb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=269&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/376548/original/file-20201223-23-17pfrgb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=269&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/376548/original/file-20201223-23-17pfrgb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=338&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/376548/original/file-20201223-23-17pfrgb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=338&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/376548/original/file-20201223-23-17pfrgb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=338&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="attribution"><a class="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/">CC BY-NC-ND</a></span>
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<p>La présence d’un organisme pathogène n’est pas systématiquement synonyme de maladie et de mortalité chez les coquillages. En effet, les organismes pathogènes tendent à se développer et induire des mortalités lorsqu’il y a déséquilibre des interactions entre coquillages, organismes pathogènes, environnement et pratiques culturales ; ce déséquilibre favorise l’émergence des maladies.</p>
<p>En raison de leur mode de production – le plus souvent en milieu ouvert – et de l’absence de production d’anticorps, le contrôle des maladies chez les coquillages ne peut reposer sur l’utilisation de traitements ou de vaccins. La mise en place de programmes de surveillance et la restriction des transferts d’animaux sont les seules mesures actuellement disponibles pour éviter l’introduction de maladies dans des zones indemnes.</p>
<p>Une fois installées, il est toujours possible d’en minimiser l’impact sur les populations de coquillages, en proposant des mesures adaptées de gestion des stocks et/ou en développant des programmes de sélection d’animaux résistants aux maladies.</p>
<p>En 2016, un vaste programme scientifique européen (<a href="https://wwz.ifremer.fr/Recherche/Departements-scientifiques/Focus/Projet-VIVALDI">Vivaldi</a>) a été lancé dans 10 pays pour améliorer nos connaissances sur les maladies des coquillages et développer des outils afin de mieux en contrôler les effets.</p>
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<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/376541/original/file-20201223-49513-hmcqr5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/376541/original/file-20201223-49513-hmcqr5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=339&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/376541/original/file-20201223-49513-hmcqr5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=339&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/376541/original/file-20201223-49513-hmcqr5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=339&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/376541/original/file-20201223-49513-hmcqr5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=425&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/376541/original/file-20201223-49513-hmcqr5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=425&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/376541/original/file-20201223-49513-hmcqr5.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=425&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Suivi des huîtres creuses pour étudier l’impact de facteurs environnementaux et de la présence de différentes espèces de macroalgues.</span>
<span class="attribution"><span class="source">Ifremer</span>, <a class="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/">CC BY-NC-ND</a></span>
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<h2>Identifier les « coupables »</h2>
<p>L’identification et la distinction des espèces de micro-organismes pathogènes sont nécessaires pour ajuster les méthodes de détection et de contrôle des maladies associées.</p>
<p>Pendant longtemps, cette identification a reposé sur la microscopie. Depuis une vingtaine d’années, l’utilisation d’outils moléculaires, comme la PCR et le séquençage de l’ADN, a permis de caractériser de nouvelles espèces et de révéler une plus grande diversité des micro-organismes pathogènes chez les coquillages.</p>
<p>Le virus OsHV-1 évoqué plus haut est un membre de la famille des herpèsvirus qui n’a été à ce jour détecté que chez des bivalves – huîtres creuses, huîtres plates, palourdes et coquilles Saint-Jacques. Le génome complet de plusieurs virus OsHV-1 présents dans des huîtres creuses et provenant de différentes régions du monde a été séquencé.</p>
<p>Cette étude (qui n’a pas encore été publiée) montre des différences en fonction de l’origine géographique des échantillons. Elle confirme qu’il n’y avait pas qu’un seul virus OsHV-1 mais une « constellation de virus » au sein d’une huître infectée.</p>
