Un reciente estudio revela que el 59 % de las lagunas de Doñana no se inundan desde, al menos, el año 2013. Muchas cubetas están ya cubiertas por matorrales o árboles. Las extracciones de agua del acuífero son uno de los motivos principales.
La contaminación por vertidos urbanos y agrícolas, la construcción de presas y las sequías amenazan la supervivencia de las plantas acuáticas, fundamentales para la vida en ríos, lagos y humedales.
La alta actividad biológica de los humedales los convierte en uno de los ecosistemas que más pueden contribuir al secuestro de carbono, pero también a emitirlo cuando su salud se degrada.
Varios estudios muestran que los plaguicidas, como los empleados en los campos de arroz de la Albufera valenciana, provocan graves efectos en peces, aves e invertebrados, y que el calentamiento global puede incrementar su toxicidad.