L’informatique médicale est aujourd’hui intégrée dans les parcours de soins des Français, à l’hôpital comme en médecine de ville. Elle a rendu possible l’émergence de la e-santé, qui contribue à une nouvelle pratique de la médecine et à une relation plus éclairée entre le citoyen et sa santé, mieux contrôlée grâce à un accès facilité à la connaissance médicale. Voici comment.
Le contexte, tout d’abord. La médecine occidentale actuelle s’est considérablement complexifiée ces dernières décennies avec une spécialisation des médecins poussée à l’extrême et une augmentation exponentielle du nombre d’informations à traiter. Dans cette surenchère de données et de paramètres, l’informatique médicale assiste le professionnel de santé dans ses tâches quotidiennes et facilite l’accès aux connaissances médicales pour le praticien et le patient.
Nous travaillons sur des problématiques concrètes de recherche médicale et de prise en charge des patients qui nécessitent le développement de plateformes de gestion informatisée des données et connaissances complexes en santé et médecine. Nous avons mis au point un outil d’aide à la consultation pour les médecins généralistes, en prévention et en évaluation personnalisée des risques en santé.
Par exemple, nous développons des outils destinés à aider les personnes spécialisées dans la pharmacovigilance sur les effets indésirables de médicaments à prévenir des risques. Ils permettent de regrouper les cas répertoriés en fonction de la similarité des situations médicales qu’ils décrivent, déclarés spontanément par des professionnels de santé ou « fouillés » dans les réseaux sociaux.
Tout cela ne pourrait se faire sans la technologie qui nous permet de manipuler des données volumineuses de santé, ce que l’on peut appeler le big data médical. Avant toute chose, il faut pouvoir conjuguer collecte, stockage et partage. Le recueil des données de santé doit se faire de manière codifiée et assistée et s’adapter à la prise en charge du patient par le personnel de santé. Le stockage des données doit prendre en compte l’évolution des données avec le temps, et permettre leur relecture et leur traçabilité à tout moment. Toutes ces données donnent accès à de nouvelles connaissances sur le patient pris en tant qu’individu unique ou inclus dans une cohorte. Le partage sécurisé de l’information médicale peut être un facilitateur de diagnostic et une aide à la décision médicale et une source de nouvelles connaissances.
Si l’on veut rentrer dans les détails du « comment » organiser cette masse de données, précisons qu’une [ontologie](https://fr.Wikimédia.org/wiki/Ontologie_(informatique) recense les notions d’un domaine en les organisant sous la forme d’une hiérarchie de concepts et de relations entre ces concepts. Les concepts et relations sont décrits dans un langage formel et désignés par des termes. L’ontologie permet d’élaborer, de normaliser, de standardiser la sémantique associée à l’information (les concepts) tout en permettant à l’utilisateur d’employer une terminologie qui lui est familière pour décrire cette information (les termes). Nous travaillons à la mise au point de méthodologies originales de construction et d’évaluation des ressources sémantiques en santé telles que les ontologies. Nous développons des outils d’alignement de ces ressources et d’annotation sémantique de documents cliniques structurés ou de textes libres pour l’indexation et la recherche d’information.
Nous participons ainsi à l’élaboration de nouvelles générations de standards internationaux dans le domaine de la santé et à l’actualisation des standards existants. Nous travaillons dans plusieurs projets à améliorer la structuration et le codage des informations contenues dans les dossiers médicaux électroniques pour en faciliter l’exploitation pour le soin ou la recherche. Nous construisons des entrepôts de données sémantiques où les données sont annotées grâce à des ontologies pour faciliter l’émergence de nouvelles connaissances en santé.
Les principaux bénéficiaires sont d’abord les professionnels de santé qui ont besoin d’avoir accès à des dossiers informatisés, structurés et partageables pour une meilleure prise en charge diagnostique et thérapeutique de leurs patients. Ensuite, les chercheurs en sciences de la vie (recherche fondamentale, clinique ou épidémiologique) utilisent des plateformes d’intégration de données complexes à des fins d’exploitation de registres et de cohortes. Enfin, les citoyens qui doivent disposer d’outils d’accès aux connaissances, de gestion de leur parcours de santé afin d’améliorer leur propre prise en charge, en particulier dans le cas de maladies chroniques.
Une vingtaine de projets sont en travaux, dont cinq sont des projets européens. Les domaines médicaux d’application de ces projets sont diversifiés (pharmacovigilance, maladies rares, psychiatrie, cancer, etc.) dans des contextes décisionnels variés tels que l’aide au diagnostic et à la prescription, la caractérisation des parcours de soins, la télémédecine ou encore l’exploitation des données de soins pour la recherche clinique.
Deux projets sont menés dans le cadre des investissements d’avenir. Le premier, Open Food System (OFS), vise à développer une solution d’aide à la planification et au mieux-être nutritionnel. Le deuxième, ADR-PRISM, vise à mettre en place un nouveau système de surveillance des médicaments par l’analyse des données textuelles non structurées présentes sur le web communautaire en termes d’effets indésirables des médicaments.
_Pour en savoir plus sur ce sujet, rendez-vous aujourd’hui 17 mars à 18h sur le campus de Jussieu à la conférence « la donnée au service de la santé ».