<p>Autre problématique : les « réservoirs », c’est-à-dire les « compartiments » où peuvent être présents les organismes pathogènes en dehors des coquillages. Cela peut être l’eau, le sédiment ou d’autres organismes marins. D’autres travaux conduits en rade de Brest ont par exemple montré que le parasite <em>Marteilia refringens</em>, qui affecte l’huître plate, est présent dans le sédiment et l’eau.</p>
<p>Jusqu’à présent, la démarche diagnostique reposait sur la recherche des organismes pathogènes dans les coquillages. Puis des systèmes permettant de détecter leur présence dans l’eau, notamment avant le début de l’infection, ont été développés. Le fait de pouvoir détecter le virus OsHV-1 dans l’eau avant les épisodes de mortalités d’huître nous laisse entrevoir la possibilité d’utiliser de tels outils pour la détection précoce du virus.</p>
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<span class="caption">Observation de cellules d’huîtres en microscopie à épifluorescence.</span>
<span class="attribution"><span class="source">Ifremer</span>, <a class="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/">CC BY-NC-ND</a></span>
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</figure>
<h2>Des individus plus résistants</h2>
<p>À l’instar des mammifères, les coquillages se défendent pour éviter le développement des maladies. Les <a href="https://doi.org/10.1080/15548627.2019.1596490">travaux réalisés</a> sur l’huître creuse ont notamment permis de montrer l’implication de l’autophagie, un mécanisme de dégradation et de recyclage de composants intracellulaires, dans la réponse de l’huître au virus OsHV-1.</p>
<p>Au sein d’une même population, certains individus sont particulièrement sensibles aux organismes pathogènes et d’autres se révèlent plus résistants. <a href="https://doi.org/10.1186/s12711-017-0297-2">Les scientifiques ont étudié</a> chez l’huître creuse les gènes pouvant expliquer cette différence.</p>
<p>L’identification de gènes clés pourrait permettre de comprendre comment les populations d’huîtres font face à des maladies et ainsi sélectionner des animaux plus résistants. Cette sélection ne doit cependant pas se faire au détriment de la diversité génétique ou d’autres caractéristiques intéressantes (taille des huîtres, qualités gustatives…).</p>
<p>Des simulations numériques ont permis de définir de bonnes pratiques à mettre en œuvre en écloserie, afin de limiter la perte de diversité génétique.</p>
<h2>Mémoire immunitaire</h2>
<p>Contrairement à ce que l’on a longtemps pensé, les mollusques ont une sorte de mémoire immunitaire. Celle-ci se présente sous la forme de motifs dans les protéines, capables de reconnaître les organismes pathogènes auxquels l’animal a déjà été confronté et de déclencher des mécanismes de défense. <a href="https://doi.org/10.1128/mBio.02777-19">Des travaux</a> ont permis d’étudier les moyens de stimuler cette réponse.</p>
<p>Les huîtres semblent mieux se défendre face au virus OsHV-1 lorsqu’elles ont été préalablement exposées à une molécule ressemblant au virus. Ce phénomène, appelé « priming », pourrait ouvrir la voie à des <a href="https://doi.org/10.1038/s41598-017-13564-0">formes d’immuno-stimulation</a>. Mieux encore : cette capacité pourrait être transmissible. De premiers résultats semblent montrer que les descendants d’huîtres mises en contact avec ces molécules « stimulantes » survivent mieux à une infection virale, même s’ils n’y ont jamais été confrontés.</p>
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<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/376542/original/file-20201223-17-1beq1yb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/376542/original/file-20201223-17-1beq1yb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=338&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/376542/original/file-20201223-17-1beq1yb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=338&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/376542/original/file-20201223-17-1beq1yb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=338&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/376542/original/file-20201223-17-1beq1yb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=425&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/376542/original/file-20201223-17-1beq1yb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=425&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/376542/original/file-20201223-17-1beq1yb.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=425&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Infection expérimentale d’huîtres creuses.</span>
<span class="attribution"><span class="source">S.Lesbats/Ifremer</span>, <a class="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/">CC BY-NC-ND</a></span>
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</figure>
<h2>Le rôle déterminant de l’environnement</h2>
<p>L’environnement joue un rôle essentiel dans l’émergence des maladies chez les mollusques marins ; et les effets de la température, de la salinité, de l’acidité, des nutriments ou encore de la cohabitation avec d’autres espèces ont été étudiés.</p>
