Arnaud Auber est un chercheur visant à évaluer les effets de la pression de la pêche et du climat sur la biodiversité marine, en particulier les poissons. Ses activités de recherche sont également consacrées au développement de procédures statistiques visant à mieux identifier les processus qui déterminent la relation entre l'habitat, la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes, y compris la résilience des écosystèmes dans un contexte de changement global. Arnaud Auber dirige également la campagne de suivi des stocks de poissons en Mer du Nord (International Bottom Trawl Survey).