Après des études en humanités numériques à l'Ecole des chartes et en histoire à Sciences Po Paris, Marie Puren a soutenu une thèse en histoire à l'Ecole nationale des chartes. Elle est ensuite devenue ingénieure de recherche en humanités numériques à Inria, puis a rejoint le LARHRA (Laboratoire de Recherche Historique Rhône-Alpes), unité de recherche du CNRS, en tant que chercheuse postdoctorale en histoire et humanités numériques. Elle enseigne actuellement à l'Ecole nationale des chartes et à l'Université de Tours. Elle est aussi membre du comité de coordination d'Humanistica, association francophone des humanités numériques.