Bertrand Pauget est titulaire d'un D.E.A d'Histoire contemporaine de l'Université du Mirail (Université Toulouse II).
Il a obtenu son doctorat en Sciences de Gestion à l'Université de Technologie de Troyes avant de compléter son cursus par une Habilitation à Diriger des Recherches à l'Université de Paris 13 (Laboratoire C.E.P.N.).