<p>Il a ainsi été montré <a href="https://doi.org/10.1242/jeb.226233">qu’au-delà de 29 °C</a>, le virus OsHV-1 ne provoque plus de mortalité chez les huîtres creuses. En revanche, le pH de l’eau de mer ne semble pas avoir d’impact sur la capacité du virus à induire une infection.</p>
<p>Par ailleurs, la cohabitation avec des espèces compétitrices, comme les moules ou les ascidies, semble être bénéfique pour l’huître creuse. Plusieurs mécanismes peuvent expliquer ce phénomène, notamment la compétition pour la nourriture. L’huître a moins de nutriments disponibles, ce qui réduit son développement, et peut diminuer la multiplication du virus. Des travaux complémentaires sont en cours afin de mieux comprendre ces résultats.</p>
<p>Le microbiote – soit l’ensemble des micro-organismes naturellement présents – des coquillages est également exploré depuis quelques années grâce à de nouveaux outils de séquençage. La structure des communautés microbiennes semble varier en fonction des espèces, de leur habitat mais aussi de la saison. Le microbiote est propre à chaque individu et même à chaque organe. De façon intéressante, un déséquilibre du microbiote des huîtres a été observé au cours d’événements de mortalité : une diminution de la diversité microbienne est alors rapportée.</p>
<p>L’ensemble de ces observations motivent les scientifiques à poursuivre leurs recherches afin d’identifier des profils indicateurs de bonne santé des coquillages ou au contraire révélateurs de dysfonctionnement.</p><img src="https://counter.theconversation.com/content/152005/count.gif" alt="The Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>Isabelle Arzul ne travaille pas, ne conseille pas, ne possède pas de parts, ne reçoit pas de fonds d'une organisation qui pourrait tirer profit de cet article, et n'a déclaré aucune autre affiliation que son organisme de recherche.</span></em></p>Le déséquilibre entre coquillages, organismes pathogènes, environnement et pratiques culturales favorise l’émergence des maladies.Isabelle Arzul, Docteur en parasitologie, IfremerLicensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/1452062020-10-21T20:03:19Z2020-10-21T20:03:19ZDe nouvelles technologies pour mieux détecter les maladies des plantes<figure><img src="https://images.theconversation.com/files/359382/original/file-20200922-24-th7o8k.jpg?ixlib=rb-1.1.0&rect=23%2C40%2C3858%2C2543&q=45&auto=format&w=496&fit=clip" /><figcaption><span class="caption">Comment voir les symptômes sur une feuille de tomate avant qu’elle ne soit malade ?</span> <span class="attribution"><a class="source" href="https://www.flickr.com/photos/scotnelson/9416609837/">Scot Nelson</a></span></figcaption></figure><figure class="align-right ">
<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/293181/original/file-20190919-22450-1e2zj7j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=237&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/293181/original/file-20190919-22450-1e2zj7j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=236&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/293181/original/file-20190919-22450-1e2zj7j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=236&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/293181/original/file-20190919-22450-1e2zj7j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=236&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/293181/original/file-20190919-22450-1e2zj7j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=297&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/293181/original/file-20190919-22450-1e2zj7j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=297&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/293181/original/file-20190919-22450-1e2zj7j.png?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=297&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption"></span>
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<p><em>Cet article est publié dans le cadre de la prochaine Fête de la science qui aura lieu du 2 au 12 octobre prochain en métropole et du 6 au 16 novembre en outre-mer et à l’international et dont The Conversation France est partenaire. Cette nouvelle édition aura pour thème : « Planète Nature ? ».</em></p>
<p><em>Retrouvez tous les débats et les événements de votre région sur le site <a href="https://www.fetedelascience.fr/">Fetedelascience.fr</a>.</em></p>
<hr>
<p>Augmenter la productivité agricole tout en conservant les ressources naturelles et la qualité de vie de l’agriculteur est le défi majeur de l’agriculture durable. Or, les maladies des plantes affectent la productivité des cultures et représentent une préoccupation constante pour les agriculteurs. Comment optimiser la gestion des cultures dans le contexte actuel, qui vise à limiter les apports d’engrais et de pesticides ?</p>
<p>Mieux détecter les maladies des plantes, et les détecter plus tôt, est un enjeu de recherche majeur pour améliorer l’efficacité des traitements des plantes.</p>
