Juan José Sánchez se encuentra desarrollando el proyecto de tesis “La religión en la literatura caballeresca: de los Reyes Católicos a Carlos I”, respaldado por una ayuda FPU. Dicho proyecto viene a culminar el trabajo comenzado en estudios previos que también recibieron el apoyo de otras ayudas y becas. Ha sido miembro del comité organizador y de la coordinación académica de eventos de difusión científica.