Un reciente estudio revela que el 59 % de las lagunas de Doñana no se inundan desde, al menos, el año 2013. Muchas cubetas están ya cubiertas por matorrales o árboles. Las extracciones de agua del acuífero son uno de los motivos principales.
La actividad humana está provocando la salinización de ríos, lagos y otros sistemas acuáticos. Este fenómeno afecta a la calidad de las aguas y tiene graves consecuencias para los seres vivos.
Muchos ríos mediterráneos desaparecen transitoriamente debido a la escasez de lluvias, pero otros mueren debido a la sobreexplotación de los acuíferos.
Recientemente se ha aprobado una nueva propuesta para ampliar los cultivos considerados regables en el entorno de Doñana. La medida perjudicará la conservación de los humedales del parque nacional, patrimonio de la humanidad.