<p>Par exemple, la tomate et la pomme de terre sont sensibles au mildiou, la pomme de terre peut être atteinte par différentes maladies engendrant la pourriture des tubercules. Pour détecter les <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Agent_phytopathog%C3%A8ne">microorganismes phytopathogènes</a> responsables de ces maladies, certains outils et certaines techniques sont déjà utilisés dans les champs, d’autres sont encore en développement.</p>
<h2>Les biocapteurs utilisent des extraits des plantes à étudier</h2>
<p>Parmi les outils déjà utilisés, les biocapteurs sont des technologies permettant de convertir des éléments physiques ou biologiques (anticorps, protéines ou ADN) en signaux mesurables.</p>
<p>Ceux destinés à la détection de protéines (anticorps) ou d’acide nucléique (ADN ou ARN) reposent principalement sur des techniques ELISA et PCR. La technique « ELISA » (pour <em>Enzyme Linked Immuno Sorbent Assay</em>) permet de détecter le phytopathogène à partir d’extraits broyés de plante malade en utilisant des anticorps dirigés contre ce pathogène. La technique de « PCR » (pour <em>Polymerase Chain Reaction</em>) consiste à amplifier, pour la quantifier plus facilement, une partie du génome du pathogène, à partir d’un extrait d’ADN du végétal malade.</p>
<p>Mais ces outils de diagnostic nécessitent d’avoir déjà identifié le pathogène et de disposer des anticorps qui permettront de le reconnaître, ou les amorces PCR qui permettent d’amplifier une partie de sa séquence ADN. De plus, ces techniques sont destructives puisque pour libérer le pathogène ou l’acide nucléique de celui-ci, il faut broyer un organe de la plante. Elles nécessitent également un matériel de laboratoire coûteux et de la main-d’œuvre.</p>
<p>Si ces analyses se font plutôt en laboratoire, il existe aussi des kits de détection commercialisés, utilisant ces marqueurs biologiques pour une utilisation au champ, notamment pour détecter des espèces de <em>Phytophthora</em>, ou mildiou, d’<em>Erwinia amylovora</em>, c’est-à-dire le feu bactérien, qui se révèle par des brûlures du feuillage, et du virus Y de la pomme de terre.</p>
<figure class="align-center ">
<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/362381/original/file-20201008-20-3kx536.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/362381/original/file-20201008-20-3kx536.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=374&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/362381/original/file-20201008-20-3kx536.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=374&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/362381/original/file-20201008-20-3kx536.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=374&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/362381/original/file-20201008-20-3kx536.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=470&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/362381/original/file-20201008-20-3kx536.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=470&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/362381/original/file-20201008-20-3kx536.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=470&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Un champ, c’est grand. Pas toujours facile d’observer chaque feuille.</span>
<span class="attribution"><span class="source">Guillemette Garry</span>, <span class="license">Author provided</span></span>
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<p>Ces techniques sont donc plus <a href="https://doi.org/10.1016/j.bios.2016.09.091">rapides qu’en laboratoire</a>, moins coûteuses en matériel et peu consommatrices de main-d’œuvre. Une analyse fine au niveau du genre et de l’espèce du pathogène est même envisagé. La prise d’une photo à l’aide d’un smartphone pourrait permettre d’envoyer l’image du test de détection à une base de données pour réaliser cette détermination. Ce dispositif prometteur n’est toutefois pas encore appliqué à la détection des maladies des plantes.</p>
<h2>« Sentir » les plantes malades</h2>
<p>Le premier exemple de technologie en développement est la <a href="https://fr.wikipedia.org/wiki/Chromatographie_en_phase_gazeuse">chromatographie en phase gazeuse</a> (CPG), qui permet d’analyser des gaz, ou des mélanges de gaz, pour les différencier les uns des autres. Certaines maladies des plantes sécrètent des gaz caractéristiques, appelés composés organiques volatils, détectables par cette technique.</p>
<p>Par exemple, l’un des principaux problèmes concernant la santé des pommes de terre est le pourrissement. Celui-ci est causé, le plus souvent, par <a href="https://doi.org/10.1016/j.talanta.2014.04.057">deux agents bactériens</a> : <em>Ralstonia solanacearum</em> et <em>Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus</em>, classés dans la liste des pathogènes de quarantaine en Europe. Avant le pourrissement du tubercule de pomme de terre, elle dégage des composés organiques volatils, qui peuvent être captés grâce à des « nez électroniques ». Ces techniques permettent de détecter ces pathogènes avant même l’observation des symptômes de maladie.</p>
