Deux personnes quittent un centre d'évaluation du COVID-19, à Ottawa. La Presse Canadienne/Adrian Wyld

Coronavirus : le séquençage de l’ADN des gens atteints pourrait sauver des vies

Les scientifiques devraient commencer à séquencer les génomes des patients atteints de coronavirus. Nous devrions rechercher les différences d’ADN entre les patients qui sont gravement atteints et ceux qui ne présentent que des symptômes légers. Cela pourrait nous permettre de prédire qui d’autre sera vulnérable et leur conseiller de prendre des précautions.

Nous pourrons ainsi utiliser ces connaissances contre l’épidémie de coronavirus avant qu’un vaccin ne soit largement disponible.

En particulier, il serait utile de savoir si des variations de l’ADN sont partagées par les peu nombreuses personnes jeunes, en apparence en bonne santé, qui ont développé des symptômes graves en raison du coronavirus. Nous pourrions alors être en mesure de prévoir quels médecins et infirmières sont les plus exposés et de les retirer de la ligne de front.

Bien sûr, nous ne savons pas encore si des informations précises seront dévoilées. Nous ne savons même pas si les gènes d’une personne la prédisposeront à des symptômes graves dus au coronavirus. Nous pourrions cependant répondre à ces questions de manière relativement peu coûteuse et rapide en utilisant la technologie courante de séquençage de l’ADN.

Il faudrait séquencer l’ensemble des génomes des gens atteints du coronavirus qui ont eu besoin de soins intensifs et les comparer avec les génomes de ceux qui n’ont présenté que des symptômes légers. Avec seulement quelques milliers de génomes de chaque catégorie, nous pourrions rapidement savoir si cette approche est valable.

Il se peut qu’un ou deux gènes seulement soient impliqués, peut-être ceux du système immunitaire ou des cellules pulmonaires. Si c’est le cas, nous pourrions les découvrir rapidement grâce à une méthode appelée étude d’association pangénomique. Si quelques gènes seulement font toute la différence, un test génétique de sensibilité aux coronavirus pourrait être simple à réaliser, peu coûteux et précis.

Il est aussi possible que des milliers de gènes soient impliqués. Peut-être un mélange complexe de gènes impliqués dans la physiologie des poumons, la forme des voies respiratoires et bien d’autres éléments auxquelles nous n’avons même pas pensé. Si c’est le cas, il faudra peut-être des décennies pour comprendre exactement ce qui se passe. Mais nous avons besoin de réponses en quelques semaines ou en quelques mois.

Inspiré par les arbres

Nous pouvons ici puiser dans une source d’inspiration inattendue : une méthode appelée « prédiction génomique », qui a été utilisée avec succès pendant des décennies par les éleveurs de plantes et d’animaux, mais qui est rarement utilisée en médecine. Elle permet de prédire des traits complexes à partir de séquences du génome entier, même lorsque nous ne comprenons pas ce que font ces gènes.

Grâce à cette approche, nous n’avons pas besoin de passer plusieurs années à comprendre ce qui se passe exactement. Nous pouvons construire un score à partir de la séquence du génome entier d’une personne et qui permettrait de prédire sa susceptibilité.

L’année dernière, nous avons adopté une approche de prédiction génomique pour les frênes, qui meurent d’une épidémie fongique. En comparant les génomes des arbres sains et ceux des arbres mourants, nous avons découvert plus de 3 000 points dans leurs génomes qui contribuent à la susceptibilité. Certains de ces points se trouvaient dans des gènes qui avaient des fonctions connues de défense de l’hôte, mais pour beaucoup d’autres, nous n’avions aucune idée de ce qu’ils faisaient. Pourtant, nous n’avions pas besoin de ces connaissances pour prédire la susceptibilité d’autres frênes avec un niveau de précision utile.

Nous devrions faire des études similaires sur les humains et les coronavirus. Bien sûr, les questions de vie privée et de consentement seraient plus complexes que celles que nous avons dû traiter pour les frênes. Mais des dizaines de milliers de génomes humains ont déjà été séquencés dans le monde entier, de sorte que les questions relatives au consentement ont été explorées. Le génome de certains patients atteints de coronavirus sera déjà dans une base de données.

Champignon de dépérissement des cendres (Hymenoscyphus fraxineus) sur les cendres européennes. IanRedding/Shutterstock

Si nous découvrons que nous pouvons faire des prédictions précises, les défis moraux et psychologiques seront importants. Où les tests devraient-ils être déployés ? Les personnes réagiront-elles de manière appropriée si l’on prévoit qu’elles seront en danger (ou non) ? Comment cela affecterait-il les assurances ? Chaque décision que nous devons prendre dans notre lutte contre le virus pose des questions difficiles.

La recherche sur la base génétique de la sensibilité au coronavirus pourrait se faire rapidement et sans détourner les ressources de la recherche sur les traitements et les vaccins. Elle pourrait montrer que les prédictions sont impossibles ou au contraire, précises. Nous ne le savons pas. Mais nous devons le découvrir. Si cela fonctionne, cela pourrait protéger des milliers de vies avant qu’un vaccin ne soit largement disponible.

This article was originally published in English

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