Je suis une biologiste de la conservation et j’étudie les maladies infectieuses émergentes. Quand on me demande quelle sera la prochaine pandémie, je réponds souvent que nous en vivons une en ce moment, mais qu’elle touche d’autres espèces que la nôtre.
Je fais référence à la souche hautement pathogène de la grippe aviaire H5N1 (IAHP H5N1) qui a tué des millions d’oiseaux et un nombre indéterminé de mammifères, surtout au cours des trois dernières années.
Cette souche est apparue chez les oies domestiques en Chine en 1997 et s’est rapidement propagée à l’humain en Asie du Sud-Est, avec un taux de mortalité de 40 à 50 %. Mon groupe de recherche a été en contact pour la première fois avec le virus en 2005 lorsqu’il a causé la mort de civettes palmistes d’Owston, un mammifère menacé d’extinction, qui faisaient partie d’un programme d’élevage en captivité dans le parc national de Cuc Phuong, au Viêt Nam.
On ignore comment ces bêtes ont contracté la grippe aviaire. Leur régime alimentaire se compose essentiellement de vers de terre, de sorte qu’elles n’ont pas été infectées par la consommation de volailles malades, comme c’est arrivé pour des tigres en captivité de la région.
Cette découverte nous a incités à compiler tous les cas confirmés de mort par la grippe aviaire afin d’évaluer l’ampleur du péril que ce virus pourrait représenter pour la faune sauvage.
Voici comment un virus récemment détecté dans des élevages de volailles chinoises en est venu à menacer une partie importante de la biodiversité mondiale.
Les premiers signes
Jusqu’en décembre 2005, la plupart des infections confirmées avaient été trouvées dans quelques zoos et refuges en Thaïlande et au Cambodge. Notre étude de 2006 a montré que près de la moitié (48 %) des différents groupes d’oiseaux (ou « ordres », selon les taxonomistes) comportaient une espèce chez laquelle on avait signalé des cas de mort par la grippe aviaire. Ces 13 ordres représentent 84 % de toutes les espèces d’oiseaux.
Il y a 20 ans, nous avons estimé que les souches de H5N1 en circulation étaient probablement hautement pathogènes pour tous les ordres d’oiseaux. Nous avons également observé que la liste des espèces chez lesquelles on avait confirmé une infection comprenait des espèces menacées à l’échelle mondiale et que des habitats importants, tels que le delta du Mékong au Viêt Nam, se trouvent à proximité de foyers d’éclosion chez les volailles.
Parmi les mammifères qu’on sait avoir été exposés à la grippe aviaire au début des années 2000, on compte des primates, des rongeurs, des porcs et des lapins. De grands carnivores tels que des tigres du Bengale et des panthères nébuleuses en sont morts, ainsi que des chats domestiques.
Des animaux de zoo ayant mangé des volailles infectées figurent parmi les premières victimes de la grippe aviaire.
Notre article de 2006 montrait la facilité avec laquelle ce virus franchit la barrière d’espèce et suggérait qu’il pourrait un jour constituer une menace pandémique pour la biodiversité mondiale.
Malheureusement, nous avions raison.
Une maladie qui s’étend
Près de vingt ans plus tard, la grippe aviaire tue des espèces de l’Extrême-Arctique jusqu’à la péninsule antarctique.
Ces dernières années, la grippe aviaire s’est rapidement propagée en Europe et s’est infiltrée en Amérique du Nord et du Sud, causant la mort de millions de volailles et de diverses espèces d’oiseaux et de mammifères. Selon un récent article, 26 pays ont signalé la mort de mammifères d’au moins 48 espèces différentes des suites du virus depuis 2020, date de la dernière hausse du nombre d’infections.
Même l’océan n’est pas à l’abri. Depuis 2020, 13 espèces de mammifères aquatiques ont été touchées, notamment des otaries, des marsouins et des dauphins, dont certaines meurent par milliers en Amérique du Sud. Il est désormais confirmé qu’un grand nombre de mammifères charognards et prédateurs vivant sur la terre ferme, tels que des cougars, des lynx, et des ours bruns, noirs et polaires, sont également affectés.
Le Royaume-Uni à lui seul a perdu plus de 75 % de ses grands labbes et a connu un déclin de 25 % de ses fous de Bassan. Le déclin récent des sternes caugek (35 %) et des sternes pierregarin (42 %) est aussi causé en grande partie par le virus.
Les scientifiques n’ont pas encore réussi à séquencer complètement le virus chez toutes les espèces touchées. La recherche et une surveillance soutenue pourraient nous indiquer dans quelle mesure il peut s’adapter et s’il peut s’étendre à d’autres espèces. Nous savons qu’il infecte déjà des humains – avec quelques mutations génétiques, il risque de devenir plus contagieux.
À la croisée des chemins
Du 1er janvier 2003 au 21 décembre 2023, on a rapporté 882 cas d’infection humaine par le virus H5N1 dans 23 pays, dont 461 (52 %) ont été fatals.
Plus de la moitié des morts se sont produites au Viêt Nam, en Chine, au Cambodge et au Laos. Des infections transmises de volaille à humain ont été enregistrées pour la première fois au Cambodge en décembre 2003. On a signalé des cas sporadiques jusqu’en 2014, puis on a observé une interruption jusqu’en 2023, où il y a eu 41 décès pour 64 cas. On a détecté le sous-type H5N1 chez des volailles au Cambodge depuis 2014.
Au début des années 2000, le virus H5N1 en circulation avait un taux de mortalité élevé chez les humains. Il est donc inquiétant de constater que des gens meurent à nouveau après avoir été en contact avec des volailles.
Les sous-types H5 de la grippe aviaire ne sont pas les seuls à préoccuper les humains. Le virus H10N1 a été isolé à l’origine chez des oiseaux sauvages en Corée du Sud. On a signalé sa présence dans des échantillons provenant de Chine et de Mongolie.
Des recherches récentes ont montré que ces sous-types de virus étaient pathogènes chez des souris et des furets de laboratoire et qu’ils pourraient infecter les humains. La première personne dont l’infection par le virus H10N5 a été confirmée est décédée en Chine le 27 janvier 2024, mais elle était également atteinte d’une grippe saisonnière (H3N2). Elle avait été en contact avec des volailles vivantes qui se sont révélées positives pour le virus H10N5.
Des espèces menacées d’extinction ont connu des morts de la grippe aviaire au cours des trois dernières années. On vient de confirmer que le virus a fait ses premières victimes dans la péninsule antarctique chez les grands labbes, ce qui constitue une menace imminente pour les colonies de pingouins dont les grands labbes mangent les œufs et les poussins. Le virus a déjà tué des manchots de Humboldt au Chili.
Comment peut-on endiguer ce tsunami de H5N1 et d’autres grippes aviaires ? Il faut revoir complètement la production de volaille à l’échelle mondiale et rendre les exploitations autosuffisantes en matière d’élevage d’œufs et de poussins au lieu d’en faire l’exportation. En outre, la tendance aux mégafermes de plus d’un million d’oiseaux doit être enrayée.
Pour éviter les pires conséquences de ce virus, il faut se pencher sur sa source première : l’incubateur que sont les élevages intensifs de volailles.