<figure class="align-center ">
<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/362379/original/file-20201008-18-117alel.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/362379/original/file-20201008-18-117alel.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=458&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/362379/original/file-20201008-18-117alel.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=458&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/362379/original/file-20201008-18-117alel.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=458&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/362379/original/file-20201008-18-117alel.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=575&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/362379/original/file-20201008-18-117alel.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=575&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/362379/original/file-20201008-18-117alel.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=575&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Un nez électronique permet de discriminer, aussi bien en laboratoire qu’à l’échelle réelle, des pommes de terre saines de pommes de terre malades, en détectant les molécules volatiles diffusées par ces pommes de terre.</span>
<span class="attribution"><span class="source">Adrien Blum</span>, <span class="license">Author provided</span></span>
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<p>Cette technologie est encore à l’essai, mais est déjà utilisable dans les hangars de stockage des tubercules de pomme de terre. L’étape suivante serait d’utiliser des nez électroniques implantés directement dans le sol pour détecter, aux champs, ces maladies.</p>
<h2>« Regarder » les plantes malades</h2>
<p>La spectro-imagerie est une autre technologie permettant de détecter une maladie, et parfois même avant que les symptômes ne soient visibles à l’œil nu. Il existe plusieurs types de spectro-imagerie, mais la plus prometteuse, car la plus précise <a href="https://www.ijcaonline.org/archives/volume172/number7/28265-2017915185">est certainement la technique d’imagerie hyperspectrale</a>. L’idée est de prendre des photos des parties aériennes des plantes dans des bandes spectrales allant du visible au moyen infrarouge (donc certaines que l’on ne voit pas à l’œil nu).</p>
<p>Une plante stressée est différente d’une plante saine, car ses composants biochimiques et structuraux ont changé. Ceux-ci émettent des rayonnements spécifiques, différents de ceux d’une plante saine et qui peuvent être différenciés par l’imagerie hyperspectrale.</p>
<p>En pathologie végétale, <a href="https://plantmethods.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13007-017-0233-z">on peut alors identifier des maladies de plantes sur la simple base des données spectrales</a>. Une réelle avancée dans le diagnostic ! Un système hyperspectral est composé principalement d’une caméra et peut s’installer à bord d’appareils mobiles tels que les drones, ce qui permet d’analyser toutes les plantes d’une parcelle sans les détruire. Un avantage certain pour examiner à la loupe une parcelle agricole par rapport à des prélèvements aléatoires.</p>
<figure class="align-center ">
<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/359385/original/file-20200922-22-8458rp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/359385/original/file-20200922-22-8458rp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=400&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/359385/original/file-20200922-22-8458rp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=400&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/359385/original/file-20200922-22-8458rp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=400&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/359385/original/file-20200922-22-8458rp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=503&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/359385/original/file-20200922-22-8458rp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=503&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/359385/original/file-20200922-22-8458rp.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=503&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Certains champs sont surveillés par des drones.</span>
<span class="attribution"><a class="source" href="https://www.flickr.com/photos/wessexarchaeology/49141082227/">Wessex Archaeology</a>, <a class="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/">CC BY-NC</a></span>
</figcaption>
</figure>
