Wafa Ben Khaled s'intéresse à l'éthique des affaires et à son pilotage au sein des organisations. Dans le cadre de ses recherches, elle a travaillé avec plusieurs grandes entreprises françaises afin de comprendre comment l'éthique des affaires était pensée, conçue puis déployée auprès des employé.es. Elle s'intéresse plus globalement au phénomène de judiciarisation de la société et de légalisation des entreprises. Ses recherches ont fait l'objet de plusieurs publications dans des revues avec comité scientifique.