Pada awal Januari, genom pertama dari Sars-CoV-2 yang menjadi virus awal penyebab munculnya COVID-19 hadir dengan nama ‘Wuhan-1.’
Rangkaian 30.000 huruf ini (A,T,C, dan G dari kode genetik) menandai dimulainya upaya secepat mungkin untuk memahami genetika virus corona yang baru ditemukan ini.
Sekarang, lebih dari 100.000 genom virus corona telah diambil sampelnya dari pasien COVID-19 di lebih dari 100 negara.
Ahli genetik di seluruh dunia mencari data untuk bisa memahami dan menjawab: Dari mana asal Sars-CoV-2? Sejak kapan virus ini menginfeksi manusia? Bagaimana virus tersebut bermutasi (dan apakah mutasi berdampak penting)?
Upaya mempelajari Sars-CoV-2, seperti halnya virus itu, menjadi besar dan mendunia.
Istilah mutasi sendiri seringkali dikaitkan dengan imaji virus baru yang berbahaya dan mampu menyebar ke seluruh planet.
Mutasi memang terus-menerus terjadi dan terkadang menghilangkan bentuk awal virus; mutasi awal pada Sars-CoV-2 telah menyebar ke seluruh dunia dan hampir tak disadari.
Namun, mutasi adalah fenomena alami yang terjadi pada organisme mana pun, termasuk virus.
Sebagian besar mutasi tidak berdampak pada kemampuan virus untuk menularkan atau menyebabkan penyakit.
Sebuah mutasi hanya berarti bahwa telah terjadi suatu perbedaan: perubahan satu huruf di genom.
Populasi Sars-CoV-2 secara genetik pada dasarnya tidak berubah ketika melompat ke inang manusia pertama pada akhir 2019. Sekarang, lebih dari 13.000 perubahan telah ditemukan dalam 100.000 Sars-CoV-2.
Namun, virus yang ditemukan pada dua pasien berbeda dari mana pun di dunia rata-rata berbeda hanya sepuluh huruf.
Sepuluh huruf itu hanya sebagian kecil dari total 30.000 huruf dalam kode genetik virus. Ini berarti bahwa semua Sars-CoV-2 yang beredar dapat dianggap sebagai bagian dari satu garis keturunan klonal/identik.
Bermutasi perlahan
Virus butuh waktu yang cukup untuk bisa memperoleh keragaman genetik yang berdampak.
Dalam ukuran virus, Sars-CoV-2 termasuk lambat dalam bermutasi. Setiap garis keturunan hanya berubah dua kali setiap bulan; ini dua hingga enam kali lipat lebih rendah dibandingkan jumlah mutasi yang terjadi pada virus influenza selama periode yang sama.
Namun, mutasi adalah landasan dalam seleksi alam. Umumnya, mutasi akan membuat sebuah virus tidak lagi berfungsi atau tidak lagi punya efek apa pun.
Tapi ada potensi mutasi dapat mempengaruhi penularan Sars-CoV-2 pada manusia. Oleh karena itu, upaya intens telah dilakukan untuk menentukan mutasi yang mana dari awal sejak genom Sars-CoV-2 di Wuhan - jika ada - yang dapat mengubah fungsi virus secara signifikan.
Mutasi yang dikenal dalam konteks ini adalah perubahan asam amino dalam protein spike (S) Sars-CoV-2. Protein inilah yang membuat virus corona tampak memiliki mahkota dan digunakan untuk menempel pada sel inang.
Perubahan karakter tunggal dalam genom virus ini – disebut sebagai DG14G – telah terbukti meningkatkan perkembangbiakan dan penyebaran virus pada sel yang tumbuh di lab, meski tanpa dampak yang terukur pada keparahan penyakit.
Mutasi ini hampir selalu ditemukan pada tiga mutasi lainnya secara sistematis, dan keempatnya sekarang ditemukan pada sekitar 80% dari urutan Sars-CoV-2. Ini membuat empat mutasi ini sebagai kumpulan mutasi yang paling banyak beredar.
Tantangan terkait D614G - tantangan yang juga ada dalam mempelajari mutasi lainnya - adalah memastikan apakah kemunculannya yang sangat sering dan meningkat itu terjadi karena mutasi ini dalam virus-virus yang sukses menular di awal wabah, atau karena mutasi ini benar-benar memperkuat virus.
Walau sebuah penelitian genom pada sebuah kumpulan data di Inggris menunjukkan bahwa D614G memiliki peran dalam meningkatkan pertumbuhan garis keturunan, studi kami tidak menemukan dampak penularan yang dapat diukur.
Cukup mudah dibawa
D614G bukanlah satu-satunya mutasi yang sering ditemukan. Serangkaian tiga mutasi dalam cangkang protein Sars-CoV-2 juga semakin banyak muncul dalam data dan sekarang ditemukan pada sepertiga virus.
Perubahan tunggal pada posisi 57 dari protein Orf3a, yang diketahui berkaitan dengan imunogenik, ditemukan pada seperempat virus.
Mutasi lain terjadi pada protein spike (S) dan beragam mutasi lainnya tampaknya disebabkan oleh aktivitas respons imun manusia.
Pada saat yang sama, masih belum ada kesepakatan bahwa mutasi ini, atau yang lainnya, secara signifikan mengubah penularan atau keganasan virus. Kebanyakan mutasi terbawa begitu saja karena Sars-CoV-2 terus berhasil menyebar.
Tapi perubahan huruf genom bukan satu-satunya perubahan kecil yang mungkin bisa berefek pada Sars-CoV-2. Terhapusnya gen Orf7b/Orf8 di Sars-CoV-2 telah terbukti dapat mengurangi keganasan virus, dan berpotensi menimbulkan infeksi yang lebih ringan pada pasien.
Penghapusan serupa juga mungkin punya dampak yang sama pada Sars-CoV-1 - virus korona yang menyebabkan wabah Sars pada 2002-2004.
Perkembangan terkait Sars-CoV-2 yang lebih lemah tentu dapat menjadi kabar baik, namun penghapusan di Orf8 telah terjadi pada masa awal pandemi dan tidak terlihat meningkat frekuensinya.
Meski perubahan adaptif mungkin belum terjadi, semua data yang tersedia pada tahap ini menunjukkan bahwa kita menghadapi virus yang sama sejak awal pandemi.
Chris Whitty, kepala petugas penasihat medis pemerintah Inggris, mengeluarkan pernyataan yang benar saat ia menyanggah bahwa virus di Inggris telah bermutasi menjadi berdampak lebih ringan dibanding virus yang menyebabkan Inggris melakukan lockdown pada Maret lalu.
Gejala penyakit yang terlihat lebih ringan selama bulan Juni, Juli, dan Agustus di Inggris mungkin disebabkan oleh meningkatnya jumlah orang muda yang terinfeksi, keberhasilan tindakan pengendalian seperti menjaga jarak fisik, dan pengobatan yang lebih baik.
Walau Sars-CoV-2 belum berubah secara signifikan hingga saat ini, kita terus mengembangkan alat untuk melacaknya. Kita siap mengimbangi.
Wiliam Reynold menerjemahkan artikel ini ke dalam bahasa Indonesia.