J’écris cet article de ma chambre d’hôtel, à Sydney, où je fais ma quarantaine après mon retour de Wuhan, en Chine. Je suis le représentant de l’Australie pour l’étude mondiale de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) sur les origines du virus SARS-CoV-2.
On a beaucoup parlé de la dimension politique de la mission sur les origines de la Covid-19, et on pourrait facilement oublier que de vraies personnes participent à ce type d’enquête.
Dans le cadre de notre mission, nous avons rencontré l’homme qui est devenu, le 8 décembre 2019, le premier cas confirmé de Covid-19 ; il est maintenant rétabli. Nous avons aussi rencontré le mari d’une médecin morte de la Covid-19 qui a laissé derrière elle un jeune enfant. Nous avons également rencontré les médecins des hôpitaux de Wuhan qui ont traité les premiers cas de Covid-19, et nous avons appris ce qui leur est arrivé ainsi qu’à leurs collègues. Nous avons été témoins des répercussions de la Covid-19 sur de nombreuses personnes et collectivités, touchées au tout début de la pandémie, alors qu’on ne savait presque rien du virus, de sa propagation, de la manière de soigner la maladie ou de ses impacts.
Nous avons parlé à nos homologues chinois — scientifiques, épidémiologistes, médecins — pendant les quatre semaines de notre mission en Chine. Nous avons participé à des réunions avec eux jusqu’à 15 heures par jour, ce qui nous a permis d’établir des liens professionnels, voire amicaux, avec eux. Nous avons ainsi pu instaurer un respect et une confiance qui n’auraient sans doute pas été possibles par Zoom ou courriel.
Voici ce que nous avons appris sur les origines du SARS-CoV-2.
Une origine animale, mais peut-être pas dans les marchés de Wuhan
C’est à Wuhan, en Chine centrale, que le virus SARS-CoV-2 a fait son apparition en décembre 2019, déclenchant la plus grande pandémie de maladie infectieuse depuis celle de la grippe de 1918-1919.
Notre étude a permis de conclure que le virus était fort probablement d’origine animale. Il a sans doute été transmis de la chauve-souris à l’homme, en passant par un animal intermédiaire encore inconnu, dans un lieu inconnu. Des maladies « zoonotiques » de ce genre ont engendré des pandémies par le passé. Mais nous travaillons toujours à définir la chaîne exacte des événements qui ont conduit à la pandémie actuelle. Les prélèvements effectués sur des chauves-souris dans la province de Hubei et sur des animaux sauvages de toute la Chine ne nous ont pas encore permis de déceler la présence de SARS-CoV-2.
Nous avons visité le marché d’animaux vivants de Wuhan, aujourd’hui fermé, qu’on a considéré, au début de la pandémie, comme étant la source du virus. Des étals du marché vendaient des animaux sauvages « domestiqués ». Il s’agit d’animaux élevés pour servir de nourriture, tels des rats des bambous, des civettes et des blaireaux-furets. On sait que certains animaux sauvages domestiqués peuvent être vulnérables au SARS-CoV-2. Toutefois, aucun des échantillons de produits animaux prélevés après la fermeture du marché n’a donné de résultat positif pour le SARS-CoV-2.
Nous savons que les 174 premiers malades de la Covid-19 n’avaient pas tous fréquenté le marché, et c’est d’ailleurs le cas du premier patient à avoir développé des symptômes et pour qui le diagnostic a été confirmé en décembre 2019.
Cependant, quand nous avons visité le marché fermé, il nous a été facile de voir comment une infection aurait pu s’y propager. Lorsqu’il était ouvert, environ 10 000 personnes y passaient chaque jour, dans une grande proximité, avec une mauvaise ventilation et un mauvais drainage.
Des preuves génétiques obtenues pendant la mission semblent indiquer la présence d’un foyer de contagion dans le marché étant donné que les séquences virales de plusieurs des malades l’ayant fréquenté étaient identiques. D’autres séquences virales présentaient toutefois une certaine diversité, ce qui suppose l’existence d’autres chaînes de transmission inconnues ou non échantillonnées.
Un résumé des études de modélisation visant à trouver le moment de l’apparition de l’ancêtre commun le plus récent du SARS-CoV-2 permet d’estimer que la pandémie a pris naissance entre la mi-novembre et le début décembre. Il existe également des publications qui indiquent que le SARS-CoV-2 a circulé dans divers pays avant le premier cas à Wuhan, mais celles-ci doivent encore être confirmées.
