De longue date, Stéphane Bellon travaille sur sur le thème des transitions vers des des agricultures à base écologique, avec comme référence des systèmes diversifiés et pluristratifiés en France, en Europe et dans d’autres pays (Antilles, Amérique Latine). Il s’intéresse en particulier aux trajectoires de développement de l’agriculture biologique et de l’agroécologie.