<p>Une équipe américaine <a href="https://www.mdpi.com/2072-4292/12/2/286">vient de développer une méthode en imagerie hyperspectrale</a> permettant de détecter le mildiou et l’alternariose de la pomme de terre avant même que les symptômes ne soient visibles à l’œil. Une équipe chinoise a élaboré, grâce à l’imagerie hyperspectrale, une <a href="https://www.nature.com/articles/srep16564">méthode</a> pour distinguer deux maladies sur tomate, le mildiou et l’alternariose, indifférenciables à l’œil nu. Bien qu’assez proches visuellement parlant, les deux maladies engendrent des réponses différentes de la plante et ont en conséquence des caractéristiques spectrales bien distinctes en imagerie hyperspectrale. Aux Pays-Bas, une caméra d’imagerie hyperspectrale a été installée sur un tracteur <a href="https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpls.2019.00209/full">pour détecter des plantes contaminées par le virus Y de la pomme de terre</a>. Grâce à ces travaux de recherches, il devient possible de déceler rapidement, au champ, les plantes malades et de réagir précocement afin de limiter le développement de ces maladies.</p>
<p>Pour conclure – bien que les techniques ELISA et PCR soient aujourd’hui les outils de référence en matière de détection des agents phytopathogènes, les nouvelles technologies, ouvrent de belles perspectives d’avenir.</p><img src="https://counter.theconversation.com/content/145206/count.gif" alt="The Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>Isabelle Trinsoutrot Gattin a reçu des financements publics régionaux, nationaux et européens. </span></em></p><p class="fine-print"><em><span>Adrien Blum et Guillemette Garry ne travaillent pas, ne conseillent pas, ne possèdent pas de parts, ne reçoivent pas de fonds d'une organisation qui pourrait tirer profit de cet article, et n'ont déclaré aucune autre affiliation que leur poste universitaire.</span></em></p>De nouvelles méthodes, comme les « nez électroniques », permettent de détecter les molécules spécifiques émises par les plantes malades ou d’en déceler les symptômes.Guillemette Garry, Enseignante chercheur, Dr en biologie option phytopathologie, UniLaSalleAdrien Blum, Docteur en phytopathologie, UniLaSalleIsabelle Trinsoutrot Gattin, Directrice Unité de recherche Agroécologie, UniLaSalleLicensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.tag:theconversation.com,2011:article/1396852020-06-29T19:11:00Z2020-06-29T19:11:00ZLa taxonomie, cette discipline essentielle à la compréhension des pathogènes<figure><img src="https://images.theconversation.com/files/344399/original/file-20200628-104504-5ipmab.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=496&fit=clip" /><figcaption><span class="caption">Collection d’insectes. </span> <span class="attribution"><a class="source" href="https://www.shutterstock.com/fr/image-photo/insects-collection-old-paper-textured-background-677778115">Shutterstock</a></span></figcaption></figure><p>À l’occasion de la pandémie de Covid-19, les citoyens ont vu ces derniers mois la science « en train de se faire » ; beaucoup auront découvert à cette occasion le système des publications scientifiques. Au cœur des sciences (puisqu’elle contribue au processus d’évaluation des études), <a href="https://theconversation.com/la-science-ouverte-refaire-circuler-le-savoir-librement-133408">l’édition scientifique</a> génère son lot de polémiques, comme celles qui entourent les travaux de Didier Raoult et de son équipe <a href="https://theconversation.com/chloroquine-et-infections-virales-ce-quil-faut-savoir-135339">sur l’hydroxychloroquine</a>.</p>
<p>Parmi les disciplines scientifiques soumises à l’épreuve de la publication, la taxonomie joue un rôle essentiel, décrivant la biodiversité afin de mieux comprendre notre planète. Elle met ainsi à jour de façon continue le grand inventaire du vivant sous forme de catégories organisées et hiérarchisées, cherchant les relations de parenté entre elles.</p>
<p>Cette matière concerne donc aussi bien les mammifères, les insectes et les plantes que les bactéries – sur lesquelles portent notamment les travaux de Didier Raoult. La taxonomie est toutefois régulièrement négligée, voire dénigrée. Plus exactement, elle se trouve inégalement traitée.</p>
<p>Et l’une des critiques adressées au professeur Raoult et son équipe a retenu mon attention de taxonomiste.</p>
<h2>Les 1 741 articles de Didier Raoult</h2>
<p>Un <a href="https://www.mediapart.fr/journal/france/070420/chloroquine-pourquoi-le-passe-de-didier-raoult-joue-contre-lui">article récent de Mediapart</a> a rendu compte de l’évaluation de l’équipe de l’IHU – Méditerranée Infection (que dirige le professeur Raoult) par le Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (HCERES).</p>
<p>Dans ce texte détaillé, une phrase a donc retenu mon attention. Elle porte sur la multiplication des (petites) publications de taxonomie des bactéries (description de nouvelles espèces) dans des revues pas forcément réputées, « à la manière du collectionneur de timbres » :</p>
<blockquote>