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Il semble que le marché de Wuhan aurait davantage été un amplificateur qu’un véritable point de départ de la pandémie. Nous devons donc chercher ailleurs les origines du virus.
Des aliments congelés ou réfrigérés à l’origine de la propagation ?
Une autre hypothèse envisagée est celle de la « chaîne du froid ». Le virus pourrait être venu d’ailleurs par les processus d’élevage, de capture, de transformation, de transport, de réfrigération ou de congélation. Le coupable serait-il de la crème glacée, du poisson, de la viande d’animaux sauvages ? Nous ne le savons pas. Il n’est pas prouvé que cela a constitué l’origine du virus, mais cela aurait-il pu contribuer à sa propagation ? Là encore, nous l’ignorons.
De nombreux produits surgelés présents sur le marché de Wuhan n’ont pas été testés. L’échantillonnage de l’environnement du marché a montré une contamination virale de surface. Cela peut indiquer que le SARS-CoV-2 aurait été introduit par des personnes infectées, des produits animaux contaminés ou des produits « de la chaîne du froid ». Nous n’avons pas fini d’étudier les produits surgelés et la survie du virus à basse température.
Il est très peu probable que le virus se soit échappé d’un laboratoire
L’option la plus délicate sur le plan politique que nous ayons examinée est celle qui voudrait que le virus se soit échappé d’un laboratoire. Nous avons conclu que c’était extrêmement improbable.
Nous avons visité l’Institut de virologie de Wuhan, un centre de recherche impressionnant qui semble être bien géré et où les précautions d’usage sont prises pour protéger la santé du personnel.
Nous avons parlé aux scientifiques qui y travaillent. Nous avons appris qu’on a testé des échantillons de leur sang, que l’on prélève et stocke régulièrement, pour y détecter des signes d’infection. Aucune trace d’anticorps contre le coronavirus n’y a été trouvée. Nous avons examiné leurs contrôles de biosécurité. Toujours aucune trace.
Nous avons étudié le virus le plus proche du SARS-CoV-2 sur lequel ils ont travaillé. Il s’agit du virus RaTG13, dont on a décelé la présence dans des grottes du sud de la Chine où des mineurs sont morts il y a sept ans.
Mais les scientifiques n’avaient qu’une séquence génétique de ce virus. Ils n’avaient pas réussi à le cultiver. Il arrive que des virus s’échappent d’un laboratoire, mais c’est rare. Nous avons conclu qu’il était extrêmement peu probable que cela se soit produit à Wuhan.
Une équipe d’enquêteurs
Quand je dis « nous » dans ce texte, cela inclut les gens envoyés par l’OMS et les membres de la commission chinoise de la santé. En tout, il y avait 17 experts chinois et dix d’autres pays, plus sept experts et assistants de diverses agences. Nous avons examiné l’épidémiologie clinique (comment la Covid-19 s’est répandue chez les humains), l’épidémiologie moléculaire (la composition génétique du virus et sa propagation), ainsi que le rôle des animaux et de l’environnement.
Le groupe qui a étudié l’épidémiologie clinique a consulté les registres de 76 000 cas chinois, provenant de plus de 200 institutions, pour y déceler tout ce qui pouvait ressembler à une infection à la Covid-19 — comme les maladies de type grippal, les pneumonies et autres maladies respiratoires. Il n’a trouvé aucune preuve manifeste d’une circulation importante de la Covid-19 à Wuhan vers la fin de 2019 avant le premier cas officiel.
Et maintenant ?
Notre mission en Chine n’était qu’une première phase du travail de recherche. Nous devons publier un rapport officiel dans les semaines à venir. Des enquêteurs vont étudier des données provenant d’ailleurs, afin d’examiner des informations qui pourraient indiquer que le virus circulait, par exemple, en Europe au début de l’année 2019. D’autres tests seront également menés sur des animaux sauvages et divers animaux de la région pour détecter la présence du virus. Et nous continuerons à tirer des leçons de notre étude pour qu’il soit plus facile d’effectuer une enquête sur la prochaine pandémie.
Indépendamment de l’origine du virus, les personnes atteintes de la maladie se trouvent au début des données épidémiologiques, des séquences et des chiffres. Les effets physiques et psychologiques à long terme — la perte et l’anxiété — se feront sentir à Wuhan, et ailleurs, pendant plusieurs décennies.