Lingkungan mikrobiota menghasilkan mekanisme yang kompleks, termasuk persaingan untuk nutrisi, interaksi metabolisme yang kompetitif, dan kompetisi menguasai ruang lingkungan tertentu.
Mikroba usus manusia secara genetik berubah bersamaan dengan proses evolusi manusia. Mikroba kita berevolusi dengan membatasi diri mereka pada kehidupan di dalam usus.