<p>« Les évaluateurs regrettent que la priorité soit donnée au « volume de publications plutôt qu’à leur qualité ». Si l’unité du professeur Raoult a été à l’origine de plus de 2 000 publications entre 2011 et 2016, « seules 4 % d’entre elles l’étaient dans des revues de haut impact international », précisent-ils. […] Concernant « Microbiota », l’équipe de Didier Raoult, les scientifiques remarquent que l’approche qui consiste à découvrir systématiquement de nouvelles bactéries n’est pas suivie des analyses nécessaires. Selon eux, cette « compilation de nouvelles bactéries » – comme « on collectionne les timbres », persiflent les évaluateurs – donne certes lieu à un volume important de publications, mais sans plus d’avancées pour la connaissance scientifique et médicale. »</p>
</blockquote>
<p>En tant que taxonomiste, cette formulation m’a fait sourire, sans toutefois me surprendre, tant elle reflète une opinion majoritairement répandue dans nos instances scientifiques chargées d’assurer l’évaluation des recherches.</p>
<p>Si l’on se penche sur le registre des publications du professeur Raoult (via le site Researchgate), on peut en effet être surpris par le nombre de publications et de citations, hors norme : 1 740 articles, 66 964 citations (<a href="https://www.researchgate.net/profile/Didier_Raoult">au 22 juin 2020</a>). Le site Google Scholar lui donne pour sa part <a href="https://scholar.google.fr/citations?hl=fr&user=n8EF_6kAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate">155 000 citations</a>, car il semble intégrer les derniers articles sur le Covid-19 de l’équipe.</p>
<p>Nombre de ces publications concernent des descriptions de nouvelles bactéries ou virus, <a href="https://lejournal.cnrs.fr/articles/le-mystere-des-virus-geants">dont les fameux virus « géants »</a>. Chaque publication constitue un acte nomenclatural : avec la création d’un nom et la publication de la séquence d’acide nucléique « code barre » dans une base de données accessible à tous.</p>
<p>Certains s’amuseront sans doute des noms choisis pour ces actes taxonomiques, à cause de leurs références marseillaises ou locales (on pense aux bactéries <em>Collinsella bouchesdurhonensis</em> et <em>Parabacteroides timonensis</em> par exemple). C’est l’une des libertés permises par cette pratique, qui <a href="https://theconversation.com/des-punaises-nommees-dapres-lunivers-de-tolkien-74779">n’entache en rien la rigueur scientifique</a>.</p>
<h2>Les petites bêtes à l’ombre des grosses</h2>
<p>Mais lorsque les organismes décrits ne sont pas « extraordinaires », ce qui est très fréquent, publier des découvertes taxonomiques dans des revues de renom se révèle ardu. Celles-ci ne s’ouvrent qu’aux taxons remarquables : un nouvel oiseau ou un mammifère dans une île perdue fera certainement un bel article au sein d’une revue renommée. À l’inverse, un nouvel insecte, même sous nos pieds, ne fera l’objet que d’une petite description dans une revue d’amateurs ou de société savante, sauf s’il possède une caractéristique unique.</p>
<p>Leur intérêt biologique intrinsèque est pourtant le même : c’est pour cela qu’on l’on parle de <a href="https://theconversation.com/biodiversite-quand-loiseau-fait-de-lombre-a-linsecte-95629">« biais taxonomique »</a>. Dans le cas des bactéries, ce biais semble s’exerce par rapport à la pathogénicité, c’est-à-dire à la capacité à provoquer une maladie : la découverte d’une bactérie non pathogène ou remarquable ne sera pas publiée dans une grande revue.</p>
<p>Il est pourtant essentiel de publier dès que possible une découverte, quelle qu’elle soit. Établir un taxon, trouver ses relations de parenté (ce qu’on appelle la « position phylogénétique »), le placer dans l’arbre du vivant, constitue l’acte fondateur pour l’étudier et appréhender sa place dans son écosystème (comme, par exemple, celle d’une bactérie dans notre système digestif).</p>
<p>Lorsqu’un organisme inconnu est découvert, connaître sa position phylogénétique permet de déduire une grande partie de ses propriétés biologiques. C’est tout aussi essentiel pour les pathogènes.</p>
<h2>Quand la médecine redécouvre l’environnement</h2>
<p>Pour comprendre les organismes avec lesquels nous sommes en interactions négatives (agents pathogènes, espèces venimeuses ou néfastes à nos cultures, etc.), il est essentiel de comprendre leur environnement (et donc le nôtre).</p>
<p>Comprendre la taxonomie, c’est le premier pas pour comprendre l’environnement et donc l’écologie des espèces qu’elles soient pathogènes ou vecteurs, ou les relations avec leurs hôtes pour des symbiotes ou des parasites</p>
<p>Nous voulons lutter contre les punaises de lit, comprendre notre tube digestif… mais connaît-on l’écologie des organismes qui habitent une maison, selon son climat, son environnement proche et le mode de vie des habitants ?</p>
<p>Un exemple auquel j’ai été confronté concerne l’émergence de la maladie de Chagas, en Amazonie et en Guyane française au début des années 2000. Transmise par des punaises hématophages (bien plus grosses que les punaises des lits), cette affection particulière (zoonose parasitaire pouvant être mortelle à plus ou moins long terme) avait défrayé la chronique par des cas foudroyants.</p>
