Amalia Puri Handayani memegang gelar master kebijakan sosial dalam pembangunan dari ISS, Erasmus University. Selain itu, ia juga memegang gelar master kajian perempuan dari Universitas Indonesia. Ia terlibat dalam penelitian terkait kekerasan terhadap perempuan serta hak kesehatan reproduksi dan seksualitas, khususnya aborsi aman. Ia memperhatikan ketidakadilan sosial berbasis gender dalam bidang kesehatan dan aspek lain. Minatnya itu turut melibatkannya dalam penelitian interseksionalitas tentang perawatan HIV di kelompok laki-laki yang berhubungan seks dengan laki-laki.