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<img alt="" src="https://images.theconversation.com/files/344397/original/file-20200628-104494-1q4990r.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&fit=clip" srcset="https://images.theconversation.com/files/344397/original/file-20200628-104494-1q4990r.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=600&h=456&fit=crop&dpr=1 600w, https://images.theconversation.com/files/344397/original/file-20200628-104494-1q4990r.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=600&h=456&fit=crop&dpr=2 1200w, https://images.theconversation.com/files/344397/original/file-20200628-104494-1q4990r.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=600&h=456&fit=crop&dpr=3 1800w, https://images.theconversation.com/files/344397/original/file-20200628-104494-1q4990r.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=45&auto=format&w=754&h=573&fit=crop&dpr=1 754w, https://images.theconversation.com/files/344397/original/file-20200628-104494-1q4990r.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=30&auto=format&w=754&h=573&fit=crop&dpr=2 1508w, https://images.theconversation.com/files/344397/original/file-20200628-104494-1q4990r.jpg?ixlib=rb-1.1.0&q=15&auto=format&w=754&h=573&fit=crop&dpr=3 2262w" sizes="(min-width: 1466px) 754px, (max-width: 599px) 100vw, (min-width: 600px) 600px, 237px">
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<span class="caption">Panstrongylus geniculatus. Les triatomes sont de grosses punaises hématophages vecteurs de la maladie de Chagas.</span>
<span class="attribution"><span class="source">Romain Garrouste/MNHN</span>, <a class="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/">CC BY-NC-ND</a></span>
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<p>C’est bien l’implantation d’habitats humains et de populations non préparées à vivre dans de telles zones qui se trouvait au cœur de cette problématique. La même explication a été fournie pour des cas particuliers de toxoplasmose peu habituels (consommation de viande mal cuite), cette maladie des chats et des félins.</p>
<p>De même, la consommation non habituelle d’animaux sauvages ainsi que l’ensemble des méconnaissances culturelles et biologiques, permettant des erreurs d’appréciations sur les relations entre environnement et pathogènes, sont au cœur de beaucoup de nos problèmes ; la <a href="https://theconversation.com/covid-19-ou-la-pandemie-dune-biodiversite-maltraitee-134712">pandémie de Covid-19 est constitue une expression terrible</a>.</p>
<p>Les exemples sont nombreux : nous ne connaissons pas bien les écosystèmes et les espèces qui les constituent et voulons les réguler à notre profit, sans même savoir comment il sont composés et comment ils fonctionnent vraiment.</p>
<h2>Renaissance de la taxonomie ?</h2>
<p>On peut se demander combien de projets de recherches relatifs à la taxonomie sont soutenus financièrement par les instances de la recherche française et mondiale. En France, probablement aucun… C’est pourtant le fondement de la biologie.</p>
<p>Le scientifique américain Quentin Wheeler a publié récemment un <a href="https://www.biotaxa.org/megataxa/article/view/megataxa.1.1.2">appel pour la renaissance de cette discipline</a> qu’il résume ainsi :</p>
<blockquote>
<p>« L’extinction rapide des espèces signifie qu’il reste un temps limité pour revitaliser la taxonomie et explorer la diversité des espèces de notre planète. Trois actions ont le potentiel de déclencher une renaissance de la taxonomie : (1) clarifier ce qu’est la taxonomie, en mettant l’accent sur ses avancées théoriques et son statut de science fondamentale rigoureuse, indépendante et nécessaire ; (2) donner aux taxonomistes le mandat d’organiser et de compléter l’inventaire des espèces et les ressources nécessaires pour moderniser les infrastructures de recherche et de collection ; (3) collaborer avec des scientifiques de l’information, des ingénieurs et des entrepreneurs pour inspirer la création d’un avenir durable grâce à la bio-inspiration. »</p>
</blockquote>
<p>Puisse-t-il être entendu par le plus grand nombre de nos évaluateurs scientifiques et les tutelles de la recherche !</p>
<p>Remettons la taxonomie à sa place, celle d’une activité scientifique essentielle à a compréhension de nos écosystèmes et des <a href="https://theconversation.com/ces-microbes-qui-construisent-les-plantes-les-animaux-et-les-civilisations-79256">holobiontes</a> que nous sommes.</p><img src="https://counter.theconversation.com/content/139685/count.gif" alt="The Conversation" width="1" height="1" />
<p class="fine-print"><em><span>Romain Garrouste a reçu des financements de MNHN, CNRS, Labex BCDiv, National Geographic, IPEV, MEAE</span></em></p>Nous ne connaissons pas bien les écosystèmes et voulons les réguler à notre profit… sans même savoir ce qui les compose et comment ils fonctionnent.Romain Garrouste, Chercheur à l’Institut de systématique, évolution, biodiversité (UMR 7205 MNHN-CNRS-Sorbonne Univ.-EPHE-Univ. Antilles), Muséum national d’histoire naturelle (MNHN)Licensed as Creative Commons – attribution, no derivatives.